3割特例と特例後の簡易課税移行|令和9年・令和10年分の個人事業者が確認すべき消費税の選択肢

インボイス制度をきっかけに、免税事業者から課税事業者へと立場を変えた個人事業者にとって、令和8年分までの負担を大きく和らげてくれたのが「2割特例」でした。

もっとも、この2割特例は、令和8年9月30日までの日が属する課税期間をもって終了します。そこで、その後の令和9年分・令和10年分について、一定の個人事業者を対象に用意されたのが「3割特例」です。

3割特例は、消費税の納付税額を、おおむね売上税額の3割にとどめる制度です。仕入税額を実額で積み上げる必要はなく、簡易課税のような事前届出や継続適用義務もありません。制度の見た目だけをとらえれば、たしかに使い勝手のよい特例に映ります。

しかし、実務での判断は、それほど単純ではありません。

たとえば小売業や卸売業では、簡易課税を選んだほうが納付税額を抑えられる場合があります。反対に、多額の設備投資や輸出取引がある事業者では、原則課税でなければ還付を見込めないこともあります。加えて、3割特例は法人には及びません。個人事業者であっても、基準期間の売上高、特定期間、相続、高額資産の取得、課税期間の短縮といった事情によっては、適用できない課税期間が出てきます。

そこで本記事では、3割特例を単なる「税額を軽くする特例」としてではなく、2割特例終了後の課税方式をどう移行させていくかという、経営管理上の論点として整理してまいります。

目次

まず結論|3割特例は「令和9年・令和10年分の個人事業者向けの橋渡し制度」

はじめに、3割特例について押さえておきたい結論を示します。

項目実務上の結論
対象者インボイス登録により課税事業者となった一定の個人事業者
対象期間令和9年分及び令和10年分の課税期間
法人への適用法人には適用なし
計算の基本納付税額は概ね売上税額の3割
事前届出不要
申告時の手続申告書に3割特例の適用を受ける旨を付記
継続適用簡易課税のような継続適用義務はない
仕入税額の実額計算原則不要
簡易課税との比較第1種・第2種などでは簡易課税の方が有利になり得る
原則課税との比較設備投資・輸出・多額仕入れがある場合は原則課税も検討
特例後の移行3割特例後に簡易課税へ移る場合、届出期限の特例あり

3割特例は、令和9年及び令和10年分の課税期間において、個人事業者である免税事業者が適格請求書発行事業者となる場合などに適用できる経過措置です。売上税額からその7割相当を特別に控除し、納付税額を売上税額の3割相当に抑える仕組みになっています。事前届出や継続適用の義務はなく、申告書に適用を受ける旨を付記するだけで済みます。
出典:国税庁|適格請求書等保存方式に関するQ&A 問114-2 小規模個人事業者に係る税額控除に関する経過措置〈3割特例〉

3割特例とは何か

3割特例は、2割特例が終わったあとに設けられた、小規模な個人事業者向けの消費税計算の経過措置です。

通常、消費税の納付税額は、売上税額から仕入税額を差し引いて計算します。原則課税であれば、実際の仕入・経費・固定資産取得にかかる消費税額を集計したうえで、インボイスや帳簿の保存要件、課税売上割合、用途区分などを確認していきます。簡易課税であれば、売上税額に事業区分ごとのみなし仕入率を乗じて、仕入控除税額を求めます。

これに対して3割特例では、実際の仕入税額を積み上げることをせず、売上税額を基礎に納付税額を計算します。

計算方式控除税額の考え方納付税額のイメージ
原則課税実際の課税仕入れ等に係る消費税額を控除売上税額 − 実際の控除税額
簡易課税売上税額 × みなし仕入率を控除売上税額 × みなし納付割合
2割特例売上税額の8割相当を控除売上税額 × 2割
3割特例売上税額の7割相当を控除売上税額 × 3割

たとえば売上税額が100万円であれば、3割特例による納付税額はおおむね30万円になります。厳密には、課税標準、税率別の売上、売上返還等、地方消費税、申告書・付表の計算に従って処理していきますが、判断の入口としては「売上税額の3割」と押さえておくと、全体像をつかみやすくなります。

