医療機関における内部統制は、大規模病院や外部監査の対象となる法人だけの問題ではありません。
窓口では現金やクレジット決済を扱い、医事部門ではレセプト請求、返戻・査定、未収金を日々管理します。院内では医薬品、診療材料、医療機器、備品を継続的に購入し、スタッフの採用、勤怠、給与計算も行います。
さらに医療機関には、施設基準、個別指導、カルテ、個人情報、電子カルテ、委託先管理といった、この業種ならではの管理課題があります。
こうした業務が、院長、事務長、受付担当者、医事担当者、経理担当者など、一部の人の経験や記憶だけに依存していると、どうなるでしょうか。担当者の退職や休職、診療報酬改定、システム変更、分院展開、承継・M&Aといった変化が起きたとき、その体制はもろく崩れてしまいます。
第十テーマでは、医療機関の「守り」を、単なる規程やチェックリストとしてではなく、日常業務の中で実際に機能する仕組みとして整理していきます。
目指すのは、院長や特定の担当者だけが分かる医療機関から、担当者が変わっても数字と業務の流れをきちんと説明できる医療機関への移行です。
このテーマで理解できること
本テーマで整理したいのは、個別のミスをその都度注意していく方法ではありません。
どの業務に、どのようなリスクが潜んでいるのか。そのリスクを誰が確認し、どの資料に記録し、異常があったときに誰へ報告するのか。そして、その結果を月次決算、税務申告、法人運営、金融機関対応、承継・M&Aへどうつなげていくのか。こうした流れそのものを扱います。
具体的には、次の四つの視点を区別しながら、それぞれのつながりを理解しておくことが大切です。
一つ目は、会計数字を正しく作るための管理です。窓口現金、レセプト、未収金、購買、棚卸、固定資産、人件費などが対象になります。
二つ目は、不正や資産流用を防ぐための管理です。特定の担当者に権限や情報が集中していないか、承認と実行が分離されているか、証憑と現物を別の人が確認しているか、といった点が問われます。
三つ目は、医療制度上の要件を守るための管理です。施設基準や届出内容について、届出時だけでなく、その後も要件を満たし続けているかを確認していく必要があります。
四つ目は、患者情報と医療提供を守るための管理です。カルテ、電子カルテ、アクセス権限、委託先、クラウドサービス、情報漏洩時の対応、事業継続などが含まれます。
そして最終的には、これらの管理体制を、金融機関、行政、監事、外部監査人、後継者、M&Aの買い手などへ、きちんと説明できる状態へつなげていきます。
内部統制は、規程の数ではなく「業務のつながり」で考える
内部統制とは、業務の有効性・効率性、財務報告の信頼性、法令等の遵守、資産の保全という目的を達成するために、日常業務へ組み込まれ、組織の中の人によって継続的に運用されていく仕組みです。
ですから、就業規則や経理規程を作成しただけでは、内部統制が整ったとはいえません。
たとえば「窓口現金は毎日確認する」と規程に書かれていても、確認するのが現金を扱った本人だけであれば、牽制は十分に働きません。「医療機器は固定資産台帳で管理する」と定めていても、現物確認や除却処理が行われていなければ、台帳と実態はやがて乖離していきます。
医療機関で重要となる業務には、収益・未収金、仕入・買掛金・棚卸資産、固定資産、人件費、決算・財務報告、ITなどがあります。これらをそれぞれ独立して管理するのではなく、取引の発生から承認、記録、支払・入金、会計処理、月次確認までを、一つの流れとして見ていくことが求められます。
もちろん、小規模なクリニックに上場企業と同じ管理体制が必要なわけではありません。しかし小規模だからこそ、一人の担当者に受付、会計、現金、請求、支払、給与計算が集中しやすくなるという事情があります。
必要なのは、自院の規模に合った、現実的な管理水準です。
第十テーマの論点地図
1. まず、内部統制の目的と経営者の責任を理解する
内部統制を整える前に、「何のために管理するのか」をはっきりさせておく必要があります。
