源泉所得税の不納付加算税と納税告知｜納付漏れ・自主納付・正当な理由の調査対応

源泉所得税の調査で本当に怖いのは、「源泉徴収をうっかり忘れていた」という計算ミスだけではありません。

給与や賞与、役員報酬、退職金、士業報酬、原稿料、講演料、さらには外注費と給与の区分や非居住者への支払い。こうした場面で、本来源泉徴収すべき所得税・復興特別所得税を徴収していなかった、あるいは徴収はしていたものの期限までに納付していなかった――。そのような場合には、支払者の側に納税告知や不納付加算税、延滞税が生じることがあります。

源泉所得税は、受給者本人が納めるべき所得税の前払いという性質を持っています。それにもかかわらず、税務調査で責任を問われるのは、多くの場合「支払者」です。会社や個人事業主が、支払いの時点で源泉徴収義務者として何を確認し、どの期限で納付し、どの資料をもって説明できる状態にしていたか。調査では、そこが問われることになります。

本稿では、源泉所得税の納付漏れが発覚したときに何が起きるのかを起点に、10％・5％・不徴収の違い、正当な理由の考え方、自主納付の判断、納税告知を受けた後に確認すべき事項、そして税務調査後の再発防止までを、実務の流れに沿って整理していきます。

源泉所得税の納付漏れは「相手の税金だから自社に関係ない」では済まない

源泉徴収制度では、所得を受け取る本人が直接納めるのではなく、所得の支払者が支払いの時点で所得税等を徴収し、国に納付します。給与や報酬・料金等を支払う側は、所得税および復興特別所得税を源泉徴収して納付する義務を負っているのです。

ここで押さえておきたいのが、源泉所得税は支払時に納税義務が成立し、同時に確定するという点です。申告所得税や法人税のように「申告書を提出して税額を確定させる」構造とは、根本から異なります。

この違いは、税務調査の対応において非常に重要な意味を持ちます。

法人税であれば、指摘された内容に応じて修正申告を提出するか、更正を待つか、という判断が中心になります。一方の源泉所得税では、支払時にすでに成立・確定している納付義務について、税務署が「納税の告知」を行うことで、支払者に納付を求める形になります。

区分	申告所得税・法人税など	源泉所得税
税額確定の基本	申告により確定	支払時に成立・確定
誤りがあった場合	修正申告・更正等	納税告知・自主納付等
主に責任を負う者	納税者本人	支払者である源泉徴収義務者
調査で見られるもの	申告内容、帳簿、証憑	支払内容、源泉徴収要否、納付期限、納付書、徴収高計算書

つまり源泉所得税の納付漏れは、「受給者が確定申告していれば済む」という単純な話ではありません。支払者に源泉徴収義務がある以上、税務署は支払者に対して納税告知を行うことがあるのです。

納税告知とは何か

納税告知とは、源泉徴収義務者に対して、納付すべき税額や納期限、納付場所などを示し、具体的に納付を求める処分のことです。源泉所得税の場合は、税務署長が納税告知書を送達することで行われます。

源泉所得税の納税告知を受けたときには、一般に次のような事項を確認しておく必要があります。

確認項目	実務上の意味
対象となる支払い	給与、報酬、退職金、配当、非居住者支払など
対象期間	どの月分・どの納期分か
納付すべき税額	本税部分の金額
納期限	告知後の納付期限
不納付加算税	本税とは別に徴収される附帯税
延滞税	法定納期限から実際の納付日までの期間に応じて発生
処分理由	源泉徴収義務があるとされた根拠
不服申立ての可否	納税告知処分・加算税の賦課決定処分は不服申立ての対象となり得る

国税庁は、不服申立てができる処分の例として、加算税の賦課決定処分や納税告知処分を挙げています。

したがって、源泉徴収義務の有無や所得区分、支払時期、税額計算などに争う余地がある場合には、「告知を受けたのだから仕方がない」と早々に諦めるのではなく、処分の内容を一つずつ分解して確認することが大切です。
出典：国税庁｜No.7210　『不服申立て』ができる場合、できない場合