3割特例を使えるかどうかの判断順序

3割特例は、個人事業者でありさえすれば誰でも使える制度ではありません。次の順序で確認していきます。

確認順序確認事項
1個人事業者であるか
2適格請求書発行事業者の登録を受けているか
3インボイス登録により課税事業者となった事業者か
4対象となる令和9年分・令和10年分の課税期間か
5基準期間の課税売上高が1,000万円以下か
6特定期間による納税義務判定で課税事業者になっていないか
7相続、高額資産取得、課税期間短縮などの適用除外に該当しないか
8申告書に3割特例の適用を受ける旨を付記するか

この判断で特に大切なのは、「インボイス登録がなければ、そもそも免税事業者だったかどうか」という視点です。

もともと基準期間の課税売上高が1,000万円を超えて課税事業者になる方や、特定期間判定によって課税事業者になる方は、インボイス登録とは別の理由で納税義務が生じています。こうした課税期間は、3割特例の対象にはなりません。

3割特例を適用できない課税期間

3割特例には、対象から外れる課税期間があります。主なものを整理すると、次のとおりです。

適用できない主な課税期間実務で確認すべき資料・事実
課税期間の初日に恒久的施設を有しない国外事業者である場合国内拠点、事業実態、PEの有無
基準期間の課税売上高が1,000万円を超える場合前々年の課税売上高
特定期間判定により納税義務が生じる場合前年1月から6月までの課税売上高・給与等支払額
相続により免税点制度の適用が制限される場合被相続人の事業、課税売上高、登録状況
課税事業者選択後2年以内に一般課税で調整対象固定資産を取得した場合課税事業者選択届出書、固定資産台帳、取得価額
一般課税で高額特定資産を取得した場合税抜1,000万円以上の棚卸資産・調整対象固定資産
一般課税で金又は白金の地金等を税抜200万円以上仕入れた場合仕入明細、対象資産、金額
課税期間を1か月又は3か月に短縮している場合課税期間特例選択届出書

個人事業者である適格請求書発行事業者であっても、次のような課税期間では3割特例を使えません。基準期間の課税売上高が1,000万円を超える課税期間、特定期間判定で免税点制度が制限される課税期間、相続によって免税点制度が制限される課税期間、高額資産の取得により免税点制度が制限される課税期間、そして課税期間短縮の特例を受ける課税期間などです。
出典:国税庁|適格請求書等保存方式に関するQ&A 問115-2 3割特例の適用ができない課税期間

「売上が1,000万円以下だから使える」と、そこだけで判断してしまうのは危険です。過去に課税事業者選択届出書を出していないか、高額資産を一般課税で取得していないか、相続で事業を承継していないか、課税期間を短縮していないか。ここまで確認しておく必要があります。

法人は3割特例を使えない

3割特例は、あくまで個人事業者向けの制度です。法人は対象になりません。

ここは、実務でも誤解が生じやすいところです。2割特例であれば、要件を満たすことで法人でも適用できる場面がありました。ところが3割特例は、令和9年分・令和10年分の個人事業者を対象とする制度として組み立てられています。

したがって、法人が2割特例終了後も適格請求書発行事業者として課税事業者を続ける場合には、原則として、次のいずれかを検討することになります。

法人の2割特例終了後の選択肢確認すべき論点
原則課税仕入インボイス、用途区分、課税売上割合、還付可能性
簡易課税基準期間課税売上高5,000万円以下、事業区分、届出期限、2年拘束
登録取消し・免税復帰取引先への影響、登録取消届出、免税点制度、過去の課税選択届出

もし法人で「2割特例の次は3割特例で」と考えているのであれば、その方針は早めに見直す必要があります。

3割特例中でも売上側の管理は省略できない

3割特例では、仕入税額の実額計算を省くことができます。しかし、売上側の判断まで省けるわけではありません。

3割特例の計算は、売上税額を基礎として行います。ですから売上については、取引区分、税率、課税標準、売上時期を、これまでどおりきちんと管理しておく必要があります。

管理項目3割特例でも必要な理由
課税・非課税・不課税・免税の区分売上税額の基礎が変わる
標準税率・軽減税率税率別の売上税額を計算する必要がある
売上返還等値引き・返品・割戻しを反映する必要がある
インボイス発行適格請求書発行事業者として交付義務がある
返還インボイス・修正インボイス発行後の値引き・誤記載対応が必要
委託販売・立替・実費精算売上総額に含めるかの判断が必要
補助金・保険金・損害賠償金対価性の有無で課税関係が変わる
国外取引・輸出免税国内取引か、免税売上かの判断が必要

