過少申告加算税・無申告加算税・不納付加算税｜申告誤り・期限後申告・源泉税納付漏れで何が起きるか

税務調査や申告後の見直しで誤りが見つかったとき、会社がまず気にするのは「本税がいくら増えるのか」です。

しかし、法人税務の実務で本当に見落としてはいけないのは、その先にあります。追加の本税に対して、過少申告加算税、無申告加算税、不納付加算税、延滞税、場合によっては重加算税までが重なり、当初想定していた以上の資金流出になることが少なくありません。

加算税を単なる「罰金のようなもの」と捉えてしまうと、判断を誤ります。どの加算税が発生するかは、申告書を出していたか、期限後だったか、源泉所得税の納付漏れか、税務調査の連絡前に自ら是正したか、それとも調査通知の後だったか、更正等を予知した後だったか、そして正当な理由があるかどうかによって変わってきます。

つまり加算税の判断で効いてくるのは、税額そのものよりも、むしろ「いつ、何を、どの状態で是正したか」なのです。

この記事では、法人税務の税務調査・申告後対応で頻出する過少申告加算税、無申告加算税、不納付加算税について、会社側が実務判断を行ううえで必要な視点を整理します。

なお、本稿は2026年6月24日時点で公表されている法令・国税庁情報・財務省資料等を前提に整理しています。実際の適用にあたっては、対象税目、法定申告期限、調査通知の有無、修正申告書の提出時期、源泉税の納付状況、電子帳簿・電子取引データの保存状況などを、個別に確認する必要があります。

加算税は「申告・納付義務の履行状況」に対する負担である

法人税、消費税、源泉所得税などの税務処理に誤りがあった場合、本税とは別に問題になるのが附帯税です。附帯税には、延滞税、利子税、過少申告加算税、無申告加算税、不納付加算税、重加算税があります。これらはいずれも、国税通則法上、附帯税として位置付けられています。出典：e-Gov法令検索｜国税通則法

このうち加算税は、大きく次のように整理できます。

種類	何に対する負担か	典型例
過少申告加算税	期限内申告はしたが、申告税額が少なかったこと	売上計上漏れ、損金否認、税額控除の誤り
無申告加算税	法定申告期限までに申告しなかったこと	法人税申告書・消費税申告書の期限後提出
不納付加算税	源泉徴収等による国税を期限までに納付しなかったこと	給与・役員報酬・報酬料金・非居住者支払の源泉所得税納付漏れ
重加算税	隠蔽・仮装がある場合に、他の加算税に代えて課される重い負担	架空経費、売上除外、帳簿改ざん

本稿で扱うのは、過少申告加算税、無申告加算税、不納付加算税の3つです。重加算税は次の記事で詳しく取り上げるため、ここでは「隠蔽・仮装がある場合には、通常の加算税では済まない」という位置づけにとどめておきます。

加算税の制度は、青色申告か白色申告かによって基本的な賦課要件や税率が変わるものではありません。この点は申告区分を問わず共通で、国税通則法上の過少申告加算税等について、青色・白色で賦課要件に差が設けられているわけではありません。

延滞税との違いを先に押さえる

加算税を理解する前に、延滞税との違いをはっきりさせておきましょう。

延滞税は、納付が遅れたことに対する利息的な負担です。これに対して加算税は、申告や納付の義務を適切に果たさなかったことに対する制裁的な負担です。性質が異なる、という点をまず押さえておくと、後の判断が整理しやすくなります。

区分	延滞税	加算税
発生原因	納付が遅れたこと	申告誤り、無申告、源泉税の不納付など
主な判断軸	いつ納付したか	どのような申告・納付状況だったか
税務調査との関係	法定納期限から納付日までの期間が中心	調査通知、更正予知、正当な理由、隠蔽・仮装が重要
損金算入	原則として損金不算入	各種加算税も原則として損金不算入

国税庁も、損金の額に算入されない主な租税公課等として、法人税等の本税のほか、各種加算税・加算金、延滞税・延滞金、過怠税などを挙げています。出典：国税庁｜No.5300 租税公課等の損金算入の可否と租税の損金算入時期

