更正予知と自主修正の判断｜税務署から連絡が来た後でも加算税は軽くなるのか

税務調査の通知を受けてから、改めて過去の申告書や帳簿を見直していると、思いがけない誤りに気付くことがあります。売上の計上漏れ、経費の過大計上、消費税区分の誤り、源泉徴収漏れ、相続財産の申告漏れなど、内容はさまざまです。

このとき、多くの方が最初に思い浮かべるのは、次のような疑問ではないでしょうか。

「今から修正申告を出せば、加算税は軽くなるのか」 「税務署から連絡が来た後では、もう自主修正とはいえないのか」 「調査官に指摘される前に出せばよいのか」

この判断のカギを握るのが、「更正予知」という考え方です。

更正予知とは、簡単にいえば、税務調査が行われたことによって、納税者が「このままでは税務署長による更正・決定・納税告知があり得る」と認識した状態を指します。修正が更正予知の前か後かによって、過少申告加算税や無申告加算税の取扱いが変わってきます。

ただし、ここで一つ誤解してはならない点があります。早く修正申告を出しさえすれば常に有利になる、という単純な話ではないということです。

修正申告を出すということは、その内容について、納税者が自ら申告を訂正することを意味します。調査官の指摘に納得していない論点、事実関係がまだ整理しきれていない論点、あるいは重加算税が絡む可能性のある論点まで、十分な検討を経ないまま修正してしまうと、後から争いにくくなることがあります。

本稿では、更正予知、調査通知の前後、行政指導、そして自主修正の判断について、税務調査対応の実務という観点から整理していきます。

更正予知とは何か

更正予知は、「税務署から連絡があった」というだけで直ちに成立するものではありません。

国税庁の事務運営指針では、法人税の過少申告加算税について、次のように整理されています。法人への臨場調査、取引先への反面調査、申告書の内容を検討したうえでの非違事項の指摘などにより、その法人が調査のあったことを了知したと認められた後に修正申告書が提出された場合には、原則として「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当する、というものです。一方で、臨場のための日時連絡を行った段階で修正申告書が提出された場合には、原則として更正予知には該当しないとされています。
出典：国税庁｜法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）

実務上は、おおむね次のように分けて考えることになります。

状況	更正予知との関係	実務上の意味
自社・自身で誤りに気付き、税務署から何の連絡もない段階	原則として更正予知前	最も自主修正として整理しやすい
税務署から単に日程調整や臨場予定の連絡があった段階	直ちに更正予知とは限らない	ただし「調査通知後」には該当し得る
調査対象税目・期間等を示され、調査通知を受けた後	更正予知前でも、調査通知後の扱いになる	加算税がゼロとは限らない
臨場調査、反面調査、資料確認、非違事項の指摘を受けた後	更正予知後と判断されやすい	通常の加算税が問題になりやすい
調査結果の説明を受け、修正申告の勧奨を受けた後	原則として更正予知後	修正申告か更正を待つかの判断が中心になる

更正予知が成立するかどうかは、「税務署から連絡があったか」だけで決まるわけではありません。どのような調査行為が行われたのか、どの非違事項が具体的に把握・指摘されたのか、そして納税者側が何を認識したのか。こうした事情を総合して判断されます。

自主修正は3つのタイミングで整理する

更正予知と自主修正を考えるときは、次の3段階に分けて捉えると、実務判断がしやすくなります。

タイミング	過少申告加算税の基本的な考え方	実務上の位置づけ
調査通知前かつ更正予知前	原則として過少申告加算税は課されない	本来の意味での自主修正
調査通知後、更正予知前	5％。一定額を超える部分は10％	早期修正として一定の軽減はあるが、ゼロではない
更正予知後	10％。一定額を超える部分は15％	調査を受けた後の修正として通常の加算税が問題になる

国税通則法は、修正申告書の提出が調査通知前に行われ、かつ更正を予知してされたものでない場合には、過少申告加算税を課さないと定めています。また、調査通知後ではあるものの更正予知前にされた修正申告については、通常の過少申告加算税より低い割合の加算税が課される仕組みになっています。
出典：e-Gov法令検索｜国税通則法

