給与支払事務所と源泉所得税の基本｜創業時に給与を払う前に整えるべきこと

2026年7月31日2026年8月10日

創業のタイミングで「給与を払う」と考えるとき、多くの方はまず給与額や手取り額に意識が向きます。いくら支払うか、手元にいくら残るか。たしかにそこは大切な論点です。

ただ、税務の実務から見ると、給与を払う会社や事業主は、単にお金を支払うだけの立場ではありません。給与を支払う側は、一定の所得税等を給与から差し引き、国に納める役割も同時に負います。

この役割を理解しないまま給与を始めてしまうと、届出の漏れ、源泉所得税の納付漏れ、納付期限の管理ミス、年末調整の準備不足といった問題につながりやすくなります。

だからこそ、創業・開業・法人化の入口では、給与支払事務所と源泉所得税を「給与計算まわりの細かい事務」として後回しにしないでいただきたいと思います。これらは、税務・資金繰り・社会保険・月次決算にまたがる、初期設計の一部として整理しておきたい論点です。

給与を払うと、支払う側は「源泉徴収義務者」になる

源泉徴収とは、給与や報酬、料金など一定の所得を支払う者が、その支払いの際に所得税等を差し引き、国に納める制度です。国税庁も、給与や税理士報酬などを支払う者が、支払時に所定の方法で所得税額を計算し、支払金額から差し引いて国に納める仕組みとして説明しています。

対象になるのは会社だけではありません。個人事業主や、人格のない社団・財団なども、一定の支払いを行えば源泉徴収義務者になり得ます。
出典：国税庁｜No.2110 事業主がしなければならない源泉徴収

創業直後の法人であれば、代表者への役員報酬を支払う時点で、すでに給与に関する源泉徴収事務が始まっています。従業員をまだ雇っていなくても、役員報酬を出すのであれば、給与支払者として源泉所得税を管理していく必要があるということです。

個人事業主の場合も、従業員や専従者に給与を支払うときには源泉徴収義務が問題になります。一方で、常時2人以下の家事使用人だけに給与を支払う個人など、一定の場合には源泉徴収を要しない取扱いもあります。また、給与所得について源泉徴収義務を持たない個人が、確定申告のために税理士へ報酬を支払うようなケースでは、その報酬について源泉徴収をする必要はありません。
出典：国税庁｜No.2502 源泉徴収義務者とは

ここで押さえておきたいのは、「給与を払うかどうか」という一点が、税務署への届出、毎月または半年ごとの納付、年末調整、法定調書、給与支払報告書、社会保険、労働保険にまで広がっていくということです。給与は、事業を始めたあとの人件費管理の入口であると同時に、税務管理の入口でもあります。

給与支払事務所等の開設届出書とは何か

国内で給与等の支払事務を取り扱う事務所等を開設・移転・廃止した場合には、「給与支払事務所等の開設・移転・廃止届出書」を提出する手続があります。提出の期限は、開設・移転または廃止の事実があった日から1か月以内です。

提出先は、給与支払事務所等の所在地を所轄する税務署になります。移転の場合には、移転前の事務所等の所在地を所轄する税務署へ提出する扱いとされています。
出典：国税庁｜A2-7 給与支払事務所等の開設・移転・廃止の届出

この届出は、「事務所を借りました」という趣旨の届出ではありません。実務上は、給与等の支払事務をどこで取り扱うのか、どの税務署の管轄で源泉所得税を納めるのかを整理するための届出だと考えていただくと分かりやすいと思います。

法人設立の直後であれば、設立登記や法人設立届出、青色申告承認申請、地方税関係の届出などと並行して、この届出の要否も確認しておく必要があります。役員報酬の支給を始める法人では、給与支払事務所の届出を「従業員を雇ってから考えればよいもの」と誤解しないことが大切です。