したがって、加算税を会計上「租税公課」などで費用処理していても、法人税申告では損金不算入として別表調整が必要になることがあります。資金が出ていくうえに税務上の損金にもならないという点で、経営上の負担は決して小さくありません。

3つの加算税を比較する

まずは全体像を、表で確認しておきましょう。

種類	発生する主な場面	原則的な税率	軽減・不適用の主な考え方
過少申告加算税	期限内申告後に修正申告・更正がある場合	10％、一定部分15％	調査通知前・更正予知前の自主修正は不適用。調査通知後・更正予知前は5％、一定部分10％
無申告加算税	期限後申告・決定がある場合	15％、50万円超300万円以下20％、300万円超30％	調査通知前・更正等予知前は5％。調査通知後・更正等予知前は10％、一定部分15％、300万円超25％
不納付加算税	源泉徴収等による国税を法定納期限後に納付・納税告知がある場合	10％	告知予知前の自主納付は5％。一定の1か月以内納付は不適用

過少申告加算税・無申告加算税・不納付加算税それぞれの課税要件、税額区分、原則税率、調査通知後・更正等予知前の取扱い、不適用事由については、財務省の資料に一覧として整理されています。出典：財務省｜加算税制度の概要①（基本情報）

ここで大切なのは、「修正申告をしたから一律10％」「期限後申告だから一律15％」と単純に考えないことです。調査通知の前か、後か、あるいは更正等を予知した後かによって、加算税の有無や税率が変わってきます。

過少申告加算税｜期限内申告をしたが税額が少なかった場合

過少申告加算税は、期限内申告書を提出していたものの、その後の修正申告や更正によって追加の税額が生じる場合に問題になります。

法人税務では、次のような場面が典型です。

指摘事項	過少申告加算税が問題になる理由
売上計上漏れ	課税所得が過少だった
期末売上の計上時期誤り	益金算入時期が誤っていた
役員給与の損金不算入	損金にしていた金額が否認された
役員退職金の過大額否認	損金算入額が過大だった
交際費・寄附金の区分誤り	損金不算入額が不足していた
貸倒損失の要件未充足	損金算入時期が早すぎた
固定資産の修繕費処理否認	資本的支出として資産計上すべきだった
税額控除の適用誤り	控除税額が過大だった

過少申告加算税の原則的な割合は10％です。ただし、増差税額のうち、期限内申告税額と50万円のいずれか多い金額を超える部分については15％になります。この区分は財務省の資料でも同様に示されており、50万円以下または期限内申告税額以下の部分が10％、それを超える部分が15％とされています。出典：財務省｜加算税制度の概要①（基本情報）

過少申告加算税は「いつ修正したか」で変わる

過少申告加算税の実務判断では、修正申告のタイミングが決め手になります。

修正申告のタイミング	過少申告加算税の取扱い
調査通知前かつ更正予知前	原則として課されない
調査通知後、更正予知前	5％。一定部分は10％
更正予知後又は更正後	10％。一定部分は15％
正当な理由がある部分	その部分は対象から除外

この線引きは、国税庁の事務運営指針に具体的に示されています。法人への臨場調査、取引先への反面調査、あるいは申告書の内容を検討したうえでの非違事項の指摘などによって、法人が調査のあったことを知った後に修正申告書を提出した場合には、原則として「更正があるべきことを予知してされたもの」に当たるとされています。

一方で、臨場のための日時を連絡した段階で修正申告書が提出されたケースは、原則として更正予知には当たらないと整理されています。出典：国税庁｜法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）

つまり、税務署から連絡が来たからといって、直ちに「手遅れ」になるわけではありません。しかし、調査で具体的な非違事項を指摘された後に修正申告をしても、通常は自主的な修正としては扱われにくくなります。実務上も、修正申告の勧奨を受けた後の修正申告については、過少申告加算税の免除規定の適用は認められにくいと考えられます。

無申告加算税｜期限までに申告しなかった場合

無申告加算税は、法定申告期限までに申告書を提出していない場合に問題になります。

法人税務では、次のような場面が考えられます。

場面	実務上の問題
法人税申告書を期限までに提出していない	無申告加算税、延滞税、青色申告・欠損金管理への影響
消費税申告書を期限までに提出していない	消費税本税、延滞税、無申告加算税
設立後の初年度申告を失念した	届出・青色申告・欠損金繰越への影響
休眠会社と思い込んで申告していない	所得・均等割・地方税・消費税の確認が必要
赤字だから申告不要と誤解した	欠損金繰越や青色申告維持に重大な影響