特例の対象になるのは、あくまで税額計算の一部です。取引の判定そのものが簡便になるわけではありません。

たとえば、飲食料品の販売と飲食サービスが混在する事業、EC販売と対面販売が混在する事業、委託販売の精算書で売上を認識している事業、不動産賃貸とサービス収入が混在する事業。こうしたケースで売上税額の基礎を誤れば、3割特例による納付税額もそのまま誤ってしまいます。

3割特例と簡易課税のどちらが有利か

3割特例を適用できる場合でも、常に3割特例を選ぶのが正解とは限りません。

簡易課税制度では、事業区分ごとのみなし仕入率を用いて仕入控除税額を計算します。適用にあたっては、基準期間の課税売上高が5,000万円以下であること、消費税簡易課税制度選択届出書の提出、そして事業区分ごとの売上管理などが求められます。
出典:国税庁|No.6505 簡易課税制度

事業区分みなし仕入率簡易課税の納付割合3割特例との比較
第1種事業・卸売業90%売上税額の10%簡易課税が有利になりやすい
第2種事業・小売業等80%売上税額の20%簡易課税が有利になりやすい
第3種事業・製造業等70%売上税額の30%概ね同水準
第4種事業・その他事業等60%売上税額の40%3割特例が有利になりやすい
第5種事業・サービス業等50%売上税額の50%3割特例が有利になりやすい
第6種事業・不動産業40%売上税額の60%3割特例が有利になりやすい

国税庁のQ&Aでも、小売業に該当する個人事業者について、簡易課税制度を適用すれば80%のみなし仕入率が使えるため、3割特例よりも納付税額が少なくなると考えられる例が示されています。
出典:国税庁|適格請求書等保存方式に関するQ&A 問117-3 3割特例を適用するよりも簡易課税制度を適用した方が納付税額が少なくなる場合

ただし、この表だけを見て結論を急いではいけません。

複数の事業を営んでいる場合は、売上を事業区分ごとに分ける必要があります。区分があいまいな売上については、簡易課税上、不利なみなし仕入率が適用されてしまう可能性もあります。さらに簡易課税には原則として2年間の拘束があり、いったん選ぶと、その後に設備投資や事業転換があっても、すぐには原則課税へ戻れない場合があります。

3割特例と原則課税の比較

3割特例は、仕入税額の実額計算を不要にする点で、事務の負担を軽くしてくれます。その一方で、実際の仕入税額が大きい事業者にとっては、原則課税のほうが有利になることもあります。

状況3割特例原則課税
仕入・経費が少ない有利になりやすい納付額が大きくなりやすい
仕入・経費が多い不利になる可能性実額控除により有利な場合あり
設備投資がある通常、還付は生じない還付が生じる可能性あり
輸出免税売上がある仕入税額の実額控除ができない還付が生じる可能性あり
非登録仕入先が多い税額計算上の影響は限定的経過措置後の控除減少が影響
証憑管理が未整備税額計算は簡便仕入税額控除が否認されるリスク

多額の設備投資などがあり、課税仕入れ等にかかる消費税額が課税売上にかかる消費税額を上回るような場合、一般課税であれば還付税額が生じます。ところが簡易課税制度や3割特例を適用していると、通常、還付税額は生じません。
出典:国税庁|適格請求書等保存方式に関するQ&A 問117-3 3割特例を適用するよりも簡易課税制度を適用した方が納付税額が少なくなる場合

この点は、3割特例の判断でもっとも見落とされやすい部分です。3割特例で納付額が安定しているように見えても、原則課税であれば還付を受けられたはずの投資計画があるなら、話は変わってきます。単年度の納税額だけでなく、投資資金の回収時期や資金繰りにまで影響が及ぶからです。