個人事業主の場合は、個人事業の開業届との関係にも目を配る必要があります。国税庁は、個人が新たに事業を始めたり、事業のために事務所を設けたりした場合には、個人事業の開業等届出書を提出するため、給与支払事務所等の開設届出書をあらためて提出する必要はないと説明しています。ただし、その説明には「令和8年1月1日以後に開業した場合を除きます」という注記が付いています。開業の時期や届出様式、税務署の最新の案内を確認したうえで整理しておきたいところです。
出典：国税庁｜No.2110 事業主がしなければならない源泉徴収

源泉所得税の基本的な流れ

給与に関する源泉徴収は、順を追って考えると整理しやすくなります。

まず、給与や役員報酬について、支給の対象者、支給日、締日、支給額を決めます。そのうえで、給与所得者から扶養控除等申告書の提出を受けるかどうかを確認します。

扶養控除等申告書は、給与所得者が扶養控除などの諸控除を受けるために、給与の支払者へ提出する書類です。提出の期限は、その年の最初に給与の支払いを受ける日の前日までとされています。この提出がない場合には、月々の源泉徴収で適用される税額表の欄が変わり、年末調整の対象にも影響してきます。
出典：国税庁｜A2-1 給与所得者の扶養控除等の（異動）申告

次に、給与の支給時に、源泉徴収税額表を用いて源泉徴収税額を計算します。賞与以外の給与は、給与所得の源泉徴収税額表によって計算し、賞与は通常、賞与に対する源泉徴収税額の算出率の表を用います。給与が月払いか日払いか、扶養控除等申告書の提出があるかないかによって、使う表や欄が変わってきます。
出典：国税庁｜No.2110 事業主がしなければならない源泉徴収

さらに、給与の支払額、控除額、源泉徴収税額を記録として残しておきます。国税庁は、月々の源泉徴収や年末調整を正確かつ能率的に行うためには、扶養親族等の状況や月々の給与額、徴収税額などを各人ごとに記録しておく帳簿が必要だと説明しています。

なお、国税庁が提供する源泉徴収簿は、法令で定められた帳簿そのものではありません。給与台帳などで、毎月の源泉徴収の記録や年末調整に必要な情報が分かるものであれば、それを利用しても差し支えないとされています。
出典：国税庁｜A2-2 給与所得・退職所得に対する源泉徴収簿の作成

最後に、源泉徴収した所得税等を納付します。原則として、源泉徴収した所得税および復興特別所得税は、支払った月の翌月10日までに納めます。納付の方法は、e-Taxを利用するか、所得税徴収高計算書を添えて金融機関または所轄税務署の窓口で行う形になります。
出典：国税庁｜No.2110 事業主がしなければならない源泉徴収

令和8年分以後は、税額表の年度にも注意する

源泉徴収税額表は、毎年同じものを使い続ければよい、というわけではありません。

国税庁が公表している令和8年分の源泉徴収税額表では、令和7年度税制改正により所得税の基礎控除の見直し等が行われたことに伴い、税額や扶養親族等の数の算定方法が変更されている旨が案内されています。あわせて、この税額表は令和8年分の給与等について使用するものであり、令和7年分以前の給与等には使用しないよう注意が促されています。
出典：国税庁｜令和8年分源泉徴収税額表

創業時には、給与計算ソフトや会計ソフトを導入して終わり、とはしないことをおすすめします。どの年分の税額表が設定されているか、扶養情報が正しく反映されているか、給与と賞与で計算方法が分かれているかは、あらためて確認しておきたいポイントです。

さらに先を見ておくと、令和9年1月1日以後に生ずる所得については、令和8年度税制改正により防衛特別所得税が創設され、復興特別所得税の税率も改正されることとされています。国税庁のQ&Aでは、防衛特別所得税の税率1％と復興特別所得税の税率1.1％を合わせた合計税率は、改正前の復興特別所得税2.1％と同じであり、源泉徴収税額の計算方法に変更は生じないと説明されています。ただし実務上は、令和9年分以後の源泉徴収税額表や納付書等の案内を確認しながら運用していく必要があります。
出典：国税庁｜防衛特別所得税及び復興特別所得税（源泉徴収関係）Q&A

