2割特例の適用要件と終了時の注意点|インボイス登録後の消費税をどう移行設計するか

インボイス制度を機に、免税事業者から適格請求書発行事業者となった小規模事業者にとって、2割特例は、消費税申告への移行負担を大きくやわらげてくれる制度です。

ただし、2割特例は「登録した小規模事業者であれば、誰でもいつまでも使える制度」ではありません。適用できる課税期間は限られています。基準期間の課税売上高、特定期間、課税事業者選択届出、高額資産の取得、課税期間の短縮といった事情によって、適用できない場合があるのです。

そして、実務でより重要になるのは、2割特例の終了後です。何も検討しないまま原則課税へ移ってしまうと、仕入税額控除の証憑管理、非登録仕入れの経過措置、そして納税資金の増加が、一度に表面化します。一方、簡易課税へ移る場合には、届出期限と2年拘束、事業区分、設備投資の予定を確認しておかなければなりません。個人事業者であれば、令和9年分・令和10年分の3割特例も選択肢に入りますが、これは法人には適用されません。

本記事では、2割特例を単なる「申告書上の計算特例」としてではなく、インボイス登録後の取引条件、資金繰り、届出、社内運用、そして将来の課税方式を設計するための論点として整理していきます。

目次

まず結論|2割特例は「入口の負担軽減」であり、出口設計が本論点になる

2割特例について、最初に押さえておきたい点は次のとおりです。

項目実務上の結論
制度の性格インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者となった小規模事業者向けの経過措置
計算の基本納付税額を、概ね売上税額の2割とする計算
事前届出不要。申告書に適用を受ける旨を付記して適用
継続適用毎期継続する義務はなく、課税期間ごとに判断できる
適用期間令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間
対象外基準期間売上高1,000万円超、特定期間判定、新設法人特例、高額資産取得、課税期間短縮など一定の場合
終了後の主な選択肢原則課税、簡易課税、個人事業者の3割特例、登録取消し・免税復帰の検討
最大の注意点特例終了後の納税額・届出期限・証憑管理を事前に設計すること

2割特例は、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間において、一定の免税事業者が適格請求書発行事業者となる場合に、控除額を売上税額相当額の8割とし、納付税額を売上税額の2割とする経過措置です。
出典:国税庁|問114 小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置〈2割特例〉

2割特例とは何か

2割特例は、インボイス制度を契機として、これまで免税事業者であった方が適格請求書発行事業者となり、課税事業者として消費税申告を行うことになった場合の負担軽減措置です。

通常、消費税の納付税額は、売上に係る消費税額から、仕入れや経費に係る消費税額を差し引いて計算します。原則課税では、実際の仕入税額、インボイスの保存、用途区分などを確認していきます。簡易課税では、売上税額に事業区分ごとのみなし仕入率を乗じて控除税額を求めます。

これに対して2割特例は、仕入税額の実額計算やみなし仕入率による計算を用いません。売上税額を基礎として、納付税額を概ねその2割とする計算を行います。

計算方式控除税額の考え方納付税額のイメージ
原則課税実際の課税仕入れ等に係る消費税額を控除売上税額 − 実際の控除税額
簡易課税売上税額 × みなし仕入率を控除売上税額 × みなし納付割合
2割特例売上税額の8割相当を控除売上税額 × 2割

たとえば、売上税額が100万円であれば、2割特例では概算で20万円が納付税額になります。実際の申告にあたっては、税率別の売上、売上返還等、国税・地方消費税の計算、申告書・付表の処理に従って計算していきます。

ここで押さえておきたいのは、2割特例は「仕入れを見なくてよい制度」ではない、という点です。あくまで、納付税額の計算上、仕入控除税額を特例的に計算する制度にすぎません。仕入先との契約、請求書、領収書、支払資料、電子取引データは、法人税・所得税、電子帳簿保存法、経費管理、税務調査対応のために、引き続き保存が必要になります。

適用要件|「登録したから使える」ではなく、免税点制度との関係で見る

2割特例を適用できるかどうかは、次の順序で確認していきます。

確認順序確認事項
1適格請求書発行事業者であるか
2インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になったか
3対象期間内の課税期間か
4その課税期間について、本来なら免税事業者となり得るか
5基準期間・特定期間・組織再編・高額資産取得等による適用除外がないか
6申告書に2割特例の適用を受ける旨を付記しているか