ここで強調しておきたいのは、「更正予知前であれば常に加算税がゼロ」という理解は誤りだということです。

平成28年度税制改正により、調査通知後・更正予知前にされた修正申告については、過少申告加算税を完全に免れるわけではなく、原則5％の加算税が課される仕組みが設けられました。これは、調査通知を受けた直後に修正申告を出して加算税を回避する、といった事例に対応する趣旨とされています。
出典：財務省｜平成28年度税制改正の解説

したがって、調査通知を受けた後の修正は、「更正予知前だから加算税なし」ではなく、「更正予知後よりは軽い可能性がある」と理解するのが正確です。

無申告の場合はさらに注意が必要

無申告加算税についても、タイミングによって負担が変わります。

現行制度では、期限後申告のタイミングが、調査通知前か、調査通知後・更正決定予知前か、それとも更正決定予知後かによって、無申告加算税の割合が異なります。さらに令和5年度税制改正により、高額無申告への対応として、納税額が300万円を超える部分の無申告加算税の割合が引き上げられました。これは、令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税について適用されています。
出典：財務省｜令和5年度税制改正 6 納税環境整備

概要は次のとおりです。

期限後申告のタイミング	無申告加算税の基本的な考え方
調査通知前かつ更正・決定予知前	原則5％
調査通知後、更正・決定予知前	50万円以下の部分10％、50万円超300万円以下の部分15％、300万円超の部分25％
更正・決定予知後	50万円以下の部分15％、50万円超300万円以下の部分20％、300万円超の部分30％
仮装・隠蔽がある場合	無申告加算税ではなく、無申告に係る重加算税が問題になる

無申告の場合、「今から出せばよい」という発想だけでは不十分です。確認すべき点は、たとえば次のようなものです。

• 申告義務を認識していたか
• なぜ申告しなかったのか
• どの資料が残っているか
• 売上、経費、財産、通帳、源泉徴収、消費税の届出はどうなっているか
• 過去にも同様の無申告があるか
• 仮装・隠蔽と評価される事情がないか

これらを整理しないまま期限後申告を出してしまうと、後から別の論点が浮上し、修正申告が重なったり、重加算税の議論へ発展したりすることがあります。

「行政指導」と「税務調査」を混同してはいけない

税務署からの連絡には、大きく分けて「行政指導」と「税務調査」があります。この区別は、更正予知や加算税の判断に直結します。

国税庁の通達では、特定の納税義務者の課税標準等または税額等を認定する目的で行う行為に至らないものは「調査」に該当しないとされています。そして、これらの行為だけに起因して修正申告書や期限後申告書の提出、源泉徴収等による国税の自主納付があった場合には、更正・決定・納税告知があるべきことを予知してなされたものには当たらない、と整理されています。具体例としては、添付書類の自発的提出要請、計算誤り・転記誤り・記載漏れ等に関する自発的見直しの要請、税法適用誤りの有無を確認するための基礎的情報の自発的提供要請などが挙げられています。
出典：国税庁｜国税通則法第7章の2（国税の調査）等関係通達 第1章 法第74条の2～法第74条の6関係

たとえば、税務署から次のような連絡があった場合は、まずそれが行政指導なのか調査なのかを確認すべきです。

税務署からの連絡内容	まず確認すべきこと
「申告書に添付漏れがあるようです」	添付書類の提出要請なのか、調査なのか
「計算誤りがある可能性があります」	自発的見直しの要請なのか、非違指摘を伴う調査なのか
「この取引の内容を確認してください」	基礎的情報の提供要請なのか、質問検査権に基づく調査なのか
「期限後申告が必要ではありませんか」	申告義務の有無確認なのか、無申告調査なのか
「源泉徴収税額に不足があるようです」	自主納付の要請なのか、納税告知を前提とする調査なのか

実務では、電話や書面の表現だけで判別するのが難しいことも少なくありません。その場合には、次のように確認するとよいでしょう。

「これは行政指導としての連絡でしょうか。それとも国税通則法上の調査としての連絡でしょうか」 「調査である場合、対象税目、対象期間、目的を確認させてください」 「税理士に共有したうえで、資料と事実関係を整理して回答します」

この確認をしないまま、急いで修正申告を出すのは危険です。行政指導に基づく自発的見直しであれば加算税の扱いが軽くなる可能性がありますが、すでに調査として非違事項が把握されている場合には、更正予知後と判断されることがあるからです。

