医療法人の事業承継は、一般企業の株式承継と同じように考えることはできません。
株式会社であれば、株式を誰が持つか、代表者を誰にするか、株価評価や相続税をどう扱うかが中心の論点になります。もちろん医療法人でも、「誰が経営を引き継ぐのか」「相続税・贈与税をどうするのか」は重要です。
ただ、医療法人の場合は、それだけでは足りません。
医療法人の非営利性、医療法上の規制、出資持分の有無、社員・理事・理事長の関係、都道府県の認可、地域医療への影響、経営者保証、診療報酬、役員退職金、関係事業者取引、医療法人会計。ここまで含めて整理しておかなければ、承継後になって問題が表面化することがあります。
とりわけ持分あり医療法人では、出資者の相続や退社をきっかけに、出資持分の払戻請求、相続税の納税資金、残存出資者へのみなし贈与税、医療法人へのみなし贈与税といった論点が生じ得ます。持分評価額が大きい医療法人では、この問題が経営そのものを揺るがすことさえあります。
認定医療法人制度は、こうした持分あり医療法人の承継リスクに対応するための重要な選択肢です。ただし、「税制優遇があるから使う」という性質の制度ではありません。持分なし医療法人へ移行するということは、医療法人の将来のあり方そのものを変える経営判断だからです。
この記事では、医療法人の事業承継と認定医療法人制度を、制度の使い方としてではなく、経営判断・税務判断・資金判断として整理します。
医療法人の承継では「経営の承継」と「持分の承継」を分けて考える
医療法人の事業承継を考えるとき、最初に分けておきたいのが、経営の承継と財産的権利の承継です。
経営の承継とは、誰が理事長として医療法人を運営するのか、誰が診療体制や人員体制を維持するのか、金融機関や職員、患者さん、地域との関係をどう引き継ぐのか、という問題です。
一方の持分の承継とは、持分あり社団医療法人における出資持分を誰が保有するのか、その評価額はいくらか、相続や贈与でどのような税負担が生じるのか、持分払戻請求が起こり得るのか、という問題になります。
この二つは重なる部分もありますが、同じものではありません。
後継者が理事長として適任であっても、出資持分が他の相続人や第三者に分散していれば、将来の払戻請求や相続税負担が問題になります。逆に、持分を承継できたとしても、医療法人の管理体制、資金繰り、診療体制、職員の引継ぎが整っていなければ、承継後の運営は安定しません。
医療機関の承継実務では、医療圏・施設基準・診療圏、過去の財務データ、損益・財政状態・資金繰り、院長個人の親族関係や関係事業者、後継者候補、承継方法、承継計画、デューデリジェンス資料の整備まで、段階的に確認していく必要があります。
つまり医療法人の承継では、「誰に引き継ぐか」だけでなく、「何を引き継ぐのか」「どのリスクを残すのか」「どの制度を使って整理するのか」を、同時に考えなければならないということです。
持分あり医療法人が抱える3つの承継リスク
持分あり医療法人の承継で問題になるのは、出資持分が単なる名義ではなく、財産的価値を持つという点です。
厚生労働省のパンフレットでは、持分あり医療法人について、出資者が出資割合に応じて法人資産の払戻しを受けられる法人として説明されています。たとえば出資金400万円のうち100万円を出資した人であれば、純資産が1億円のとき、その4分の1にあたる2,500万円の払戻しを受けられる、という例が示されています。
出典：厚生労働省｜「持分なし医療法人」への移行促進策のご案内
持分あり医療法人の承継リスクは、大きく三つに分けられます。
一つ目は、出資者本人から払戻請求を受けるリスクです。
二つ目は、出資者に相続が発生し、相続人から払戻請求を受けるリスクです。
三つ目は、持分放棄や持分なし移行の過程で、贈与税・みなし贈与税が問題になるリスクです。
とくに注意したいのは、出資者本人が医療法人に協力的であっても、相続人が同じ判断をするとは限らない、という点です。相続人が納税資金を確保するために、払戻請求を検討することもあります。また、複数の出資者がいる場合、一部の出資者が持分を放棄すると、他の出資者の持分価値が増加し、贈与税の問題が生じることがあります。