特例後に簡易課税へ移行する場合の届出期限

3割特例を適用したあと、翌課税期間から簡易課税へ移りたい場合には、簡易課税制度選択届出書の提出期限を確認しておく必要があります。

通常、簡易課税制度を適用するには、その適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出しなければなりません。ただし、2割特例又は3割特例を適用した適格請求書発行事業者については、一定の期限までに届出書を出せば、翌課税期間の初日の前日に提出したものとみなされます。
出典:国税庁|適格請求書等保存方式に関するQ&A 問117 2割特例や3割特例を適用した課税期間後の簡易課税制度の選択

移行パターン届出期限の考え方
原則適用を受けようとする課税期間の初日の前日まで
2割特例・3割特例を適用した翌課税期間へ移行翌課税期間に係る確定申告期限まで
ただし、翌課税期間が令和8年9月30日以前に終了する場合その翌課税期間中
個人事業者で前年に2割特例・3割特例を適用した場合原則として、その年の消費税確定申告期限まで

国税庁のリーフレットでも、前年に2割特例又は3割特例の適用を受けた場合には、その年の申告期限までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出することで、その年から簡易課税による申告ができるとされています。
出典:国税庁|3割特例

個人事業者の移行スケジュール

個人事業者を前提にすると、3割特例と簡易課税移行の検討スケジュールは、おおよそ次のように整理できます。

年分取り得る主な方式確認すべきこと
令和8年分2割特例、簡易課税、原則課税2割特例終了後の方式を試算
令和9年分3割特例、簡易課税、原則課税3割特例と簡易課税の比較、投資計画
令和10年分3割特例、簡易課税、原則課税令和11年分以降の通常方式への移行準備
令和11年分以後原則課税又は簡易課税3割特例終了後の通常運用

たとえば、令和8年分まで2割特例を適用し、令和9年分から簡易課税へ移る場合を考えてみます。この場合、令和9年分の消費税確定申告期限までに、令和9年分から簡易課税の適用を受ける旨を記載した簡易課税制度選択届出書を提出すれば、令和9年分から簡易課税を適用できる取扱いになっています。

同じように、令和9年分で3割特例を適用し、令和10年分から簡易課税へ移る場合も、令和10年分の消費税確定申告期限までに届出書を出すかどうかを検討することになります。

とはいえ、届出期限に特例があるからといって、申告期限の直前になって初めて比較すればよい、というわけではありません。簡易課税を選ぶかどうかは、その年の売上構成、事業区分、設備投資、仕入先構成、そして将来の原則課税への復帰可能性にまで関わってくるからです。

簡易課税を選ぶと2年拘束がある

3割特例には、継続適用の義務がありません。一方、簡易課税には原則として2年間の継続適用制限があります。

簡易課税制度の適用を受けている事業者は、事業を廃止した場合を除き、簡易課税制度選択届出書の効力が生ずる課税期間の初日から2年を経過する日が属する課税期間の初日以後でなければ、簡易課税制度選択不適用届出書を提出できません。
出典:国税庁|No.6505 簡易課税制度

この拘束は、投資計画との相性が悪い場合があります。

予定している事象簡易課税選択時の注意点
高額な機械装置の取得原則課税なら還付可能性がある
店舗改装・内装工事仕入税額が大きくなる可能性
車両・設備の購入調整対象固定資産・高額特定資産の確認
輸出取引の開始原則課税なら還付になる可能性
不動産取得・賃貸転用控除制限や用途区分の確認
事業譲渡・法人成り課税方式と納税義務判定の再整理

「3割特例より簡易課税のほうが納税額が少ない」という理由だけで簡易課税を選んでしまうと、その後の設備投資や事業転換の場面で、かえって不利になることがあります。

3割特例中でも仕入証憑を保存すべき理由

3割特例では、仕入税額を実額で計算しません。そのため、仕入先の登録番号やインボイスの保存が、3割特例による納付税額に直接は影響しない場面もあります。

とはいえ、だからといって仕入証憑を軽く見てよいわけではありません。

証憑保存が必要な理由内容
所得税の必要経費事業経費としての実在性・関連性を説明する
電子帳簿保存法電子取引データの保存義務がある
将来の原則課税移行仕入税額控除を実額で受ける準備が必要
簡易課税との比較実際の仕入構造を把握しないと方式比較ができない
資金繰り管理支払予定、未払、設備投資額を把握する
税務調査対応取引の実在、支払事実、事業関連性を説明する
取引条件の見直し非登録仕入先との価格協議の根拠になる