調査結果後の「修正申告の勧奨」は、加算税がゼロになる行政指導ではない

特に注意したいのが、調査結果の説明後に行われる「修正申告の勧奨」です。

修正申告の勧奨は、形式上は納税者の任意判断による修正申告を促すものです。しかし、調査結果の説明を受けた後の修正申告は、すでに調査によって非違事項が明らかになった後の対応にほかなりません。

国税庁のFAQでは、調査結果により更正決定等をすべきと認められる非違がある場合には、その内容を説明する際に、原則として修正申告または期限後申告を勧奨するとされています。勧奨に応じるかどうかは納税者の任意判断であり、また、修正申告を行った場合には不服申立てはできないものの、更正の請求はできる旨も説明されています。
出典：国税庁｜税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）

したがって、次の2つは明確に分けて考える必要があります。

種類	位置づけ	加算税判断への影響
調査に該当しない自発的見直しの要請	調査前または調査外の行政指導	更正予知に当たらない可能性がある
調査結果の説明後の修正申告勧奨	調査後の出口手続	原則として更正予知後の修正として扱われる

「行政指導だから加算税がかからない」という理解は危険です。同じ「修正申告をお願いします」という言葉であっても、それが調査前の自発的見直し要請なのか、調査結果説明後の修正申告勧奨なのかによって、税務上の意味は大きく異なってきます。

調査通知を受けた後に自主修正すべきか

調査通知を受けた後に、自社・自身で明らかな誤りを発見した場合、修正申告を出すべきかどうか。これは、次の観点から判断していきます。

判断要素	確認すべきこと
誤りの内容	単純な計算誤りか、事実認定・法令解釈の争いか
証拠関係	請求書、契約書、通帳、元帳、議事録、メール等で確認できるか
税目横断の影響	法人税だけでなく、消費税、源泉所得税、地方税にも波及しないか
対象期間	調査対象期間だけか、過年度にも同じ誤りがあるか
重加算税リスク	売上除外、架空経費、名義財産、資料改ざん等の疑いがないか
修正申告の効果	不服申立てができなくなることを理解しているか
納付資金	本税、加算税、延滞税を含めて納付できるか
将来影響	金融機関、取引先、相続人、M&A、承継に説明できるか

明らかな転記誤りや計算誤りであり、証拠も揃っていて、関連税目への影響も確認できている。こうした場合には、調査通知後であっても更正予知前に修正することが合理的なケースがあります。

一方で、次のような場合には、拙速な修正申告は避けるべきです。

• 調査官の見解に納得できない
• 事実関係がまだ固まっていない
• 契約書、請求書、通帳、メールの整合性を確認できていない
• 一部の年度だけ修正すると、他年度との整合性が崩れる
• 消費税や源泉所得税への波及を検討していない
• 重加算税が示唆されている
• 修正申告後に不服申立てができないことを理解していない

修正申告を急ぐこと自体が目的ではありません。目的は、正しい事実関係に基づき、説明可能な申告内容に是正することにあります。

「早く出す」より「何をどう修正するか」が重要

税務調査の通知を受けると、加算税を少しでも軽くしようと、「すぐ修正申告を出した方がよい」と考えがちです。

しかし実務上は、修正申告を出す前に、次のような整理が欠かせません。

整理事項	具体例
どの処理が誤りか	売上計上時期、経費性、消費税区分、源泉徴収、財産評価など
なぜ誤ったか	入力ミス、資料不足、判断誤り、税理士への説明不足、社内ルール不備
いつ気付いたか	調査通知前、通知後、資料整理中、調査官の指摘後
誰が把握していたか	代表者、経理担当者、相続人、税理士、外部担当者
どの資料で確認したか	元帳、請求書、契約書、通帳、棚卸表、議事録、贈与契約書
他税目に波及するか	法人税、所得税、消費税、源泉所得税、相続税、贈与税
どの年度まで広がるか	調査対象期間のみか、過年度・翌年度にも影響するか
加算税・延滞税の見込み	調査通知前後、更正予知前後、重加算税リスクを整理する