2割特例は、インボイス登録がなければ免税事業者であったはずの方に向けた経過措置です。したがって、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えているなど、インボイス登録とは関係なく課税事業者となる課税期間については、原則として対象外になります。

もっとも、すでに課税事業者である方が適格請求書発行事業者となった場合でも、その登録を受けた課税期間の翌課税期間以後に、基準期間の課税売上高が1,000万円以下となるときは、原則として2割特例を受けられる場合があります。
出典:国税庁|問114 小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置〈2割特例〉

適用できる期間|「令和8年9月30日まで」と「その日の属する課税期間」を区別する

2割特例の適用期間は、「令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間」です。

このとき、「令和8年9月30日で一律に終わる」と理解してしまうと、判断を誤ります。課税期間の末日がいつになるかによって、最後に2割特例を適用できる申告期が変わってくるためです。

事業者の区分最後に2割特例を適用できる課税期間の考え方
個人事業者令和8年分の課税期間が令和8年9月30日を含むため、令和8年分まで対象になり得る
3月決算法人令和9年3月期が令和8年9月30日を含むため、令和9年3月期まで対象になり得る
9月決算法人令和8年9月期が令和8年9月30日を含むため、令和8年9月期まで対象になり得る
10月決算法人令和8年10月期が令和8年9月30日を含むため、令和8年10月期まで対象になり得る
12月決算法人令和8年12月期が令和8年9月30日を含むため、令和8年12月期まで対象になり得る

この「日の属する課税期間」という表現は、終了時の届出や資金繰りに直結します。とりわけ法人は、決算期によって、最後の2割特例適用期も、その後の簡易課税選択届出の期限も変わってきます。

2割特例を適用できない課税期間

2割特例には、対象外となる課税期間があります。主なものは次のとおりです。

適用できない主な場面実務上の確認事項
基準期間の課税売上高が1,000万円超前々年・前々事業年度の課税売上高を確認
特定期間判定で課税事業者となる前年又は前事業年度開始後6か月の課税売上高・給与等を確認
相続・合併・分割により免税点制度が制限される事業承継・組織再編後の納税義務を確認
新設法人・特定新規設立法人の特例資本金、支配関係、大規模法人グループを確認
課税事業者選択後に調整対象固定資産を取得課税選択届出、取得時期、一般課税での控除を確認
一般課税で高額特定資産を取得税抜1,000万円以上の棚卸資産・調整対象固定資産を確認
課税期間を1か月又は3か月に短縮課税期間特例選択届出書の有無を確認
一定の国外事業者恒久的施設の有無を確認

実務上は、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える課税期間、特定期間による納税義務免除の特例で免税点制度の適用が制限される課税期間、相続・合併・分割、新設法人・特定新規設立法人、高額資産の取得、課税期間の短縮といった場面が、2割特例を適用できない課税期間にあたります。
出典:国税庁|問115 2割特例の適用ができない課税期間①

この確認で大切なのは、「売上が1,000万円以下かどうか」だけで判断しないことです。特定期間、資本金、組織再編、高額資産、課税事業者選択届出の履歴が絡んでくると、基準期間の売上だけでは結論が出ません。

課税事業者選択届出書を提出している場合の注意点

インボイス登録の際に、登録申請書と課税事業者選択届出書を同時に提出された方がいます。この場合、2割特例を使えるかどうかは、いつから課税事業者になったかによって結論が変わります。

令和5年10月1日より前から、課税事業者選択届出書の提出により引き続き課税事業者となっているときは、令和5年10月1日を含む課税期間について、2割特例を受けられない場合があります。一方で、一定の場合には、その課税期間中に課税事業者選択不適用届出書を提出することで、課税事業者選択届出書の効力を失わせ、登録日から課税事業者となる扱いにできる経過措置が用意されています。
出典:国税庁|問116 2割特例の適用ができない課税期間②