無申告加算税の原則的な割合は、50万円以下の部分が15％、50万円超300万円以下の部分が20％、300万円超の部分が30％です。このうち300万円超の部分にかかる30％は、令和5年度改正で高額無申告への対応として設けられたもので、令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税に係る無申告加算税に適用されます。出典：国税庁｜相続税及び贈与税等に関する質疑応答事例（令和5年度税制改正関係）

法人税の世界では、「赤字だから申告しなくても税金は出ない」と考えてしまうことがあります。しかし、これは非常に危険です。仮に無申告加算税が問題にならないとしても、青色欠損金の繰越、税額控除の適用、金融機関への決算説明、さらには将来のM&A・事業承継・組織再編での税務DDに、大きな影響が残るからです。

無申告は、本税だけの問題ではありません。会社の申告履歴そのものに傷を残す問題なのです。

無申告加算税も「調査通知前かどうか」で変わる

無申告加算税についても、期限後申告のタイミングによって負担が変わります。

期限後申告のタイミング	無申告加算税の取扱い
調査通知前かつ更正等予知前	原則5％
調査通知後、更正等予知前	10％、50万円超部分15％、300万円超部分25％
更正等予知後又は決定後	15％、50万円超300万円以下20％、300万円超30％
法定申告期限から1か月以内の一定の期限後申告	不適用となる場合あり
正当な理由がある場合	不適用

調査通知前かつ更正等予知前の段階であれば、過少申告加算税は課されず、無申告加算税が課される場合でも、その割合は5％にとどまります。これが調査通知の後、更正等を予知する前までの期限後申告等になると、無申告加算税の割合は10％、50万円を超える部分は15％となります。出典：国税庁｜加算税制度（国税通則法）の改正のあらまし

さらに現在は、令和5年度改正による高額無申告への対応が加わっているため、300万円超の部分は、調査通知後・更正等予知前で25％、更正等予知後等で30％となる点に注意が必要です。出典：財務省｜加算税制度の概要①（基本情報）

不納付加算税｜源泉所得税を期限までに納めなかった場合

不納付加算税は、法人税申告書そのものではなく、源泉所得税などの「源泉徴収等による国税」を法定納期限までに納付しなかった場合に問題になります。

中小企業で特に多いのは、次のような場面です。

場面	不納付加算税が問題になる理由
給与・役員報酬の源泉所得税を納期限までに納めていない	毎月又は納期特例の納付漏れ
士業・講師・デザイナー等への報酬源泉を失念した	報酬料金等の源泉徴収漏れ
役員賞与・退職金の源泉処理を誤った	支給時の源泉徴収・納付漏れ
非居住者・外国法人への支払で源泉徴収を失念した	国内源泉所得・租税条約の確認不足
外注費と思っていた支払が給与認定された	過年度源泉税の納付漏れ
年末調整後の不足額納付を失念した	源泉徴収義務の管理漏れ

不納付加算税の原則的な割合は10％です。ただし、納税の告知を予知しないで自主的に納付した場合には、5％に軽減されます。この点も事務運営指針に具体的に示されています。源泉徴収義務者への臨場調査や取引先への反面調査などによって、源泉徴収義務者が調査のあったことを知った後に自主納付した場合には、原則として「告知があるべきことを予知してされたもの」に当たるとされています。出典：国税庁｜源泉所得税及び復興特別所得税の不納付加算税の取扱いについて（事務運営指針）

したがって、調査によらずに期限後納付をした場合であれば、5％に軽減されることになります。

1か月以内の納付で不納付加算税がかからない場合

不納付加算税には、一定の不適用制度が設けられています。

源泉徴収等による国税を、納税の告知を受けることなく自主的に納付した場合であって、法定納期限までに納付する意思があったと認められる一定の場合に該当し、なおかつ法定納期限から1か月を経過する日までに納付されたときは、不納付加算税は徴収されません。