この整理をせずに修正申告を出してしまうと、次のような問題が起きます。

• 修正申告した内容に、さらに誤りが見つかる
• 本税は修正したが、消費税や源泉所得税の波及を漏らす
• 一部の年度だけ修正し、他年度との整合性を失う
• 重加算税の事実認定に不利な説明をしてしまう
• 後から争いたくても、不服申立てではなく更正の請求に限られる

特に、売上除外、架空経費、簿外口座、名義預金、生前贈与、外注費と給与の区分、役員給与、関係会社取引などは、単に数字を直せば終わる論点ではありません。

なぜその処理になったのか、誰が判断したのか、どの資料が残っているのか。ここを整理しておかなければ、加算税・重加算税の判断にも影響してきます。

法人税調査で自主修正を検討する場面

法人税調査では、次のような場面で自主修正を検討することがあります。

論点	自主修正を検討する場面	注意点
売上計上漏れ	請求書、納品書、入金記録から明らかな漏れが見つかった	売上除外なのか、期ずれなのかを分ける
棚卸計上漏れ	棚卸表と元帳の不一致が見つかった	意図的除外と単純集計ミスを区別する
経費過大	私的支出、対象外費用、資本的支出が混在していた	役員給与、認定賞与、源泉徴収へ波及する場合がある
外注費	実態として給与に近い支払いがある	消費税仕入税額控除、源泉所得税にも影響する
役員給与	決議・届出・支給実態に不整合がある	損金不算入と源泉所得税を分けて検討する
関係会社取引	価格、費用負担、貸倒処理に説明不足がある	寄附金、移転価格、時価判断に広がる

法人の場合、修正申告は経理体制や金融機関対応にも影響します。とりわけ、過年度決算、融資資料、M&A、事業承継を控えている会社では、税務調査対応だけでなく、会計処理、社内説明、金融機関への説明まで見据えておく必要があります。

消費税では「税額への直結性」が高い

消費税は、課税区分、仕入税額控除、インボイス、簡易課税、届出の誤りが、そのまま税額に直結しやすい税目です。

調査通知後に消費税の誤りを見つけた場合は、次の点を確認します。

論点	確認事項
課税売上	課税、非課税、不課税、免税の区分
課税仕入れ	事業関連性、課税仕入れ該当性、帳簿・請求書保存
インボイス	登録番号、適格請求書の記載事項、経過措置
届出	簡易課税、課税事業者選択、課税期間特例
還付申告	設備投資、輸出免税、課税売上割合、届出との整合性
他税目への影響	法人税の損金・益金、所得税の必要経費、固定資産処理

消費税の誤りは、法人税や所得税と異なり、損益の見方だけでは判断できません。

たとえば、法人税では経費として認められる支出であっても、消費税の仕入税額控除は認められないことがあります。逆に、会計上は費用処理されていても、消費税の課税仕入れの要件を満たすかどうかは、取引内容と保存書類から判断する必要があります。

「消費税だけ先に修正する」「法人税だけ修正する」といった対応は、他税目との整合性を壊してしまうことがあるため、注意が必要です。

源泉所得税は「修正申告」ではなく「自主納付」の問題になる

源泉所得税では、通常の法人税や所得税のように修正申告書を提出するというより、源泉徴収義務者として不足税額を自主納付するか、税務署から納税告知を受けるか、という形で問題になります。

給与、賞与、報酬料金、退職金、非居住者への支払い、外注費と給与の区分などで源泉徴収漏れが見つかった場合は、次の点を確認します。

論点	確認事項
支払の性質	給与、報酬料金、退職金、外注費、非居住者支払のどれか
源泉徴収義務	支払者に源泉徴収義務があるか
支払時期	源泉徴収義務が成立した時点
納付期限	原則納付、納期の特例の有無
不納付加算税	自主納付か、納税告知予知後か
受給者との関係	追加徴収、精算、年末調整、確定申告との関係

源泉所得税は、支払者側が徴収・納付義務を負うため、単なる「支払先の所得税の問題」ではありません。

また、外注費が給与と認定される場合には、法人税、消費税、源泉所得税が同時に動きます。こうした場合、源泉税だけを自主納付しても、法人税や消費税の整理が不十分であれば、調査全体の解決にはつながりません。