実務では、次の資料を確認していきます。

確認資料確認内容
適格請求書発行事業者の登録通知登録日
登録申請書控え登録希望日、提出日
課税事業者選択届出書控えいつから課税事業者を選択したか
課税事業者選択不適用届出書控え効力を失わせる手続を行ったか
過年度申告書すでに課税事業者として申告していたか
基準期間売上高資料翌課税期間以降に2割特例を適用できる可能性があるか

「課税事業者選択届出書を出しているから常に2割特例は不可」とも、「登録したから常に2割特例は可」とも、一概にはいえません。届出の提出時期、効力発生日、登録日、課税期間を並べて、あわせて判断する必要があります。

2割特例は申告時に選べるが、比較は申告直前では遅い

2割特例は、事前届出が不要です。申告書に2割特例の適用を受ける旨を付記することで適用できます。しかも、簡易課税のように継続適用しなければならない、という制限もありません。
出典:国税庁|問114 小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置〈2割特例〉

とはいえ、申告時に選べるからといって、申告直前まで何もしなくてよいわけではありません。

たとえば、卸売業で簡易課税の第1種事業に該当する場合、簡易課税ではみなし仕入率90%が適用され、納付税額は概算で売上税額の1割になります。この場合、2割特例よりも簡易課税のほうが、納付税額が少なくなる可能性があります。ただし、簡易課税は原則として事前届出が必要であり、2年間の継続適用制限もあります。

実際、卸売業に該当する法人については、簡易課税制度を適用したほうが2割特例より納付税額が少なくなる例があります。また、多額の設備投資などがある場合、一般課税であれば還付税額が生じ得るのに対し、簡易課税や2割特例では通常、還付は生じません。この点にも注意しておく必要があります。
出典:国税庁|問117-2 2割特例を適用するよりも簡易課税制度を適用した方が納付税額が少なくなる場合

2割特例・簡易課税・原則課税をどう比較するか

2割特例を使える課税期間であっても、必ず2割特例を選ぶべきだとは限りません。比較すべき軸は次のとおりです。

比較項目2割特例簡易課税原則課税
事前届出不要原則必要不要。ただし簡易課税をやめる届出が必要な場合あり
計算の簡便さ高い比較的高い低い
仕入インボイスの税額計算への影響原則として小さい原則として小さい大きい
設備投資による還付通常生じない通常生じない生じる可能性あり
事業区分管理不要必要不要
用途区分・課税売上割合原則不要原則不要必要となる場合あり
特例終了後の継続性終了あり2年拘束あり制度上の拘束は別途確認
向きやすい場面小規模で実額管理に慣れていない登録初期みなし仕入率が高い業種、事務負担軽減設備投資、輸出、還付、実額控除が重要な場合

2割特例の期間中は、「売上税額の2割だから安心」と感じやすいものです。しかし、取引の実態によっては簡易課税のほうが有利な場合もありますし、設備投資があるときは、原則課税を選ばなければ還付の機会を失ってしまうこともあります。

特例終了後の選択肢

2割特例が終わった後の選択肢は、大きく分けると次の4つです。

選択肢主な対象注意点
原則課税すべての課税事業者インボイス保存、用途区分、非登録仕入れ管理が必要
簡易課税基準期間の課税売上高5,000万円以下の課税事業者届出期限、2年拘束、事業区分が重要
3割特例一定の個人事業者令和9年分・令和10年分。法人は対象外
登録取消し・免税復帰取引上インボイス交付が不要又は影響が限定的な事業者登録取消届出、免税点、課税選択届出、高額資産制限を確認

令和8年度改正により、個人事業者である適格請求書発行事業者の令和9年分及び令和10年分の申告について、一定の要件のもと、納付税額を課税標準額に対する消費税額の3割とする3割特例が創設されました。現行の2割特例は、令和8年9月30日までの日の属する課税期間で終了します。
出典:国税庁|インボイス制度に関する令和8年度税制改正について

3割特例は個人事業者向けの制度であり、法人は対象外です。法人が2割特例の終了後も課税事業者として登録を続けるのであれば、原則課税と簡易課税のどちらで申告するかを検討していくことになります。