納付期限を「資金繰り」の予定に入れておく

源泉所得税は、給与から差し引いているため、会社の費用というよりも「預かっている税金」という性格を持ちます。

ただ、預かった税金であっても、現金としては会社の口座に一時的に残ります。そのため、創業直後で資金繰りが厳しい会社では、源泉所得税をつい他の支払いに回してしまい、納付期限に資金が足りなくなる、ということが起こりがちです。

これは避けたいところです。

源泉所得税の納付は、給与支払いの翌月10日が原則です。納付期限の日が日曜日や祝日などの休日、あるいは土曜日に当たる場合には、その休日明けの日が納付期限になります。とはいえ資金繰りの面では、「給与支払いの翌月10日までに納付資金を確保しておく」と考えて管理するほうが安全です。
出典：国税庁｜No.2110 事業主がしなければならない源泉徴収

創業時の月次管理では、給与の支払額だけでなく、源泉所得税、住民税、社会保険料、労働保険料、消費税、法人税等の支払予定を、それぞれ分けて管理しておく必要があります。給与の額を決めるときも、手取り額や会社負担の社会保険料だけでなく、源泉所得税の納付スケジュールまで含めて資金繰り表に反映させておきたいところです。

納期の特例は「便利」だが、資金管理を軽くしてよい制度ではない

給与の支給人員が常時10人未満である源泉徴収義務者は、所定の申請を行うことで、給与や退職手当、税理士等の報酬・料金に係る源泉所得税等を、年2回にまとめて納付できます。これがいわゆる「納期の特例」です。

納期限は、1月から6月までに支払った所得から源泉徴収した税額が7月10日、7月から12月までに支払った所得から源泉徴収した税額が翌年1月20日となります。
出典：国税庁｜A2-8 源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請

創業直後で人数が少ない会社にとって、納期の特例は事務負担を軽くしてくれる有用な制度です。ただ、納付の回数が少なくなるということは、1回あたりの納付額が大きくなるということでもあります。

毎月は納めない分、半年分の源泉所得税が会社の口座に残るため、資金繰り上は「使えるお金」のように見えてしまいます。ここに落とし穴があります。

そのため、納期の特例を選ぶ場合には、毎月の源泉所得税を会計上も資金繰り上も区分して把握し、7月と翌年1月の納付予定をあらかじめ資金繰り表に入れておく必要があります。納期の特例は「納付しなくてよい制度」ではなく、あくまで「納付の時期をまとめる制度」だと捉えていただくのがよいと思います。

なお、納期の特例の要件に該当しなくなった場合、たとえば給与の支給人員が常時10人未満でなくなった場合には、遅滞なく届出を行う必要があります。
出典：国税庁｜A2-9 源泉所得税の納期の特例の要件に該当しなくなった場合の届出

源泉徴収は給与だけでなく、報酬・料金にも関係する

創業直後には、従業員給与だけでなく、外部の専門家への報酬、業務委託費、原稿料、講演料、デザイン料、士業報酬といった支払いも発生してきます。これらすべてが源泉徴収の対象になるわけではありませんが、一定の報酬・料金は源泉徴収の対象になります。

国税庁は、居住者に支払う報酬・料金等について、原稿料や講演料、弁護士・公認会計士・司法書士等の特定資格者への報酬、モデルや外交員への報酬、芸能関係の出演報酬、広告宣伝のための賞金などを、源泉徴収の対象として整理しています。
出典：国税庁｜No.2792 源泉徴収が必要な報酬・料金等とは

法人設立時にとりわけ気をつけたいのが、士業報酬です。弁護士や税理士などに支払う報酬・料金は、源泉徴収の対象となります。謝金、調査費、日当、旅費といった名目で支払われるものであっても、実質が報酬・料金であれば対象に含まれます。