個人事業主は「生活費との境界」を整理してから修正する

個人事業主の場合、売上、必要経費、家事関連費、現金管理、通帳入金、家族への支払いなどが問題になります。

自主修正を検討する際は、次のように整理していきます。

論点	確認事項
売上漏れ	現金売上、入金、予約台帳、レジ、請求書、決済データ
家事関連費	事業利用割合、按分根拠、私的利用の有無
車両費・通信費	業務利用実態、走行記録、使用目的
家族への支払い	勤務実態、業務内容、支払記録
消費税	課税事業者判定、課税売上、仕入税額控除
青色申告	帳簿保存、証憑保存、推計課税リスク

個人事業主の修正では、「経費にできるかどうか」だけを見ていては不十分です。

なぜその支出を事業経費と考えたのか。按分割合はどの資料で説明できるのか。家計用口座と事業用口座の資金移動は説明できるか。売上台帳と通帳・レジ・予約記録は合っているか。

ここを整理しないまま修正してしまうと、税務署側から「本当は他にも漏れがあるのではないか」と見られ、調査範囲が広がることがあります。

相続税・贈与税では相続人間の確認も必要になる

相続税や贈与税では、調査通知後に、名義預金、名義株式、生前贈与、国外財産、生命保険、借入金、未分割財産などが見つかることがあります。

この場合、修正申告を出す前に、次の確認が必要です。

論点	確認事項
財産の存在	通帳、証券口座、保険証券、登記、国外資産資料
財産の帰属	被相続人の財産か、相続人・家族固有の財産か
名義預金	原資、管理支配、通帳・印鑑、贈与意思
生前贈与	贈与契約、受贈者の認識、管理状況、贈与税申告
相続人間の情報	他の相続人が把握している財産がないか
分割・納税資金	修正後の税額を誰が負担するか
重加算税	財産を知りながら隠したと評価されないか

資産税では、一人の相続人だけで急いで修正申告を出してしまうと、他の相続人との関係や遺産分割、納税資金、さらには将来の争族リスクにまで影響することがあります。

税務調査対応として正しいというだけでなく、相続人間で後から説明できる整理を心がける必要があります。

自主修正をする前に作るべき「事実整理メモ」

自主修正を検討する段階では、いきなり修正申告書を作り始めるのではなく、まず事実整理メモを作ることをお勧めします。

内容は、複雑である必要はありません。

項目	記載内容
発見日	いつ誤りに気付いたか
発見経緯	自社点検、税務署からの連絡、税理士確認、資料整理など
対象税目	法人税、所得税、消費税、源泉所得税、相続税など
対象期間	どの年分・事業年度・課税期間か
誤りの内容	売上漏れ、経費過大、課税区分誤り、財産漏れなど
原因	入力ミス、資料未提出、判断誤り、社内承認不足など
証拠資料	請求書、契約書、通帳、元帳、メール、議事録など
他税目への影響	消費税、源泉税、地方税、相続税への波及
重加算税リスク	隠蔽・仮装と疑われる事情の有無
対応方針	修正申告、自主納付、説明資料提出、更正を待つなど

このメモは、調査官を説得するためだけのものではありません。納税者自身が、何を理解し、何を判断し、どこを専門家に相談すべきかを把握するためのものです。

修正申告を出すべきでない可能性がある場面

次のような場合には、修正申告に進む前に、専門家と慎重に検討すべきです。

場面	理由
調査官の事実認定に疑問がある	修正申告すると、後から争いにくくなる
法令解釈が分かれる	更正を受けて不服申立てを検討すべき場合がある
重加算税を示唆されている	事実認定と供述整理が重要になる
資料が揃っていない	不完全な修正で追加指摘を招く可能性がある
関連税目への影響が未検討	法人税だけ直して消費税・源泉税を漏らすことがある
相続人間で認識が異なる	資産税では後日の相続人間トラブルにつながる
修正申告の対象範囲が不明確	一部年度のみの修正では整合性を欠く場合がある
納付資金の見通しがない	本税、加算税、延滞税を含めた資金計画が必要