簡易課税へ移行する場合の届出期限

2割特例終了後の実務で、最も多くご相談をいただくのが、簡易課税への移行です。

簡易課税制度は、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の課税事業者が、売上税額を基礎として、事業区分ごとのみなし仕入率により仕入控除税額を計算する制度です。この適用を受けようとする場合は、原則として、その課税期間の初日の前日までに、消費税簡易課税制度選択届出書を提出しておく必要があります。
出典:国税庁|No.6505 簡易課税制度

ただし、2割特例又は3割特例を適用した後に簡易課税へ移行する場合には、提出期限の特例が設けられています。

翌課税期間の終了日簡易課税選択届出書の提出期限
令和8年9月30日以前に終了する課税期間その翌課税期間中
令和8年10月1日以後に終了する課税期間その翌課税期間に係る確定申告期限まで

2割特例又は3割特例を適用した適格請求書発行事業者が、翌課税期間から簡易課税制度を適用する旨を記載した届出書を一定の期限までに提出したときは、その翌課税期間の初日の前日に提出したものとみなされます。なお、翌課税期間中に提出するケースでは、課税期間の末日が休日等であっても、期限が翌日にずれることはありません。
出典:国税庁|問117 2割特例や3割特例を適用した課税期間後の簡易課税制度の選択

この「令和8年9月30日以前に終了する課税期間」と「令和8年10月1日以後に終了する課税期間」の違いは、期限管理のうえできわめて重要です。

たとえば、令和7年9月期に2割特例を適用した9月決算法人が、翌期である令和8年9月期から簡易課税を適用したいとします。この場合は、令和8年9月期中に届出書を提出しなければなりません。申告期限に提出しても、その令和8年9月期からは簡易課税を適用できないのです。

一方、個人事業者が令和7年分まで2割特例を適用し、令和8年分から簡易課税を適用する場合には、令和8年分の確定申告期限までに、令和8年分から簡易課税を受ける旨を記載した届出書を提出すれば、令和8年分から簡易課税を適用できます。

簡易課税を選ぶ前に確認すべきこと

簡易課税は、2割特例終了後の有力な選択肢です。ただし、安易に選んでしまうと、後になって不利になることがあります。

確認事項内容
基準期間売上高5,000万円以下か
事業区分第1種から第6種までのどれに該当するか
複数事業売上を事業区分ごとに分けられるか
2年拘束原則として2年間は簡易課税をやめられない
設備投資高額な固定資産取得予定がないか
輸出売上原則課税なら還付になる可能性がないか
非課税売上原則課税では控除制限が生じるか
インボイス受領体制原則課税へ移る場合に証憑管理ができるか
資金繰り2割特例終了後の納付額増加に耐えられるか

簡易課税を選ぶと、通常、消費税の還付は生じません。設備投資、輸出取引、不動産取得、開業投資などがある場合には、原則課税を検討すべき場面があります。

また、簡易課税は仕入側の実額管理が軽くなる一方で、売上側の事業区分が税額に直結します。不動産賃貸、物販、サービス、飲食、固定資産の売却が混在する事業者では、売上明細、請求書、契約書から事業区分を説明できる状態を整えておく必要があります。

登録取消し・免税復帰を検討する場合

2割特例の終了後に、適格請求書発行事業者の登録を取りやめる、という選択肢もあります。ただし、登録の取消しは、取引先との関係に直接影響します。

登録を取りやめると、原則としてインボイスを交付できなくなります。取引先が原則課税の課税事業者である場合には、その仕入税額控除に影響しますので、価格交渉、契約更新、取引継続の判断が必要になります。

適格請求書発行事業者は、登録取消届出書を提出することで、登録の効力を失わせることができます。原則として、届出書を提出した日の属する課税期間の翌課税期間の初日に効力が失われますが、翌課税期間の初日から起算して15日前の日を過ぎて提出した場合には、翌々課税期間の初日に失効となります。この15日前の日が休日等であっても、期限が翌日にずれることはありません。
出典:国税庁|問13 登録の取りやめ

さらに注意したいのは、登録を取りやめれば必ず免税事業者に戻れる、というわけではない点です。登録に係る経過措置により登録を受けた場合は、登録日以後2年を経過する日の属する課税期間まで、登録を取りやめても免税事業者となれない場合があります。また、課税事業者選択届出書を提出している事業者が免税点制度の適用を受けるためには、課税事業者選択不適用届出書もあわせて確認しておく必要があります。