まず確認すべき法定納期限

不納付加算税は、「源泉所得税を法定納期限までに納付しなかった」ことを起点に問題となります。ですから最初に確認すべきは、源泉徴収の要否だけではありません。そもそも、いつまでに納付すべき税額だったのか――この点をはっきりさせることが出発点になります。

国税庁の整理では、源泉徴収した所得税および復興特別所得税は、原則として、給与などを実際に支払った月の翌月10日までに国に納めなければならないとされています。

加えて、給与の支給人員が常時10人未満の源泉徴収義務者については、一定の要件のもとで納期の特例が認められています。この場合、1月から6月分は7月10日、7月から12月分は翌年1月20日が納付期限となります。
出典：国税庁｜No.2505　源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例

支払・制度	原則的な納付期限
給与・賞与・役員報酬	支払月の翌月10日
退職金	支払月の翌月10日
報酬・料金等	支払月の翌月10日が原則
納期の特例対象の給与・退職金・一定士業報酬	1月〜6月分は7月10日、7月〜12月分は翌年1月20日
納期限が土日祝日等に当たる場合	休日明けの日

注意したいのは、納期の特例がすべての報酬・料金に適用されるわけではない、という点です。たとえば弁護士・税理士等の一定の報酬は給与等とあわせて納期の特例の対象になりますが、講演料などのように、別の納付書で毎月納付すべきものもあります。

納期の特例を受けている会社ほど、「源泉所得税は年2回でよい」と思い込みやすいものです。しかし、支払いの種類によって納付書や納期限が分かれることがあり、ここを取り違えると、源泉徴収そのものはしていても納付遅れが生じてしまいます。

不納付加算税の基本構造

不納付加算税は、源泉徴収等によって納付すべき国税が、法定納期限までに納付されなかった場合に問題となります。

国税通則法上、不納付加算税は、源泉徴収等による国税が法定納期限までに完納されなかったとき、納税の告知に係る税額、または法定納期限後に告知を受けることなく納付された税額に対して、原則10％の割合で徴収されます。ただし、一定の場合には5％に軽減され、あるいは不徴収となることもあります。

状況	不納付加算税の扱い
法定納期限後に納税告知を受けた	原則10％
納税告知前に自主納付したが、告知を予知していた	原則10％
納税告知前に自主納付し、告知を予知していない	5％
正当な理由がある	不徴収
期限内納付の意思があり、法定納期限から1か月以内に納付した一定の場合	不徴収
隠蔽・仮装に基づく不納付	不納付加算税ではなく重加算税35％の対象となり得る

ここで大切なのは、「納付していないことに気づいたら、税務署から指摘される前にすぐ納付すれば常に5％で済む」という単純な話ではない、ということです。

5％軽減が認められるかどうかの判断では、その納付が「納税の告知があるべきことを予知してされたもの」かどうかが問われます。臨場調査や反面調査などにより、源泉徴収義務者が調査のあったことを了知した後に自主納付した場合には、原則として、告知を予知してされたものと扱われます。

これに対して、臨場の日時連絡の段階、臨場によらない納付確認、あるいは説明会等で一般的な説明を受けて自主納付した場合は、原則として予知には該当しないとされています。
出典：国税庁｜源泉所得税及び復興特別所得税の不納付加算税の取扱いについて（事務運営指針）

10％・5％・不徴収を分ける判断軸

不納付加算税の判断で混乱しやすいのは、「自主的に納めたかどうか」と「調査後かどうか」が頭の中で混ざってしまう点です。実務では、次の順番で整理していくと、判断がしやすくなります。

判断順序	確認する事項	結論への影響
1	法定納期限までに納付していたか	納付済みなら不納付加算税の問題は通常生じない
2	法定納期限後に納付したか、納税告知を受けたか	不納付加算税の入口
3	法定納期限までに納付しなかった正当な理由があるか	認められれば不徴収
4	納税告知前の自主納付か	5％軽減の可能性
5	告知があるべきことを予知していたか	予知していれば原則10％
6	期限内納付の意思があり、1か月以内に納付した一定の場合か	不徴収の可能性
7	隠蔽・仮装があるか	重加算税の検討

源泉所得税の期限後納付については、行政指導と税務調査の区分も重要になります。源泉所得税が期限後に自主納付された場合、一定の行政指導に基づく自主納付は、納税の告知を予知してなされたものには該当しないと整理されることがあります。