ただし、支払者が交通機関やホテル等に直接支払う交通費・宿泊費等で、通常必要な範囲内のものは、源泉徴収の対象となる報酬・料金に含めなくてもよいとされています。また、報酬と消費税等が請求書等で明確に区分されている場合には、報酬本体のみを源泉徴収の対象金額として差し支えないとされています。
出典：国税庁｜No.2798 弁護士や税理士等に支払う報酬・料金

司法書士、土地家屋調査士、海事代理士に支払う報酬・料金についても、同じように源泉徴収の対象となります。設立登記や不動産登記の場面では、司法書士報酬と登録免許税等が一つの請求書にまとめて記載されることがありますが、登記や申請のため本来国等に納付すべき登録免許税や支払手数料等に充てるものとして支払われたことが明らかなものは、源泉徴収をする必要はありません。
出典：国税庁｜No.2801 司法書士等に支払う報酬・料金

この点は、創業時に見落とされやすいところです。給与の源泉徴収だけを整えていても、専門家報酬や外注費の源泉徴収を確認していないと、あとから納付漏れが発覚することがあります。

もう一点、実務で混同しやすいのが納付書です。弁護士、税理士、司法書士等の報酬について源泉徴収した所得税および復興特別所得税を納付する場合には、給与所得・退職所得等の所得税徴収高計算書を使用する取扱いとされています。報酬・料金等の納付書と取り違えやすいため、創業時に納付書の種類も確認しておきたいところです。
出典：国税庁｜納付書の記載のしかた（報酬・料金等の所得税徴収高計算書）

「給与」か「外注」かを最初に曖昧にしない

創業期には、従業員として雇うのか、業務委託として外注するのかをはっきりさせないまま、人に仕事を依頼してしまうことがあります。

この区分は、源泉徴収だけの問題ではありません。労働保険、社会保険、消費税、契約書、請求書、そして労務リスクにまで影響してきます。

給与であれば、給与所得として源泉徴収し、給与台帳や源泉徴収簿で管理し、年末調整の対象にもなります。一方、外注費であれば、相手が個人か法人か、支払内容が源泉徴収対象の報酬・料金に該当するか、インボイスや契約書の整備が必要かを確認していくことになります。

ここで、源泉所得税だけを見て「外注にしたほうが簡単だ」と考えるのは危険です。実態として指揮命令を受け、勤務時間や勤務場所が拘束され、材料や道具を会社が負担し、仕事の代替性がないような場合には、契約書の表題が業務委託であっても、実質的には雇用に近いと判断されるリスクがあります。

この論点は、給与支払事務所の届出そのものとは別の問題ではあります。ただ、給与を始める段階で必ず整理しておくべきものです。創業時の人件費設計では、税務上の源泉徴収だけでなく、労務・社会保険・契約実務まで合わせて確認しておく必要があります。

創業時に整えておきたい源泉所得税の管理体制

源泉所得税の実務は、毎月同じ処理を繰り返していく性質のものです。だからこそ、最初の設計を誤ると、その誤りがそのまま続いてしまいます。

創業時には、少なくとも次の点は整理しておきたいところです。

誰に何を支払うのかを区分する
役員報酬、従業員給与、アルバイト給与、退職手当、外注費、士業報酬、原稿料、講演料など、支払いの性質ごとに、源泉徴収の要否と処理方法が変わってきます。
給与支給日と源泉所得税の納付日を資金繰り表に入れる
給与を支払った月の翌月10日が原則的な納付期限です。納期の特例を受ける場合でも、7月10日と翌年1月20日の納付予定を資金繰りに反映させておく必要があります。
必要な書類を整理して保存する
扶養控除等申告書、給与台帳、源泉徴収簿、納付書控え、士業報酬の請求書、外注先との契約書などです。源泉徴収は、あとから「いくら支払い、いくら差し引き、いつ納付したか」を説明できる状態にしておくことが求められます。
会計処理と連動させる
源泉所得税は、給与支給時に預り金として認識し、納付時に預り金を取り崩す形で管理するのが一般的です。これを単なる支出として処理してしまうと、月次決算上、給与・預り金・納税資金の関係が見えにくくなってしまいます。
給与計算ソフトや会計ソフトに任せきりにしない
ソフトは、正しく設定されていれば有効です。ただ、扶養情報、支給区分、税額表の年度、納期の特例の有無、報酬・料金の源泉区分まで自動で判断してくれるわけではありません。初期設定と、それを確認するルールが欠かせません。