3割特例は、仕入証憑を集めなくてよくなる制度ではありません。むしろ、令和11年分以後に原則課税又は簡易課税へ移行するための、準備期間ととらえるべきです。

令和10年4月1日以後の特定少額資産に注意

令和8年度改正では、少額輸入貨物や物品ECに関する制度の見直しも行われています。3割特例についても、令和10年4月1日以後は、その計算対象となる課税標準の金額から、特定少額資産の譲渡の対価の額が除かれる取扱いが示されています。
出典:国税庁|適格請求書等保存方式に関するQ&A 問114-2 小規模個人事業者に係る税額控除に関する経過措置〈3割特例〉

一般的な国内サービス業や小売業では、影響が限定的な場合もあります。ただ、国外発送の低額商品、オンラインモール、プラットフォームを介した物品販売がある個人事業者は、3割特例だけを見て判断しないほうが賢明です。

この論点は、消費税の課税方式だけにとどまりません。販売主体、輸入者、プラットフォームの関与、請求・決済データ、通関書類の保存といった点にも関わってきます。

3割特例を選ぶ前に作るべき比較表

3割特例を適用するのか、簡易課税へ移るのか、それとも原則課税にするのか。この判断は、次のような比較表を作ったうえで行うのが確実です。

比較項目3割特例簡易課税原則課税
対象者一定の個人事業者基準期間売上高5,000万円以下の課税事業者課税事業者
事前届出不要原則必要。ただし特例あり不要
継続適用不要原則2年拘束なし
仕入税額の実額計算不要不要必要
インボイス保存の税額影響限定的限定的大きい
事業区分不要必要不要
設備投資の還付通常なし通常なし可能性あり
非登録仕入先の影響税額計算上は限定的税額計算上は限定的経過措置・控除制限の影響あり
向いている場面小規模で仕入実額管理が負担、サービス・不動産系など卸売・小売など高いみなし仕入率の事業設備投資、輸出、還付、実額控除が重要な事業

この比較では、納付税額だけでなく、次のような要素も一緒に入れておくべきです。

検討要素確認内容
売上構成標準税率、軽減税率、非課税、不課税、免税
事業区分簡易課税の第1種から第6種のどれに該当するか
仕入構造登録事業者、非登録事業者、国外取引、従業員立替
設備投資令和9年・令和10年・令和11年以後の投資予定
取引先属性BtoB中心か、BtoC中心か
価格転嫁消費税相当額を価格に反映できているか
登録継続インボイス登録を継続する必要があるか
社内運用請求、証憑、会計処理、電子保存が継続できるか
税務調査対応後日、判断根拠を説明できるか

3割特例の判断で誤りやすいポイント

実務では、次のような判断ミスが起こりがちです。

誤りやすい判断正しい確認
個人事業者なら3割特例を使えるインボイス登録、免税点、適用除外を確認する
3割特例は申告時に選べるので事前検討不要簡易課税・原則課税との比較は期中から必要
仕入税額を見なくてよい税額計算上の簡便化であり、証憑保存は必要
小売業でも3割特例でよい簡易課税第2種なら納付割合20%になり得る
設備投資があっても3割特例でよい原則課税なら還付可能性がある
3割特例後にいつでも簡易課税へ移れる届出期限と2年拘束を確認する
登録取消しすれば免税に戻れる登録取消し、免税点、課税選択、高額資産制限を確認する
会計ソフトの税区分だけで判断できる契約・請求・取引実態・証憑を確認する

3割特例は、納税額だけを見れば分かりやすい制度です。しかし実務では、制度選択、届出期限、売上判定、証憑保存、投資計画が、たがいに連動して動いていきます。

3割特例終了後に備えた月次管理

3割特例は、令和10年分までの経過措置です。令和11年分以後は、原則課税又は簡易課税を前提とした通常運用へと移っていきます。

そのため、令和9年・令和10年のうちに、次のような月次確認を積み重ねておくことをおすすめします。

月次確認項目確認する理由
税率別売上3割特例の基礎となる売上税額を確認
課税売上高翌々年の納税義務判定、簡易課税判定に影響
事業区分別売上簡易課税へ移行する場合の基礎資料
仕入先登録状況原則課税へ移行した場合の控除可否に影響
非登録仕入先別金額経過措置終了後の影響額を把握
固定資産取得予定原則課税・簡易課税・3割特例の選択に影響
電子取引データ保存不備を防ぐ
届出書控え方式選択・登録取消し・課税期間短縮の確認
納税見込資金繰りへの影響を把握