管理を厳しくすること自体が目的になってしまうと、現場では書類や承認作業ばかりが増え、やがて形だけのものになりがちです。反対に、業務負担を理由に確認を省略し続ければ、ミス、不正、返還、情報漏洩が起きたときに、事実関係を説明できなくなってしまいます。
第十テーマの入口では、内部統制を医療機関経営の一部として捉え、院長・理事長、事務長、各担当者、監事、外部専門家の役割を整理します。
2. 収益と資産の流れを管理する
医療機関の内部管理では、窓口現金、未収金、レセプト請求、医薬品、診療材料、医療機器、備品といった、日々動いていく数字と資産の管理が中心になります。
窓口収納では、現金を受領した人、実査する人、会計へ記録する人の関係を整理したうえで、日計表、金種表、医事会計システム、預金入金額、会計帳簿を照合します。窓口収納金について、担当者以外による実査、日次確認、第三者による照合を行うことは、過不足や流用を防ぐための基本的な管理です。
購買や資産管理では、発注、承認、納品確認、請求書確認、支払、棚卸、廃棄、固定資産台帳への登録までを、一連の業務として捉えます。
この領域は、経費削減だけの問題ではありません。月次損益、設備更新、税務処理、保険、承継時の資産評価にまで影響が及びます。
3. 不正は「人柄」ではなく、業務設計から考える
横領や会計不正が発覚すると、「あれほど信頼していたのに」という反応が起こります。しかし内部統制の観点では、信頼と確認は決して対立するものではありません。
一人の担当者が、取引先の選定、発注、納品確認、請求書処理、振込まで一手に行っていれば、本人の人柄にかかわらず、誤りや不正が発見されにくい業務設計だといえます。
確認の仕組みは、スタッフを疑うためではありません。むしろ、スタッフを過度な責任や疑いから守るためにこそ必要なものです。
不正防止で考えたいのは、「誰を信用するか」よりも、「どの権限が集中しているか」「どの記録を誰が確認するか」「異常をどの段階で発見できるか」という点です。
4. 施設基準を届出後も管理する
施設基準は、一度届け出れば終わる手続きではありません。
人員配置、資格、勤務実績、患者数、診療実績、設備、研修、会議、記録など、届出後も継続的な確認が必要となる項目があります。要件を満たさなくなった場合の届出や算定停止が遅れると、返還リスクへ波及するおそれもあります。
2026年7月時点では、令和8年度診療報酬改定に対応した施設基準の届出情報や様式が、地方厚生局から公表されています。適用する施設基準、届出時期、経過措置、必要書類は、改定や地域の取扱いによって変わります。実務にあたっては、必ず最新の通知・疑義解釈・管轄事務所の案内を確認するようにしてください。
出典：関東信越厚生局｜令和8年度診療報酬改定について
5. 医療情報を、患者信頼と事業継続を支える資産として管理する
医療情報管理は、個人情報保護規程を作成するだけでは完結しません。
紙カルテ、電子カルテ、画像、検査データ、予約システム、Web問診、オンライン資格確認、会計システムなど、医療機関が扱う情報は、複数のシステムや委託先にまたがっています。
誰がどの情報へアクセスできるのか。退職者の権限は停止されているか。委託先との責任分担は明確か。障害やサイバー攻撃が起きた場合に診療を継続できるか。これらは、IT担当者やシステム会社に任せきりにできるものではなく、経営者自身が判断すべき管理課題です。
医療・介護関係事業者向けの個人情報ガイダンスは2026年4月1日に改正され、医療情報システムの安全管理に関するガイドラインも2026年6月に第7.0版へ改定されています。本テーマを読み進める際には、過去の院内規程や委託契約が、現行のガイダンスと整合しているかを確認する視点を持っておきたいところです。
出典：厚生労働省｜厚生労働分野における個人情報の適切な取扱いのためのガイドライン等
出典：厚生労働省｜医療情報システムの安全管理に関するガイドライン 第7.0版（令和8年6月）
6. 最後に、第三者へ説明できる状態へつなげる
内部統制の整備は、院内のミスを減らすためだけのものではありません。