源泉所得税の初期対応でよくある見落とし

創業直後によくある見落としは、給与支払事務所の届出を出していない、というものだけではありません。実際には、次のようなつまずきが起こりやすいものです。

代表者への役員報酬を、給与と同じように源泉徴収すべきことに気づいていない
初回給与の前に、扶養控除等申告書を受け取っていない
源泉所得税を給与支払いの翌月10日までに納付する必要があることを、資金繰りに入れていない
納期の特例を申請したつもりで、承認前の納付分まで半年納付にしてしまう
税理士や司法書士への個人報酬について、源泉徴収を確認していない
報酬本体、消費税、登録免許税、交通費の区分を、請求書上で確認していない

いずれも、創業期には起こりやすいものです。

源泉所得税は、利益が出ているかどうかに関係なく、給与や報酬を支払った時点で発生する実務です。赤字だから納付しなくてよい、資金繰りが厳しいから後回しにしてよい、という性質のものではありません。

そのため、給与支払事務所と源泉所得税の実務は、開業届や法人設立届出と同じように、創業初期に確実に設計しておく必要があります。

給与支払事務所と源泉所得税は、月次決算の入口でもある

源泉所得税を正しく管理するには、給与、役員報酬、外注費、士業報酬、預り金、納付額が、月次できちんと整理されている必要があります。

これは、税務署へ納めるためだけの整理ではありません。人件費が毎月どれくらい発生しているのか、役員報酬を今の水準で続けていけるのか、社会保険料を含めた固定費がどれくらいか、資金繰り上どのタイミングで納税資金が必要になるのか。こうしたことを見通すためでもあります。

創業初期の会社では、売上や利益の計画に比べて、人件費と税金の支払時期が見落とされがちです。給与支払事務所と源泉所得税の管理を整えることは、月次決算、資金繰り、社会保険、年末調整、そして金融機関への説明資料へとつながっていく基礎になります。

給与を支払う段階になってから慌てて届出や納付方法を確認するのではなく、役員報酬や給与の支給を始める前に、源泉徴収の流れ、納付期限、納期の特例、外注・士業報酬の確認方法まで整えておく。これが望ましいかたちだといえます。

重要事項の振り返り

確認項目	創業時に押さえるべきポイント
源泉徴収義務者	給与や一定の報酬・料金を支払う者は、源泉徴収して納付する立場になる
給与支払事務所等の届出	給与等の支払事務を取り扱う事務所等を開設・移転・廃止した場合、原則として1か月以内に届出を確認する
役員報酬	従業員がいなくても、役員報酬を支払えば給与に関する源泉徴収事務が発生する
扶養控除等申告書	初回給与の前日までに提出を受けるかどうかで、適用する税額表や年末調整に影響する
源泉徴収税額表	給与、賞与、支給区分、扶養控除等申告書の有無に応じて、該当年分の税額表を使う
納付期限	原則は給与や報酬を支払った月の翌月10日まで。資金繰り表に納付予定を入れる
納期の特例	常時10人未満の給与支給体制では検討できるが、半年分をまとめて納付するため資金管理が必要
報酬・料金の源泉	士業報酬、原稿料、講演料など一定の報酬・料金は、給与とは別に源泉徴収の確認が必要
会計処理	源泉所得税は預り金として管理し、納付時に消し込むことで月次管理と整合させる
実務上の目的	届出や納付だけでなく、給与・人件費・資金繰り・月次決算を説明できる状態にする