2割特例終了後の納税資金をどう見積もるか

2割特例の終了時に、最も実感しやすい影響は、納付額の増加です。

たとえば、売上税額を100とした場合の概算イメージは、次のとおりです。

計算方法納付税額の概算
2割特例20
3割特例30
簡易課税 第1種10
簡易課税 第2種20
簡易課税 第3種30
簡易課税 第4種40
簡易課税 第5種50
簡易課税 第6種60
原則課税実際の仕入税額・用途区分・証憑により変動

この表だけを見ると、簡易課税の第1種や第2種が有利に見えます。しかし、事業区分を誤れば、税額も誤ることになります。また原則課税では、非登録仕入れ、インボイスの保存不備、非課税売上対応仕入れ、共通対応仕入れによって、控除額が想定より小さくなることがあります。

こうしたことから、2割特例の期間中に、少なくとも次の3パターンは試算しておきたいところです。

試算パターン目的
2割特例を適用した場合現在の納付額水準を把握
簡易課税を適用した場合事業区分別の移行後納付額を把握
原則課税を適用した場合実際の仕入構造、インボイス、設備投資、還付可能性を把握

試算は、申告書の作成時ではなく、期中の月次管理のなかで行っておくことをおすすめします。2割特例終了後、最初の納付時期に資金が不足しないよう、毎月の売上税額を基礎に、納税見込みを更新していきます。

2割特例中でも売上管理は簡略化できない

2割特例では、仕入側の実額計算を大幅に簡略化できます。しかし、売上側の管理まで簡略化できるわけではありません。

管理項目理由
課税・非課税・不課税・免税の区分売上税額の基礎になるため
標準税率・軽減税率税率別売上税額の集計が必要なため
売上返還等2割特例の計算でも売上返還等を反映するため
インボイス発行適格請求書発行事業者として交付義務があるため
返還インボイス・修正インボイス値引き・返品・誤記載対応が必要なため
電子取引データ電子帳簿保存法、証憑保存、調査対応に必要なため
雑収入・補助金・保険金対価性の有無によって売上税額が変わるため
固定資産売却課税売上高、納税義務、簡易課税判定に影響するため

2割特例は、税額計算の一部を簡便にする制度であって、取引判定を不要にする制度ではありません。

たとえば、補助金、損害賠償金、立替金、預り金、実費精算、ポイント利用、返品値引き、国外取引などがある場合には、そもそも課税売上なのか、課税標準に含めるのか、それとも売上返還等にあたるのかを、一つひとつ判断していく必要があります。

仕入証憑を軽視してはいけない

2割特例では、仕入税額控除を実額で積み上げません。そのため、仕入先の登録番号確認やインボイスの保存が、納付税額の計算に直接は影響しない場面があります。

とはいえ、仕入証憑を軽視してよいわけではありません。

証憑を保存すべき理由内容
法人税・所得税の経費性実在する事業経費であることを説明する必要
電子帳簿保存法電子取引データの保存義務
取引先との紛争予防請求内容、納品、支払条件の確認
原則課税移行時の準備将来、仕入税額控除を実額計算する可能性
税務調査対応取引実在性、事業関連性、支払事実の説明
資金繰り管理支払予定、未払金、消費税相当額の把握
価格交渉非登録仕入先との取引条件の見直し

特例期間中に証憑管理が崩れてしまうと、原則課税へ移行したときに、仕入税額控除の要件を満たせない、というリスクが生じます。2割特例の期間は、「証憑管理を省略する期間」ではなく、「原則課税又は簡易課税へ移るための準備期間」と捉えていただくのがよいと思います。

2割特例終了前に作るべき判断資料

2割特例の終了前には、次の資料をそろえたうえで検討していきます。

資料確認する論点
過去3年分の売上明細基準期間・特定期間・課税売上高
税率別売上集計標準税率、軽減税率、非課税、不課税
取引先別売上BtoB比率、インボイス要求の有無
仕入・経費明細原則課税へ移行した場合の控除額
仕入先登録番号一覧原則課税時の仕入控除リスク
固定資産台帳設備投資、調整対象固定資産、高額特定資産
投資計画今後の還付可能性、簡易課税選択の可否
届出書控え課税選択、簡易課税、課税期間短縮、登録取消
資金繰り表特例終了後の納付資金
契約書・請求書様式インボイス発行、価格表示、税率
経理フロー証憑回収、電子保存、承認、月次確認