この「納付する意思があったと認められる一定の場合」の要件としては、直前1年内に一定の納税告知を受けたことがないこと、そして納税告知を受けることなく期限後納付をした事実がないことが挙げられます。出典：国税庁｜国税通則法

この制度は、源泉所得税の納付を一度だけうっかり失念してしまった会社にとって、大きな意味を持ちます。ただし、過去にも期限後納付が続いている場合や、すでに納税告知を受けている場合には、適用できないことがあります。

源泉所得税は、会社が従業員や支払先から預かって国に納める税金です。会社自身の法人税とは性質が異なりますから、資金繰りが厳しいからといって後回しにしてよいものではありません。

「正当な理由」があれば加算税がかからないことがある

過少申告加算税、無申告加算税、不納付加算税には、それぞれ「正当な理由」がある場合の不適用が設けられています。

ただし、実務で最も誤解されやすいのが、この「正当な理由」です。

正当な理由は、「悪意がなかった」「担当者が知らなかった」「顧問税理士に任せていた」「忙しかった」「資金繰りが苦しかった」といった事情だけで認められるものではありません。

国税庁の事務運営指針では、過少申告加算税に関する正当な理由の例として、申告書の提出後に新たに法令解釈が明確化され、その解釈と法人の解釈が異なることとなった場合で、法人の解釈について相当の理由があると認められるケースなどが挙げられています。反対に、税法の不知・誤解、あるいは事実誤認に基づくものは、正当な理由には当たらないとされています。出典：国税庁｜法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）

無申告加算税については、災害、交通・通信の途絶、その他期限内に申告書を提出しなかったことについて真にやむを得ない事由があると認められる場合に、正当な理由があるものとして取り扱うとされています。出典：国税庁｜法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）

不納付加算税についても、いくつかの例が示されています。たとえば、税法解釈に関する取扱いが給与等の支払後に公表された場合、一定の申告書に基づく控除が過大であったものの源泉徴収義務者の責めに帰すべき事由がない場合、金融機関への納付委託が通常なら期限内納付に間に合う余裕をもって行われていたにもかかわらず、金融機関の事務処理誤りによって期限後納付となった場合、そして災害等により真にやむを得ない事由がある場合などです。出典：国税庁｜源泉所得税及び復興特別所得税の不納付加算税の取扱いについて（事務運営指針）

そして忘れてはならないのが、正当な理由に該当することの主張立証責任は、納税者の側が負うものと解されている点です。つまり、単に「納得できない」と述べるだけでは足りず、客観的な資料で説明できる状態にしておく必要があります。

「調査通知」と「更正予知」は分けて考える

加算税の判断では、「調査通知」と「更正予知」を分けて理解しておくことが欠かせません。

用語	実務上の意味
調査通知	実地の調査を行う旨、調査対象税目、調査対象期間の通知
更正予知	調査等により非違事項を把握され、将来更正されることを納税者が予知した状態
調査通知前・更正予知前	自主的な是正として扱われやすい
調査通知後・更正予知前	一部軽減はあるが、完全な自主是正とは扱われにくい
更正予知後	原則税率が適用される場面が多い

調査通知とは、実地の調査を行う旨、調査対象税目、調査対象期間という3つの事項の通知を指します。出典：国税庁｜加算税制度（国税通則法）の改正のあらまし

また、調査通知の後に修正申告書が提出された場合には、その調査について実地調査が行われたかどうかにかかわらず、調査通知前の自主修正としての取扱いは原則として受けられないとされています。出典：国税庁｜法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）

したがって、税務署から調査の連絡を受けた後は、「急いで修正申告すれば加算税は回避できる」と早合点するのではなく、次の点を確認しておく必要があります。

確認すべき事項	なぜ重要か
連絡内容が調査通知に当たるか	調査通知後かどうかで税率が変わる
どの税目・期間が通知されたか	対象外部分の修正は別扱いになることがある
具体的な非違事項を指摘されたか	更正予知の有無に影響する
修正申告する内容が指摘事項と同じか	自主修正と評価される範囲に影響する
税務代理権限証書の通知同意欄	税理士への通知時点が問題になる
修正申告書の提出日	加算税・延滞税の負担に影響する
納付予定日	延滞税や資金繰りに影響する