特例期間は、処理を簡略化するためだけの期間ではありません。令和11年分以後に慌てずに済むよう、移行の準備を進めておく期間です。

専門家に相談すべき場面

次のいずれかに当てはまる場合は、3割特例を使うかどうかを申告直前に決めてしまうのは、避けたほうがよいでしょう。

状況相談が必要な理由
卸売業・小売業・飲食料品販売がある簡易課税の方が有利な可能性
サービス業・不動産業がある3割特例と簡易課税の差が大きい可能性
複数事業を営んでいる事業区分別売上の整理が必要
令和9年・令和10年に設備投資を予定している原則課税なら還付可能性がある
輸出取引・国外取引がある免税・内外判定・還付の検討が必要
相続で事業を承継した納税義務と登録状況の確認が必要
課税事業者選択届出書を提出している適用除外や免税復帰制限の確認が必要
登録取消しを検討している取引先対応と免税復帰の可否を確認
仕入先に免税事業者・非登録事業者が多い原則課税移行後の控除減少を見積もる必要
会計ソフト上の税区分が担当者任せ令和11年分以後の通常運用に耐えない可能性

3割特例は、申告書の上では比較的かんたんに選べる制度です。しかし、その選択が本当に適切かどうかは、売上構成、仕入構造、設備投資、届出履歴、取引先との関係まで見なければ判断できません。

まとめ

3割特例は、2割特例終了後の小規模な個人事業者にとって、重要な経過措置です。令和9年分・令和10年分について、要件を満たせば、納付税額をおおむね売上税額の3割として計算できます。事前届出や継続適用の義務がなく、申告時に選べる点も大きな特徴といえます。

とはいえ、3割特例は万能ではありません。法人には適用されず、個人事業者であっても、基準期間売上高、特定期間、相続、高額資産の取得、課税期間短縮などによって、適用できない場合があります。

また、小売業や卸売業では簡易課税のほうが有利になることがあり、設備投資や輸出取引がある場合には、原則課税による還付の可能性も確認しておくべきです。3割特例を使うかどうかは、単年度の納付額だけでなく、令和11年分以後の課税方式、届出期限、2年拘束、証憑保存、資金繰りまで含めて判断する必要があります。

犬飼公認会計士・税理士事務所では、3割特例の適用可否、2割特例終了後の移行設計、簡易課税との比較、原則課税による還付可能性、インボイス登録の継続判断、非登録仕入先との取引条件まで含めて、消費税の課税方式を整理しています。

令和9年分以後の消費税負担を早めに把握したい方、簡易課税への移行期限を確認したい方、3割特例と原則課税・簡易課税のどれを選ぶべきか迷っている方は、売上明細、仕入明細、届出書控え、登録通知、固定資産台帳、投資計画を整理したうえで、犬飼公認会計士・税理士事務所HPのお問い合わせページからご相談ください。

振り返り

論点重要ポイント
3割特例の性格2割特例終了後の一定の個人事業者向け経過措置
対象期間令和9年分・令和10年分
法人の取扱い法人は3割特例の対象外
計算方法売上税額の7割相当を控除し、納付税額は概ね売上税額の3割
事前届出不要
申告時手続申告書に3割特例の適用を受ける旨を付記
継続適用簡易課税のような継続適用義務はない
適用除外基準期間売上高1,000万円超、特定期間、相続、高額資産、課税期間短縮など
簡易課税との比較卸売業・小売業などでは簡易課税の方が有利になり得る
原則課税との比較設備投資・輸出取引がある場合は還付可能性を確認
簡易課税移行2割特例・3割特例後の届出期限特例を確認する
簡易課税の拘束原則として2年継続適用の制限がある
仕入証憑3割特例中でも所得税、電子保存、将来の原則課税移行のため保存が必要
月次管理税率別売上、事業区分別売上、設備投資、登録番号、納税見込を確認
相談タイミング申告直前ではなく、令和9年分開始前、投資前、届出期限前に検討する
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