さらに、すべての出資者が持分を放棄して持分なし医療法人へ移行する場合であっても、一定の要件を満たさなければ、医療法人を個人とみなして贈与税が課される可能性があります。持分あり医療法人では、持分払戻請求、持分への相続税課税、残存出資者へのみなし贈与、医療法人へのみなし贈与が、複合的に問題になり得るわけです。
そのため医療法人の承継では、まず持分評価額を把握したうえで、払戻請求があった場合の資金繰り、相続税額、持分なし移行の可否、出資者全員の同意可能性を確認しておく必要があります。
認定医療法人制度は「税制優遇」ではなく、持分リスクを整理する制度
認定医療法人制度は、持分あり医療法人が持分なし医療法人へ移行するための計画について、厚生労働大臣の認定を受ける制度です。
現行情報では、厚生労働省の認定医療法人制度ページは令和8年4月1日更新とされており、制度の期限は令和11年12月31日まで、制度を利用する場合はその日までに移行計画の認定を受ける必要があるとされています。また、すでに相続が発生していて納税猶予等の適用を希望する場合には、相続発生から10か月以内の相続税申告期限までに認定を受ける必要があるため、申請時にその旨と申告期限を連絡することが求められています。
出典：厚生労働省｜持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について
令和8年度税制改正の厚生労働省関係資料でも、医業継続に係る相続税・贈与税の納税猶予制度等について、適用期限を令和11年12月31日まで延長すること、そして持分あり医療法人が移行計画を提出し、大臣認定を受け、5年以内に持分なし医療法人へ移行するという流れが示されています。
出典：厚生労働省｜令和8年度税制改正の概要（厚生労働省関係）
ここで誤解しやすいのが、認定医療法人制度を「税金を軽くする制度」とだけ捉えてしまうことです。
確かに、この制度には税制上のメリットがあります。相続税や贈与税の納税猶予、一定の場合の免除、医療法人へのみなし贈与税の非課税措置などが用意されています。
しかし、その前提には、持分あり医療法人から持分なし医療法人へ移行し、医療法人の非営利性をより明確にして、地域医療を安定的に継続するという制度目的があります。認定医療法人制度は、持分を残したまま税金だけを先送りするための制度ではないのです。
移行後の法人運営、出資者との合意、定款変更、社員総会、出資者名簿、運営状況報告、関係事業者取引、役員報酬、遊休財産、社会保険診療収入割合。これらを継続的に管理できるかどうかが問われます。
税制措置は「猶予・免除・非課税」を分けて理解する
認定医療法人制度に関係する税制措置は、相続税、贈与税、医療法人へのみなし贈与税に分けて理解する必要があります。
相続税の納税猶予
相続人等が医療法人の持分を相続または遺贈により取得し、その医療法人が相続税の申告期限において認定医療法人である場合には、その持分価額に対応する相続税について、一定の要件のもとで、認定移行計画に記載された移行期限まで納税が猶予されます。
その後、移行期限までに認定医療法人の持分のすべてを放棄した場合などには、届出により猶予税額の全部または一部が免除されます。
出典：国税庁｜No.4150 医療法人の持分についての相続税の納税猶予の特例
贈与税の納税猶予
認定医療法人の持分を有する方が、その持分の全部または一部を放棄したことにより、他の出資者に贈与税が課される場合には、その放棄によって受けた経済的利益に対応する贈与税について、一定の要件のもとで、認定移行計画に記載された移行期限まで納税が猶予されます。
そして、移行期限までに認定医療法人の持分のすべてを放棄した場合などには、届出により全部または一部が免除されます。
出典：国税庁｜No.4440 医療法人の持分に係る経済的利益についての贈与税の納税猶予の特例
医療法人に対するみなし贈与税