調査通知から更正予知までの間に修正申告をした場合の過少申告加算税は5％、一定部分は10％です。この仕組みは、平成28年度税制改正において、事前通知の直後に多額の修正申告を行って加算税を回避する事例への対応として設けられたものです。

帳簿の不提示・不記載等による加重措置

近年の加算税制度では、単に税額が過少だったか、無申告だったかだけでなく、帳簿保存や電子データ保存の状況も重要になってきています。

税務調査において一定の売上に係る帳簿の提出等を求められた場合に、それを提出しなかったとき、帳簿の記載が著しく不十分であるとき、あるいは記載が不十分であるときは、加重措置の対象となります。しかも、この加重は帳簿に記載すべき事項に係る税額の申告漏れが対象であり、売上の申告漏れに限られるわけではありません。出典：財務省｜加算税制度の概要①（基本情報）

法人税の事務運営指針でも、帳簿の提示・提出を求められた際に法人が遅滞なくこれに応じなかった場合の取扱い、売上げの範囲、帳簿に記載・記録すべき特定事項の取扱いなどが整理されています。出典：国税庁｜法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）

これは、税務調査対応だけの問題ではありません。普段から、売上台帳、請求書、契約書、入金記録、会計データ、電子取引データを整理できていない会社では、いざ調査というときに「資料はあるはずだがすぐ出せない」「データの保存形式が不十分」「証憑と会計処理の対応関係が追えない」という状態に陥りがちです。その結果として、加算税の負担が重くなる可能性があります。

なお、令和7年度改正では、一定の要件を満たす電子取引データについて、加重の対象から除外する措置が整備されています。出典：財務省｜加算税制度の概要①（基本情報）　電子帳簿保存法への対応と加算税リスクは、今後ますます切り離せないものとして考えていく必要があります。

繰り返しの無申告は加重される

無申告については、近年、特に厳格化が進んでいます。

無申告加算税や重加算税には、短期累犯加重や連年無申告加重といった加重措置が設けられています。具体的には、過去5年以内に無申告加算税または重加算税を課されたことがある場合や、前年分および前々年分の国税について無申告加算税または無申告重加算税を課されたことがある場合などに、加重が問題になります。出典：財務省｜加算税制度の概要①（基本情報）

中小企業では、次のような事情から申告が滞ってしまうことがあります。

状況	会社側が考えがちなこと	実務上のリスク
休眠状態だった	売上がないから申告不要	均等割、青色申告、欠損金、税務署対応に影響
資金繰りが厳しい	納税できないから申告しない	申告義務と納付義務を混同している
担当者が退職した	資料が分からないので後回し	無申告期間が連続する可能性
顧問契約が切れた	誰も申告していなかった	会社側の管理責任が問われる
赤字続きだった	税額がないから問題ない	欠損金繰越や将来の説明力を失う

申告できない事情があるとしても、「申告しない」という選択は最もリスクの高い対応です。納税資金が不足している場合には、納税猶予や分納の相談を検討すべきであり、申告義務そのものを放置してよいわけではありません。

不納付加算税は「源泉税管理」の問題として捉える

不納付加算税は、法人税申告書の作成ミスではなく、源泉徴収事務の管理ミスから生じます。

法人税務を経営管理の一部として捉えるなら、源泉所得税の管理は、毎月の内部統制に組み込んでおくべき事柄です。

特に注意したい支払は、次のとおりです。

支払内容	確認すべきこと
給与・賞与	源泉徴収税額、住民税、社会保険との整合
役員報酬	定期同額給与、源泉税、納期特例
役員退職金	退職所得の受給に関する申告書、源泉徴収額
税理士・弁護士等報酬	報酬料金等の源泉徴収対象か
講演料・原稿料	個人への支払か、法人への支払か
外注費	実質が給与と認定されないか
非居住者への支払	国内源泉所得、租税条約届出、源泉税率
外国法人への使用料等	源泉所得税・租税条約・PEの確認

不納付加算税の怖いところは、法人税調査の場で、源泉税の問題が後から発見される点にあります。たとえば、外注費として処理していた支払が給与と認定された場合、法人税や消費税だけでなく、過年度の源泉所得税、不納付加算税、延滞税までが連鎖的に問題になってしまうのです。