こうした資料がないまま、「とりあえず簡易課税」「とりあえず原則課税」と判断してしまうと、税額だけでなく、資金繰り、価格設定、取引先対応、税務調査対応にまで影響が及びます。

相談が必要な場面

次のような場合は、2割特例の終了を待たずに、早めに検討しておく必要があります。

状況専門的検討が必要な理由
令和8年以後に設備投資を予定している原則課税なら還付可能性があるため
簡易課税へ移行したい届出期限、2年拘束、事業区分の確認が必要なため
法人で2割特例を使っている3割特例が使えず、終了後の移行設計が必要なため
個人事業者で3割特例を検討している令和9年分・令和10年分の要件確認が必要なため
売上が1,000万円前後で推移している基準期間・特定期間で適用可否が変わるため
非登録仕入先が多い原則課税移行時の控除減少が大きくなるため
登録取消しを考えている取引先対応と免税復帰の可否を確認するため
課税選択届出書を提出している登録取消しだけでは免税に戻れない可能性があるため
不動産・輸出・国外取引がある方式選択と取引判定が複雑になるため
会計ソフト上の税区分が担当者任せ特例終了後に誤りが表面化しやすいため

2割特例は、申告時に選べる制度です。しかし、終了後の方式選択は、申告のときに初めて考えるものではありません。課税期間の開始前、設備投資の前、契約更新の前に検討しておくことで、選択肢を手元に残しておけます。

まとめ

2割特例は、インボイス制度を機に課税事業者となった小規模事業者にとって、消費税申告への移行負担をやわらげてくれる重要な制度です。

ただし、恒久的な制度ではありません。令和8年9月30日までの日の属する課税期間で終了します。また、基準期間売上高、特定期間、組織再編、高額資産の取得、課税期間の短縮などによって、対象期間内であっても適用できない場合があります。

実務上の本当の論点は、2割特例を使えるかどうかだけではありません。終了後に、原則課税、簡易課税、3割特例、登録取消しのどれを選ぶのか。そして、その選択が、納付額、資金繰り、仕入証憑、取引先対応、設備投資、将来の還付可能性にどう影響するのか。そこまで整理しておくことが大切です。

犬飼公認会計士・税理士事務所では、2割特例の適用可否だけでなく、特例終了後の簡易課税移行、原則課税との比較、3割特例への接続、登録取消し、非登録仕入先との取引条件、設備投資予定までを含めて、消費税の課税方式を整理しています。

2割特例終了後の納税額が不安なとき、簡易課税届出の期限を確認したいとき、登録を継続すべきか迷っているときは、売上明細、仕入明細、届出書控え、登録通知、投資計画を整理したうえで、犬飼公認会計士・税理士事務所HPのお問い合わせページからご相談ください。

振り返り

論点重要ポイント
2割特例の性格インボイス登録により課税事業者となった小規模事業者向けの経過措置
計算方法納付税額は概ね売上税額の2割
適用期間令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間
申告時選択事前届出は不要。申告書に適用を受ける旨を付記
継続適用毎期継続する義務はない
対象外となる例基準期間売上高1,000万円超、特定期間判定、高額資産取得、課税期間短縮など
課税選択届出提出時期と効力により、2割特例の可否が変わる
簡易課税との比較第1種などでは簡易課税の方が有利な場合がある
原則課税との比較設備投資・輸出・還付可能性がある場合は原則課税を検討
3割特例令和9年分・令和10年分の一定の個人事業者向け。法人は対象外
簡易課税移行2割特例後の届出期限特例を確認する
登録取消し登録取消届出の期限、取引先対応、免税復帰可否を確認
証憑管理2割特例中でも契約書・請求書・電子取引データの保存は重要
資金繰り特例終了後の納付額増加を月次で試算する
相談タイミング課税期間開始前、投資前、契約更新前に検討する
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