具体的には、提出された所得税徴収高計算書の確認結果から納税額に過不足があると思料され、自主納付を要請される行為や、源泉徴収義務の有無を確認する中で必要に応じて自主納付を要請される行為などが、これにあたります。

調査通知を受けて慌てて納付する場合であっても、「いつ、誰から、どのような連絡を受け、どの資料に基づいて自社で誤りを把握したのか」を記録しておくことが大切です。これが、5％軽減や不徴収の余地を検討する際の手がかりになります。

「正当な理由」は、単なる失念や誤解では足りない

不納付加算税については、法定納期限までに納付しなかったことに正当な理由があると認められる場合には、徴収されません。

ただし、この正当な理由は、そう広く認められるものではありません。実務上は、真に源泉徴収義務者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、不納付加算税を徴収することが不当または酷になる場合かどうか、という観点で判断されます。

国税庁の事務運営指針では、正当な理由があると認められる例として、次のようなものが挙げられています。給与等の支払後に税法解釈の取扱いが公表され、源泉徴収義務者の解釈と異なることとなった場合で、その解釈に相当の理由があると認められるとき。扶養控除等申告書等に基づく控除が過大であったものの、源泉徴収義務者の責めに帰すべき事由がないとき。通常なら期限内に納付される余裕をもって金融機関に納付を委託したのに、金融機関の事務処理誤りによって期限後納付となったことが証明されたとき。そして、災害や交通・通信の途絶等、真にやむを得ない事由があるときなどです。

なお、税法の不知・誤解、あるいは事実誤認に基づくものは、これには当たらないとされています。
出典：国税庁｜源泉所得税及び復興特別所得税の不納付加算税の取扱いについて（事務運営指針）

主張されやすい事情	正当な理由としての評価
担当者が忘れていた	通常は弱い
経理担当者が退職して引継ぎが不十分だった	通常は弱い
資金繰りが厳しかった	通常は弱い
税法を知らなかった	原則として弱い
顧問税理士に確認していなかった	通常は弱い
公表前の解釈問題で相当な理由があった	検討余地あり
扶養控除等申告書等の記載を信頼し、支払者に責めがない	検討余地あり
金融機関の事務処理誤りが証明できる	検討余地あり
災害・通信途絶など真にやむを得ない事情	検討余地あり

ここで見落としてはならないのは、「悪意がなかった」というだけでは足りない、ということです。税務調査では、なぜ期限内に納付できなかったのか、その事情が客観的な資料で裏付けられるか、社内の管理体制として通常求められる確認を尽くしていたか――こうした点が見られます。

不納付加算税だけでなく延滞税も生じる

源泉所得税の納付漏れでは、不納付加算税にとどまらず、延滞税も問題になります。

国税庁の説明によれば、税金が定められた期限までに納付されない場合には、原則として法定納期限の翌日から納付の日までの日数に応じて、利息に相当する延滞税が自動的に課されます。延滞税は本税を対象として課されるもので、加算税に対しては課されません。

なお、令和8年1月1日から令和8年12月31日までの延滞税の割合は、納期限までの期間および納期限の翌日から2か月を経過する日までが年2.8％、その後が年9.1％とされています。
出典：国税庁｜No.9205　延滞税について

税目	性質
本税	本来納付すべき源泉所得税・復興特別所得税
不納付加算税	法定納期限までに納付しなかったことに対する制裁的な附帯税
延滞税	納付遅延期間に応じた利息的な附帯税
重加算税	隠蔽・仮装がある場合に不納付加算税に代えて徴収され得る重い附帯税

納付漏れが長期間そのままになっている場合、本税だけを見て資金繰りを考えると、判断を誤りかねません。納税告知を受ける可能性があるのであれば、本税・不納付加算税・延滞税を分けて概算し、納付資金を確保しておく必要があります。