移行計画に基づき持分なし医療法人へ移行した場合、出資者の持分放棄に伴う法人贈与税については非課税となるとされています。また、認定を受けた医療法人は、認定の日から5年以内に持分なし医療法人へ移行する必要があり、移行後6年間は毎年、運営状況を厚生労働省へ報告しなければなりません。
出典：厚生労働省｜「持分なし医療法人」への移行促進策のご案内
ここで重要なのは、「猶予」は免除とは違う、ということです。
納税猶予は、一定の要件を満たしている間、納税を待ってもらう制度にすぎません。移行期限までに持分放棄や持分なし移行が完了し、必要な手続を行うことで、はじめて免除につながります。途中で払戻しを受けたり、要件を満たさなくなったりすれば、猶予税額と利子税の納付が必要になることがあります。
出典：厚生労働省｜「持分なし医療法人」への移行促進策のご案内
制度を使うかどうかは、税額が猶予されるかどうかだけでは判断できません。出資者全員の合意、5年以内の移行可能性、6年間の運営要件の維持、出資者名簿・定款・社員総会議事録・財務諸表の整備、税務申告書への添付書類、担保提供、移行後の報告まで見通したうえで判断する必要があります。
認定要件は「書類を出せばよい」ものではない
認定医療法人制度では、移行計画を作成して厚生労働省へ申請します。
提出書類としては、移行計画認定申請書、移行計画、現行定款、出資者名簿、社員総会議事録、直近3会計年度の貸借対照表・損益計算書、医療法施行規則上の要件に該当することを説明する書類などが示されています。
出典：厚生労働省｜持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について
ただし、提出書類を揃えることと、制度を使える状態にあることは、同じではありません。
認定要件としては、移行計画が社員総会で議決されたものであること、出資者等の十分な理解と検討のもとに作成され、持分放棄の見込みが確実と判断されること、移行期限が5年を超えないこと、運営に関する要件を満たすことなどが挙げられています。
出典：厚生労働省｜「持分なし医療法人」への移行促進策のご案内
実務上、とくに重いのが運営に関する要件です。
運営方法については、法人関係者に特別の利益を与えないこと、役員報酬等が不当に高額にならないよう支給基準を定めていること、株式会社等に特別の利益を与えないこと、遊休財産額が事業費用を超えないこと、法令違反や帳簿書類の隠ぺい等の公益に反する事実がないことが求められます。
事業状況については、社会保険診療等に係る収入金額が医療保健業務収入の80％を超えること、自費患者への請求金額、特定外国人患者への請求金額、医業収入と医業費用の関係なども要件として示されています。これらの要件は、持分なし医療法人へ移行した後、6年間にわたって満たし続けなければなりません。
出典：厚生労働省｜「持分なし医療法人」への移行促進策のご案内
これは、医療法人の普段の運営そのものが問われる、ということです。
たとえば、理事長親族への給与、MS法人との取引、役員社宅、役員退職金、関係事業者への業務委託、法人資産の利用、遊休財産の保有、自由診療の料金設定、帳簿書類の保存、会計処理の正確性。これらは単なる税務処理にとどまらず、認定要件の維持にも関係してきます。
医療法人会計基準の運用指針でも、関係事業者との取引について、関係、取引内容、取引金額、取引条件、期末残高などを注記する取扱いが示されています。医療法人の承継では、承継前の段階から関係事業者取引を説明できる状態にしておくことが重要です。
出典：厚生労働省｜医療法人会計基準適用上の留意事項並びに財産目録、純資産変動計算書及び附属明細表の作成方法に関する運用指針
持分なし移行は、親族内承継・法人内承継・第三者承継のすべてに影響する
認定医療法人制度は、親族内承継だけのための制度ではありません。
親族内承継の場合
後継者が理事長になるだけでなく、出資持分をどう承継するか、他の相続人との公平性をどう確保するか、相続税の納税資金をどう準備するかが問題になります。持分なし移行を選択するのであれば、後継者以外の出資者・相続人も含めた合意形成が欠かせません。