加算税が発生したときの会計・申告上の注意点

加算税が発生した場合、会社は次の3つを分けて処理する必要があります。

区分	内容
本税	法人税、地方法人税、消費税、源泉所得税など
附帯税	延滞税、過少申告加算税、無申告加算税、不納付加算税など
会計・税務調整	会計上の費用処理と法人税申告上の損金不算入調整

実務上は、次のような確認が必要になります。

確認項目	実務判断
どの税目の加算税か	法人税、消費税、源泉税で対応が異なる
どの事業年度に係るものか	過年度損益、当期費用、未払計上を確認
損金経理しているか	会計処理と税務調整の連動を確認
損金不算入調整が必要か	別表四で加算調整が必要になることがある
地方税にも波及するか	法人住民税・法人事業税・地方消費税を確認
金融機関に説明が必要か	一過性の修正か、管理体制上の問題か整理
再発防止策があるか	月次レビュー、源泉税チェック、届出管理を整備

加算税は、本税とは別に資金が出ていくうえに、原則として法人税計算上の損金にはなりません。会計上の損益だけを見ていると、税務上の実質的な負担を過小評価してしまうおそれがあります。

加算税を最小化するために必要なのは「発見後のスピード」ではなく「発見前の体制」

誤りが見つかった後に修正申告を急ぐことは、たしかに大切です。しかし、それだけでは十分ではありません。

加算税を軽減あるいは回避できるかどうかは、多くの場合、次のような平時の体制に左右されます。

平時の管理	加算税リスクへの影響
月次決算の精度	売上計上漏れ、費用処理誤りを早期発見できる
税務論点リスト	役員給与、寄附金、貸倒、固定資産などを決算前に確認できる
申告前レビュー	過少申告の予防につながる
期限管理表	無申告、源泉税不納付を防げる
源泉税チェックリスト	不納付加算税の予防につながる
証憑・帳簿管理	帳簿不提示等による加重を避けやすい
税務代理権限証書の管理	調査通知の時点を正確に把握できる
調査連絡時の初動整理	調査通知前・後、更正予知前・後の判断を誤らない

M&Aや組織再編の税務においても、重大な事故の多くは、高度な論点の誤解だけでなく、ケアレスミスやレビュー不足から生じています。税務実務では、論点の知識そのものに加えて、ミスを見つける体制、確認する体制、記録する体制が重要になるのです。

税務調査で指摘を受けたときの判断手順

税務調査で指摘を受けたときは、加算税を次の順番で確認していきます。

手順	確認内容
1	指摘事項が本当に誤りか確認する
2	対象税目と対象年度を特定する
3	期限内申告があったか、無申告かを確認する
4	源泉徴収等による国税の不納付かを確認する
5	調査通知の日時・内容を確認する
6	更正予知に至った時点を確認する
7	修正申告をするか、更正を受けるかを判断する
8	正当な理由の有無を資料で検討する
9	帳簿不提示・不記載等の加重措置の有無を確認する
10	重加算税リスクがないかを別途検討する
11	本税・延滞税・加算税・地方税を含めた資金影響を試算する
12	会計処理と別表調整を確認する
13	再発防止策を決める

ここで避けたいのは、「税務署から言われたから、とにかくすぐ修正申告する」という対応です。

もちろん、誤りが明らかであれば、速やかな是正が重要であることに変わりはありません。しかし、修正申告をすると、その修正申告自体については不服申立てができなくなるなど、手続上の影響が生じます。加算税についても、正当な理由、更正予知、調査通知、帳簿加重、重加算税との関係を確認しないまま修正申告をしてしまうと、後になって争点の整理が難しくなります。

加算税の賦課決定については、理由付記や争訟手順が問題となる場合があります。また、正当な理由等の該当性を主張するには、再調査の請求等の不服申立手続を通じて、明確に主張していくことが考えられます。