隠蔽・仮装がある場合は重加算税の問題になる

源泉所得税の納付漏れが、単なる事務ミスではなく、支払事実の隠蔽・仮装を伴うものである場合には、不納付加算税に代えて重加算税が問題になります。

国税庁の事務運営指針では、源泉所得税の重加算税に関して、隠蔽または仮装に該当する例がいくつか示されています。二重帳簿の作成、帳簿書類の破棄・隠匿、帳簿書類の改ざんや虚偽記載、相手方との通謀による虚偽証憑の作成、そして帳簿書類への記録をせず源泉徴収対象となる支払事実の全部または一部を隠蔽している場合などです。
出典：国税庁｜源泉所得税及び復興特別所得税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）

不納付加算税に代えて徴収される重加算税の通常の割合は、35％です。

状況	リスク
源泉徴収対象支払いを帳簿に記録していない	支払事実の隠蔽と見られる可能性
外注費名目で実態は給与	源泉漏れ、消費税、法人税へ波及
架空外注費・キックバック	重加算税・役員賞与・使途秘匿金等へ波及
報酬支払を別名義で処理	源泉徴収対象者・支払実態の仮装と見られる可能性
調査で虚偽答弁をした	証拠関係が悪化し、重加算税争点になり得る

税務調査では、源泉所得税の納付漏れだけで話が終わらず、法人税、消費税、役員給与、外注費と給与の区分、架空経費、不正支出へと論点が広がっていくことがあります。

とりわけ、帳簿・請求書・契約書・振込先・勤怠記録・メールの内容に矛盾がある場合には、単なる源泉漏れとして説明できるのか、それとも隠蔽・仮装と評価される事情があるのかを、慎重に整理しておく必要があります。

税務調査で源泉所得税が確認される場面

源泉所得税の調査は、法人税や所得税の調査と一体的に行われることもありますが、手続の面では注意が必要です。源泉所得税は所得税の一部ではあるものの、源泉徴収に係る所得税の納税義務は、それ以外の所得税の納税義務とは別個に成立します。そのため、源泉所得税の調査を行う場合には、所得税調査とは別に源泉所得税の調査を行う旨の通知が行われると整理されています。

税務調査で源泉所得税が問題になりやすいのは、次のような場面です。

確認対象	調査で見られるポイント
給与・賞与	源泉徴収税額、納付期限、年末調整との整合性
役員報酬・役員賞与	法人税上の役員給与認定、認定賞与、源泉漏れ
退職金	退職所得該当性、受給申告書、源泉徴収票
士業報酬	個人への報酬か法人への支払いか
原稿料・講演料	所得税法204条対象か、税率・納付書区分
外注費	実態が給与でないか、消費税仕入税額控除への波及
非居住者支払	国内源泉所得、租税条約、源泉税率
現物給与・経済的利益	金銭支給以外の源泉対象
配当・みなし配当	法人側の支払時源泉徴収義務
賞品・賞金	手取額からの逆算、源泉税相当額の負担関係

源泉所得税は、支払いの都度、判断していく税目です。そのため、決算のときにまとめて確認するだけでは、どうしても不十分になります。

支払承認の段階で、相手先が個人か法人か、居住者か非居住者か、給与か外注費か、報酬・料金の源泉徴収対象にあたるか、納期の特例に入るか、どの納付書を使うか――こうした点を確認できる仕組みを整えておくことが望まれます。

納税告知を受けたときに確認すべきこと

納税告知を受けたとき、まず行うべきは「払うか、争うか」を感情で決めることではありません。処分の内容を分解し、どこに争点があり、どこは認めざるを得ないのかを、冷静に整理することです。

確認事項	確認する理由
対象支払	どの支払いについて源泉徴収義務があるとされたか
支払先	個人・法人、居住者・非居住者の区分
支払名目	給与、報酬、外注費、退職金、配当等
支払時期	法定納期限の起点
税率	所得区分ごとの源泉税率
本税額	税務署の計算が正しいか
既納付額	二重納付・納付書誤りがないか
不納付加算税	10％、5％、不徴収の判断が適切か
延滞税	計算期間・利率の確認
重加算税示唆の有無	隠蔽・仮装の事実認定に関わる
調査経緯	自主納付か、調査後納付か
行政指導か調査か	5％軽減・予知判断に影響
不服申立期限	再調査の請求・審査請求の期限管理