法人内承継の場合
親族以外の医師や役員が後継者になることがあります。この場合は、経営能力、医療法人の機関設計、理事・社員の構成、持分所有者との関係、退任理事長への退職金、金融機関の保証切替が問題になります。持分が旧理事長側に残ると、経営と財産的権利が分離し、将来の払戻請求リスクが残ることがあります。
第三者承継・M&Aの場合
さらに複雑です。医療法人は、株式会社のように単純な株式譲渡だけで支配権を移せるわけではありません。社員、理事、理事長、持分、施設、許認可、職員、診療報酬、契約、借入、リース、経営者保証、関係事業者取引を、ひとつずつ整理していく必要があります。
医療法人の承継実務では、基本合意、デューデリジェンス、理事会・社員総会、事業承継契約、医師や事務長のポジション公表、クロージング、そしてクロージング後の経営支援まで、段階的に整理していかなければなりません。
また、医療法人の事業承継では、過去に受けた補助金、助成金、資金繰り支援、医療施設整備に関する制限が、承継・売却の場面で問題になることがあります。補助金の取扱いは行政判断を要することがあり、過去に補助金を受けた医療施設等を承継・売却する場合には、交付主体に早めに確認すべきとされています。
したがって持分なし移行を検討する際は、税務上の有利不利だけでなく、どの承継類型を選ぶのか、その承継類型において持分を残すことが将来のリスクになるのか、持分なし化が金融機関・職員・後継者・相続人にどう影響するのかまで確認する必要があります。
役員退職金は「節税策」ではなく、承継資金と職務対価の整理で考える
医療法人の承継では、先代理事長への役員退職金が重要な論点になります。
役員退職金には、退任する理事長の功労に報いるという意味があります。同時に、相続税の納税資金、後継者への資金移転、持分評価の引下げ、法人資金の流出、金融機関への説明、退職金規程、社員総会決議、法人税上の損金算入可否といった論点が関係してきます。
医療法人の相続・事業承継対策では、出資持分の相続税への納税資金確保、退職金規程の整備、生命保険の活用、持分評価額の把握、適正な役員退職給与の支払、大規模修繕や含み損資産の整理などが、複合的に検討されます。
ただし、役員退職金を単純な税負担軽減策として扱うのは危険です。
医療法人の理事・監事に対する役員退職給与は、法人税法上、適正な金額であれば損金算入が認められますが、不相当に高額な部分は損金算入されません。適正性は、勤続期間、退職の事情、同種・類似規模の法人の支給状況、その他の事情を踏まえて判断されます。
また、認定医療法人制度では、役員報酬等が不当に高額にならないような支給基準を定めていることも、運営要件に含まれます。
出典：厚生労働省｜「持分なし医療法人」への移行促進策のご案内
したがって、役員退職金を検討する際は、次の順番で整理していくことになります。
- 退任の実態があるか
- 職務内容・勤続期間・功績に照らして金額が説明できるか
- 退職金規程や社員総会決議が整っているか
- 法人資金から支払っても資金繰りに支障がないか
- 相続税の納税資金や持分評価への影響をどう見るか
- 認定医療法人制度の運営要件と矛盾しないか
- 金融機関に説明できるか
役員退職金は、承継設計において有効な手段となることがあります。しかし、支給すればよいというものではありません。職務対価、法人資金、税務、認定要件、承継後の資金繰りを、同時に見ておく必要があります。
経営者保証と借入・リースの整理を後回しにしない
医療法人の承継では、経営者保証も重要な論点です。
医療法人では、高額な医療機器、設備投資、内装工事、運転資金、リース契約などがあり、理事長が金融機関借入やリース債務について連帯保証していることがあります。医療機器が高額になれば保証債務も大きくなり、理事長個人にとって経済的にも心理的にも重い負担となります。