修正申告は、税務署と争わないという意味ではありません。納税者が自ら申告内容を訂正するという、法的効果を伴う行為です。

納得できない場合には、修正申告に応じず、更正処分を受けたうえで不服申立てを検討する、という選択肢もあります。

税務署から連絡を受けた直後に確認すべきこと

税務署から連絡を受けた時点で、まず次の事項を確認してください。

確認事項	確認する理由
行政指導か調査か	更正予知・加算税判断に影響する
対象税目	法人税、消費税、源泉所得税、所得税、相続税など
対象期間	修正対象範囲、資料準備範囲に影響する
連絡内容	日程調整か、非違事項の指摘か
税理士への通知の有無	税務代理権限証書の内容を確認する
回答期限	資料整理と専門家相談の時間を確保する
提出を求められた資料	調査の論点を推測する手掛かりになる
すでに把握している誤り	調査通知前後のタイミングを整理する

この段階で、「分かりました。すぐ修正します」と答える必要はありません。

まずは、

「資料を確認したうえで回答します」 「税理士と共有して整理します」 「行政指導か調査かを確認させてください」

と対応することが大切です。

まとめ｜自主修正は「早さ」ではなく「説明可能性」で判断する

更正予知と自主修正の判断において、タイミングは確かに重要です。しかし、タイミングだけで判断してはいけません。

調査通知前か、調査通知後か。更正予知前か、更正予知後か。行政指導なのか、税務調査なのか。修正申告を出すのか、更正を待つのか。

これらを整理したうえで、事実と証拠に基づいて判断する必要があります。

早く修正申告を出すことで、加算税が軽くなる場合はあります。その一方で、早く出したことによって、本来争うべき論点まで自ら認めた形になってしまう場合もあるのです。

税務調査対応において大切なのは、単に税額を減らすことでも、税務署との対立を避けることでもありません。後から説明できる処理に直すことです。

そのためには、申告書、元帳、証憑、契約書、通帳、議事録、相続資料、贈与資料、消費税資料、源泉徴収資料を確認し、事実関係、法律関係、税務上の評価をつなげて整理していく必要があります。

更正予知・自主修正で迷っている方へ

税務署から連絡を受けた後に誤りが見つかった場合、「すぐ修正申告を出した方がよい」とは限りません。

調査通知前なのか、調査通知後なのか。行政指導なのか、税務調査なのか。更正予知前といえるのか。重加算税リスクはないのか。修正申告に応じるべきか、更正を待つべきか。

これらを整理しないまま対応してしまうと、加算税だけでなく、後日の不服申立て、金融機関対応、相続人間の説明、さらにはM&A・承継時のリスクにまで影響することがあります。

犬飼公認会計士・税理士事務所では、税務調査の通知後に発見された誤りについて、申告書、元帳、証憑、契約書、通帳、調査官からの連絡内容、想定される加算税、重加算税リスク、不服申立ての可能性まで含めて整理し、納税者の方が納得して判断できる状態づくりを支援しています。

税務署から連絡を受けた後に修正申告を出すべきか迷っている場合、調査官から非違事項を示された場合、行政指導か税務調査か分からない場合には、資料と経緯を整理したうえで、お問い合わせページよりご相談ください。

振り返り

重要事項	実務上のポイント
更正予知とは	調査により更正・決定・納税告知があり得ることを納税者が認識した状態
税務署からの連絡だけでは足りない	単なる日程調整や行政指導と、非違事項の指摘を伴う調査を分ける
調査通知前の自主修正	更正予知前であれば、過少申告加算税が課されない可能性がある
調査通知後・更正予知前	過少申告加算税は原則5％、一定額超は10％となる
更正予知後	通常の過少申告加算税や無申告加算税が問題になる
無申告はより重い	300万円超部分の無申告加算税引上げや繰返し加重に注意する
行政指導と調査は別	自発的見直し要請だけなら、更正予知に当たらない可能性がある
調査結果後の勧奨は別	調査後の修正申告勧奨は、加算税ゼロの行政指導とは異なる
修正申告は任意	勧奨に応じない場合は、更正処分を受けて争う選択肢もある
修正申告後は不服申立て不可	修正申告後は、更正の請求は可能だが、不服申立てはできない
早く出すだけでは危険	事実関係、証拠、他税目への波及、重加算税リスクを確認する
事実整理メモが重要	発見日、発見経緯、資料、対象期間、対応方針を記録する
専門家相談の意味	加算税の有利不利だけでなく、修正申告・更正・不服申立てを比較する
最終判断の軸	後から説明できる処理に直せるかどうか