現在の国税不服申立制度では、税務署長等が行った課税処分等に不服がある場合、原則として処分の通知を受けた日の翌日から3か月以内に、処分を行った税務署長等に対する再調査の請求、または国税不服審判所長に対する審査請求のいずれかを選ぶことができます。
出典：国税庁｜No.7200　税務署長等の処分に不服があるときの不服申立手続 出典：国税不服審判所｜不服申立手続等

なお、旧制度の説明では「異議申立て」という表現が使われている資料もありますが、現行制度では、通常は「再調査の請求」または「審査請求」として整理します。古い資料や過去の処分例を参照する際には、手続名と期限を現在の制度に読み替える必要があります。

「自主納付すべきか、納税告知を待つべきか」

源泉所得税の納付漏れに気づいた場合、原則として、放置することは望ましくありません。とはいえ、何も整理しないまま納付してしまうと、後から不納付加算税の区分、税額計算、受給者との精算、源泉徴収票や支払調書の訂正が混乱しやすくなります。

実務では、次のように整理していきます。

状況	基本対応
明らかな納付漏れで、税額も確定できる	速やかな自主納付を検討
源泉徴収義務の有無に疑義がある	法令・通達・契約・支払実態を整理
税務署から行政指導的な確認を受けた	連絡内容、日時、担当者、確認事項を記録
税務調査が開始されている	予知判断、不納付加算税区分、説明方針を整理
金額が大きい	本税・不納付加算税・延滞税・資金繰りを一体で確認
重加算税を示唆されている	支払事実、帳簿、証憑、発言記録を慎重に整理
納税告知を受けた	不服申立期限を管理し、争点を分解

源泉所得税の調査で納付漏れを指摘された場合、支払者の側としては、事実認定と法令解釈を分けて説明することが欠かせません。支払いの実態を認めるのか、支払いの所得区分を争うのか、源泉徴収義務の有無を争うのか、それとも不納付加算税の軽減・不徴収を求めるのか。どこに立つかによって、提出すべき資料は変わってきます。

調査対応で提出・整理すべき資料

源泉所得税の不納付加算税と納税告知に対応するには、税額計算だけでは足りません。支払いの実態と管理体制を示す資料が必要になります。

資料	確認される内容
総勘定元帳	支払科目、支払時期、相手先
仕訳帳・支払一覧	源泉対象支払いの抽出
請求書・領収書	支払名目、相手先、消費税区分
契約書・発注書	雇用・請負・委任の関係
勤怠記録・業務報告	給与か外注かの判断
役員報酬決議	役員給与・賞与の支払根拠
退職金規程・受給申告書	退職所得の源泉処理
納付書・徴収高計算書	納付期限、納付額、納付区分
年末調整資料	給与源泉の精算状況
支払調書	報酬・料金等の支払内容
税務署からの連絡記録	行政指導か調査か、予知判断
自主点検メモ	いつ、どのように誤りを把握したか
社内承認フロー	再発防止の管理体制
顧問税理士との確認記録	判断過程と相談内容

税務調査では、ただ「源泉漏れでした」と説明するだけでは十分とはいえません。なぜその処理をしたのか、どの資料に基づいて源泉徴収は不要と判断したのか、いつ誤りに気づいたのか、どの範囲まで自主点検したのか。これらを説明できる状態にしておくことが求められます。

再発防止は「納付日カレンダー」だけでは足りない

源泉所得税の納付漏れが起きた会社では、多くの場合、単純なカレンダー管理だけでなく、支払承認の入口そのものに問題が潜んでいます。

たとえば、経理担当者は請求書を見て「外注費」と処理しているが、実態は給与に近い。講演料を支払ったものの、支払担当者が源泉徴収の対象だと知らない。納期の特例を受けているために、すべての報酬を半年納付でよいと思い込んでいる。退職金を支給する際、退職所得の受給に関する申告書は確認したが、源泉徴収票や納付書の処理が遅れている――。こうした構造的なミスは、納付期限表をつくるだけでは防げません。