事業承継で理事長が交代する場合には、旧理事長の保証をどう外すのか、新理事長に保証を引き継ぐのか、借換えが必要なのか、そして金融機関の審査に耐えられる財務状態かを確認しなければなりません。
ここで押さえておきたいのは、認定医療法人制度や持分なし移行だけでは、借入金や保証の問題が自動的に解決するわけではない、ということです。
持分なし医療法人へ移行しても、借入金は残ります。設備投資の返済も続きます。リース料も発生します。旧理事長への退職金支払いや持分払戻しがあれば、承継前後の資金繰りに大きな影響が出ます。
したがって承継計画では、税額だけでなく、資金繰り表、借入一覧、返済予定表、保証契約、リース契約、役員退職金の支払予定、医療機器の更新計画まで、あわせて確認しておくべきです。
「持分なし」に移行しない判断もあり得る
認定医療法人制度は有力な選択肢ですが、すべての持分あり医療法人が必ず利用すべき制度というわけではありません。
たとえば、次のような場合です。
・出資者が少なく、後継者への持分移転や納税資金の手当てが現実的に可能な場合
・持分評価額や払戻請求リスクが管理可能な場合
・出資者全員の合意形成が難しく、移行手続がかえって法人運営を不安定にする場合
・運営要件を6年間継続して満たす体制が整っていない場合
・MS法人や関係事業者取引、役員報酬、遊休財産などの整理に時間を要する場合
・将来の承継方法がまだ固まっておらず、先に経営計画や資金計画を整理すべき場合
こうしたケースでは、すぐに認定申請へ進むのではなく、まず持分評価、払戻リスク、相続税試算、役員退職金、保証、資金繰り、法人管理体制を確認することが先になります。
制度を使わないという判断もまた、制度活用の一部です。
大切なのは、制度を使うかどうかではありません。医療法人の将来を安定的に承継するために、どのリスクをどの順番で整理していくかです。
認定医療法人制度を検討する前に確認すべき資料
認定医療法人制度や持分なし移行を検討する場合、ご相談の前に次の資料を整理しておくと、判断の精度が高まります。
・現行定款
・出資者名簿
・社員名簿、理事・監事の一覧
・過去3期分の貸借対照表・損益計算書
・税務申告書、勘定科目内訳明細書
・持分評価に必要な資料
・役員報酬規程、役員退職金規程
・社員総会・理事会の議事録
・借入金一覧、返済予定表、保証契約書
・リース契約書
・MS法人・関係事業者との契約書
・不動産賃貸借契約、業務委託契約
・補助金・助成金を受けた履歴
・医業収入、医業費用、社会保険診療等収入、自費診療収入の区分資料
・自由診療・訪日外国人患者に関する料金規程
・遊休財産の状況
・後継者候補、承継時期、承継後の経営方針
厚生労働省の申請ページでも、移行計画認定申請書、移行計画、定款、出資者名簿、社員総会議事録、直近3会計年度の貸借対照表・損益計算書、要件該当性を説明する書類などが、提出書類として示されています。
出典：厚生労働省｜持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について
また、認定を受けた後も、実施状況報告書、運営状況報告書、財務諸表、要件該当性を説明する書類、認可後定款、出資者名簿、社員総会議事録、出資持分の状況報告書、持分放棄申出書の写しなどが必要になります。
出典：厚生労働省｜持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について
認定医療法人制度は、申請時だけで終わる制度ではありません。申請前、移行期間中、そして移行完了後6年間まで、会計・税務・法務・運営管理が続いていきます。
医療法人の承継では、制度より先に「将来の法人像」を決める
認定医療法人制度を検討する前に、医療法人としてどの将来像を選ぶのかを明確にしておく必要があります。
親族内で承継するのか。
法人内の医師や役員に承継するのか。
第三者承継やM&Aを検討するのか。
病院として継続するのか、診療所として機能を見直すのか。
地域医療の中でどの役割を担うのか。
持分ありのままリスクを管理するのか。