専門家に相談する前に整理すべき資料

過少申告加算税、無申告加算税、不納付加算税の相談では、次の資料をあらかじめ整理しておくと、判断がスムーズに進みます。

資料	確認目的
当初申告書・別表	期限内申告の有無、当初税額、税務調整の確認
修正申告案	増差税額、修正理由の確認
税務署からの通知・連絡メモ	調査通知の有無、時点の確認
調査官からの指摘事項メモ	更正予知の時点、指摘内容の確認
帳簿・総勘定元帳	帳簿不提示・不記載等の有無
契約書・請求書・領収書	取引実態の確認
売上台帳・入金記録	売上計上漏れ・期ズレの確認
固定資産台帳	資産計上・償却・修繕費判断
役員給与・退職金資料	損金算入要件、議事録、支給実態
源泉所得税納付書	不納付加算税の対象税額・納期限確認
給与台帳・報酬支払一覧	源泉徴収漏れの確認
電子帳簿・電子取引データ	帳簿加重・電子帳簿軽減の確認
納付予定表	延滞税・資金繰りの確認
正当な理由を示す資料	災害、通信障害、金融機関誤処理、法令解釈変更等の根拠

重要なのは、結論だけでなく、「いつ気づいたか」「誰が何を確認したか」「調査通知の前か後か」「具体的な指摘の前か後か」を、時系列で残しておくことです。

まとめ

過少申告加算税、無申告加算税、不納付加算税は、税務調査の後に突然現れるペナルティではありません。決算前の確認不足、申告期限管理の不備、源泉税納付管理の弱さ、資料保存の不十分さといった日頃の課題が、調査の場面で加算税という形になって表面化するものです。

過少申告加算税では、期限内申告があったうえで税額が少なくなった理由と、修正申告のタイミングが重要になります。調査通知前・更正予知前に自ら誤りを見つけて修正できれば、原則として加算税を避けられる可能性があります。

無申告加算税では、申告期限を過ぎた理由だけでなく、申告する意思、納付状況、過去の無申告・重加算税の有無、高額無申告の有無が問われます。令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税については、300万円超部分の30％をはじめ、無申告への負担が重くなっています。

不納付加算税では、源泉所得税を会社の通常の税務とは別枠で管理する必要があります。給与、役員報酬、報酬料金、退職金、非居住者・外国法人への支払などは、毎月の支払段階で源泉徴収の要否を確認しておくべきです。

加算税の負担を抑える最も確実な方法は、調査の後に慌てて対応することではありません。申告前レビュー、期限管理、源泉税管理、帳簿・証憑管理、そして税務判断の記録化を、平時から地道に整えておくことに尽きます。

犬飼公認会計士・税理士事務所では、税務調査で指摘を受けた場合の本税・延滞税・加算税の影響整理から、修正申告と更正のどちらを選ぶべきかの判断、源泉所得税の納付漏れ確認、申告前レビュー体制の整備まで、会計と税務の両面から支援しています。過去の申告や源泉税管理にご不安がある場合は、調査の連絡が来てからではなく、論点が見えた段階で、お問い合わせページからご相談ください。

振り返り

論点	重要ポイント
過少申告加算税	期限内申告後に修正申告・更正があり、追加税額が生じる場合に問題になる
過少申告加算税の原則税率	10％。期限内申告税額と50万円のいずれか多い金額を超える部分は15％
過少申告の自主修正	調査通知前・更正予知前なら原則不適用
調査通知後・更正予知前	過少申告加算税は5％、一定部分10％
無申告加算税	法定申告期限までに申告書を提出していない場合に問題になる
無申告加算税の原則税率	50万円以下15％、50万円超300万円以下20％、300万円超30％
無申告の自主期限後申告	調査通知前・更正等予知前なら原則5％
無申告の1か月以内申告	一定要件を満たせば不適用となる場合がある
不納付加算税	源泉徴収等による国税を法定納期限までに納めなかった場合に問題になる
不納付加算税の原則税率	10％
不納付の自主納付	告知予知前の自主納付なら5％
不納付の1か月以内納付	一定要件を満たせば不適用となる場合がある
正当な理由	税法の不知、誤解、単なる失念、資金不足だけでは通常認められにくい
調査通知	実地調査を行う旨、対象税目、対象期間の通知
更正予知	非違事項の指摘等により、更正されることを納税者が予知した状態
帳簿不提示等の加重	帳簿・電子取引データの保存管理が加算税負担に影響する
損金算入	各種加算税は原則として法人税計算上損金不算入
実務対応	本税、延滞税、加算税、地方税、会計処理、別表調整、再発防止策を一体で整理する