再発防止のためには、次のような仕組みが必要になります。

管理項目	整備すべき内容
支払先区分	個人・法人、居住者・非居住者を登録時に確認
支払名目区分	給与、外注費、報酬、退職金、配当等を分類
源泉判定	支払前に源泉徴収要否を確認するチェック欄
税率確認	報酬・非居住者・退職金等の税率表を整備
納付書区分	給与所得・退職所得等、報酬・料金等の納付書を区別
納期の特例	対象支払いと対象外支払いを区別
月次レビュー	源泉対象支払いと納付書の照合
0円納付書	必要に応じて提出有無を管理
証憑保存	請求書、契約書、支払調書、徴収高計算書を紐付け保存
退職・異動時	経理担当者の引継ぎ項目に源泉納付を含める
専門家確認	新しい支払類型や高額支払いは事前相談

国税庁は、源泉所得税の納税手続について、キャッシュレス納付の利用や、e-Taxで徴収高計算書データを作成・送信する必要があること、そして納付すべき税額がない場合でも税額0円の所得税徴収高計算書を提出する必要があることを案内しています。
出典：国税庁｜源泉所得税の納税手続

専門家に相談すべき場面

源泉所得税の不納付加算税は、税額計算だけを見れば、単純な論点に見えるかもしれません。しかし実際には、源泉徴収義務の有無、納税告知を予知したかどうか、正当な理由があるか、重加算税の可能性があるか、不服申立てをするか、受給者との精算をどうするか――こうした多くの判断が、幾重にも重なってきます。

とりわけ、次のような場面では、早めに専門家へ相談することが重要です。

相談すべき場面	理由
税務調査で源泉漏れを指摘された	本税、加算税、延滞税を分けて整理する必要がある
納税告知を受けた	不服申立期限と争点整理が必要
10％か5％かで争いがある	自主納付の時期、調査・行政指導の区分が重要
正当な理由を主張したい	客観資料による裏付けが必要
重加算税を示唆された	隠蔽・仮装の事実認定を慎重に検討する必要がある
外注費が給与認定されそう	法人税・消費税・源泉所得税に波及する
非居住者や海外支払がある	国内源泉所得・租税条約の確認が必要
役員報酬・退職金・配当が絡む	法人税・会社法・源泉税が交差する
過年度にわたり漏れがある	対象期間、納付書、支払調書訂正の整理が必要
M&A・承継前に源泉リスクを洗い出したい	偶発債務・税務DD上のリスクになる

源泉所得税の納付漏れは、発覚してから慌てて納付するだけでは、後から説明できる対応にならないことがあります。何を認め、何を争い、どの資料を提出し、どの範囲を自主点検するか。これを整理しておくことで、調査対応の質は大きく変わってきます。

犬飼公認会計士・税理士事務所では、源泉所得税の納付漏れ、納税告知、不納付加算税、延滞税、重加算税リスク、外注費と給与の区分、報酬・料金の源泉判定、非居住者支払、退職金・役員報酬に関する源泉処理まで、事実関係と資料を確認しながら、対応方針を整理していきます。

税務署から源泉所得税について確認を受けている場合、納税告知を受けた場合、あるいは過去の納付漏れに気づいた場合は、お問い合わせページから現在の状況をお聞かせください。納付の要否だけでなく、不納付加算税の扱い、説明資料、再発防止までを含めて検討することができます。

重要ポイントの振り返り

論点	実務で押さえるべきポイント
源泉所得税の性質	支払時に納税義務が成立・確定する
支払者責任	受給者本人の所得税であっても、支払者が源泉徴収義務者となる
納税告知	税務署長が源泉徴収義務者に納付を求める処分
法定納期限	原則は支払月の翌月10日
納期の特例	常時10人未満等の要件があり、対象支払いは限定される
不納付加算税10％	法定納期限後に納税告知または期限後納付がある場合の原則
不納付加算税5％	納税告知を予知しない自主納付の場合
不徴収	正当な理由、または期限内納付の意思がある一定の1か月以内納付の場合
正当な理由	真にやむを得ない客観事情が必要で、単なる失念・誤解は弱い
延滞税	法定納期限の翌日から納付日までの日数に応じて発生
重加算税	隠蔽・仮装があれば不納付加算税に代えて35％が問題になり得る
行政指導と調査	自主納付の5％判断に影響するため、連絡経緯を記録する
不服申立て	納税告知処分や加算税処分は不服申立ての対象となり得る
調査対応	支払実態、源泉徴収義務、税額、加算税区分を分けて整理する
再発防止	納付日管理だけでなく、支払前の源泉判定フローを整備する