持分なし医療法人へ移行して非営利性を明確にするのか。
社会医療法人や特定医療法人など、別の法人類型まで視野に入れるのか。
制度は、この将来像を実現するための手段にすぎません。
持分なし移行を選ぶのであれば、出資者の財産的権利を整理し、法人の非営利性を高め、将来の払戻請求リスクを抑える方向に進むことになります。その一方で、移行後は持分を前提とした財産承継や払戻しができなくなり、運営要件の維持、報告、関係事業者取引の管理、法人ガバナンスの整備が、これまで以上に重要になります。
持分ありのまま承継するのであれば、持分評価、相続税、贈与税、払戻請求リスク、後継者への移転、他の相続人との公平性、納税資金、生命保険、退職金、保証解除をどう設計するかが中心の論点になります。
どちらが正しい、という話ではありません。
自院の後継者、出資者構成、財務状態、地域医療上の役割、資金繰り、税務負担、法人管理体制に照らして、どちらが合理的かを判断することになります。
医療法人の事業承継・認定医療法人制度でお悩みの方へ
医療法人の事業承継では、持分評価、相続税・贈与税、みなし贈与税、役員退職金、経営者保証、関係事業者取引、医療法人会計、資金繰り、承継後の月次管理が、複雑に絡み合います。
認定医療法人制度は有力な選択肢ですが、「申請できるか」だけで判断してよい制度ではありません。持分なし医療法人へ移行することが、自院の将来にとって合理的か。移行後6年間の運営要件を維持できるか。出資者全員の合意形成が可能か。税務・会計・資金繰り・金融機関対応まで説明できるか。
ここまで整理してはじめて、制度を使うべきかどうかを判断できます。
犬飼公認会計士・税理士事務所では、医療法人の事業承継、認定医療法人制度、持分なし移行、役員退職金、資金繰り、医療法人会計・税務の論点を、制度単体ではなく経営判断として整理する支援を行っています。
持分あり医療法人の承継リスクを整理したい場合、認定医療法人制度を使うべきか判断したい場合、役員退職金や納税資金、金融機関対応まで含めて検討したい場合は、犬飼公認会計士・税理士事務所HPのお問い合わせページからご相談ください。
振り返り：医療法人の事業承継・認定医療法人制度で確認すべきこと
| 論点 | 確認すべき内容 | 判断を誤った場合の影響 |
|---|---|---|
| 医療法人の類型 | 持分あり、持分なし、基金拠出型、社会医療法人、特定医療法人など | 適用できる制度や税務処理を誤る |
| 出資持分 | 出資者、出資割合、持分評価額、払戻請求リスク | 相続時や退社時に多額の資金流出が起こる |
| 後継者 | 親族内、法人内、第三者承継、M&Aのどれを選ぶか | 経営承継と持分承継が分離し、承継後に不安定になる |
| 認定医療法人制度 | 令和11年12月31日までの認定期限、5年以内の移行、移行後6年間の報告 | 期限・要件を満たせず、税制措置を受けられない |
| 相続税の納税猶予 | 相続で取得した持分に対応する相続税の猶予・免除要件 | 納税資金不足や払戻請求につながる |
| 贈与税の納税猶予 | 持分放棄により他の出資者に生じる経済的利益 | 残存出資者に贈与税負担が発生する |
| 医療法人へのみなし贈与税 | 持分なし移行時の法人側課税と非課税要件 | 法人に想定外の税負担が発生する |
| 運営要件 | 役員報酬、特別利益供与、遊休財産、社会保険診療収入割合など | 認定取消しや遡及課税につながる |
| 役員退職金 | 退任実態、金額の相当性、規程、社員総会決議、資金繰り | 損金不算入、資金流出、認定要件への影響 |
| 経営者保証 | 借入、リース、旧理事長保証、新理事長保証、借換え | 承継後も旧理事長の個人リスクが残る |
| 関係事業者取引 | MS法人、親族法人、不動産賃貸、業務委託、役員関係取引 | 非営利性・税務・会計注記上の問題が生じる |
| 月次管理 | 財務諸表、資金繰り、運営状況報告、持分放棄・定款変更後の管理 | 制度利用後の説明責任を果たせない |