金融機関から資金調達するとき、監事監査や外部監査を受けるとき、後継者へ経営を引き継ぐとき、M&Aのデューデリジェンスを受けるとき。こうした場面では、決算書だけでなく、その数字がどのような業務と資料から作られたのかまで確認されます。
医療法人では、事業報告書等や経営情報等の届出・報告制度が設けられており、医療法人経営情報データベースシステムによる報告も進められています。制度上求められる提出物を作るだけでなく、月次資料、会計帳簿、法人資料、業務記録との整合性を保っておくことが大切です。
出典：厚生労働省｜医療法人に関する情報の調査及び分析等について
詳細コラムのご案内
10-1. 医療機関に内部統制が必要な理由
まず読む｜内部統制の全体像
内部統制を大規模法人だけの制度だと考えている院長・理事長に向けた、入口の記事です。
業務の有効性、財務報告、法令遵守、資産保全という目的を、医療機関の日常業務へどう結びつけるかを整理します。院長、事務長、スタッフ、監事、外部専門家の役割分担を考える前提にもなりますので、特定の問題がまだ顕在化していない医療機関にも、最初に確認しておいていただきたい内容です。
10-2. 窓口現金・未収金・レセプト請求の内部管理
実務で確認｜収益と現金の管理
窓口現金の過不足がある、未収金の内訳が分からない、返戻・査定の管理が担当者任せになっている。そうした医療機関に向けた記事です。
窓口収納、日計表、レセプト請求、未収金、返戻・査定、審査支払機関からの入金を、日次・月次でどのようにつなげて確認するかを扱います。税務上の収益計上時期そのものではなく、収益と現金を正しく把握するための業務管理に焦点を当てています。
10-3. 購買・棚卸・医薬品・固定資産の管理体制
実務で確認｜支出と資産の管理
医薬品や診療材料の在庫が合わない、医療機器や備品の所在が分からない、購買価格や取引先選定の根拠を説明できない。そうした医療機関に向けた記事です。
購買承認、発注、納品、請求、支払、棚卸、廃棄、固定資産台帳、リース資産までを、一つの業務プロセスとして捉えます。減価償却や償却資産申告の詳細ではなく、コスト管理、不正防止、会計処理、設備更新判断を支える院内管理が中心です。
10-4. 横領・会計不正・粉飾を防ぐ医療機関の管理ポイント
リスクを知る｜不正が起きにくい業務設計
事務長や経理担当者を信頼しているものの、確認体制がない。そうした医療機関に向けた記事です。
売上除外、現金流用、架空経費、過大仕入れ、キックバックなどが、どのような権限集中や業務分担の欠如から起こりやすくなるのかを整理します。不正調査の具体的な手続きではなく、不正の予防、早期発見、証拠保全につながる管理の考え方を扱います。
10-5. 施設基準・個別指導・返還リスクを経営管理で防ぐ
リスクを知る｜保険診療の継続管理
施設基準の届出後、その要件を誰が確認しているのか分からない。そうした医療機関に向けた記事です。
施設基準、届出、算定、記録、個別指導、適時調査、返還のつながりを、経営管理の視点から整理します。個別の施設基準を網羅的に解説するのではなく、継続的な要件確認、担当者変更、記録保存、異常発見時の報告体制に焦点を当てています。
10-6. 医療情報・カルテ・個人情報保護の管理体制
リスクを知る｜患者情報と診療継続を守る
電子カルテ、予約システム、Web問診、クラウド、外部委託を利用しているものの、責任分担やアクセス権限が整理されていない。そうした医療機関に向けた記事です。
カルテ保存、開示対応、個人情報、安全管理、アクセス権限、委託先管理、インシデント対応などを、経営管理の視点から整理します。技術的なセキュリティ設定を詳しく解説するのではなく、院長・理事長が判断すべき管理責任と確認項目を扱います。
10-7. 外部監査・監事監査・格付・第三者説明に耐える医療機関
相談前に整理｜外部説明責任のまとめ
金融機関、行政、監事、外部監査人、後継者、M&Aの買い手へ、自院の数字と管理体制を説明できるか不安がある。そうした医療機関に向けた記事です。
監事監査、外部監査、格付、事業報告書、財務資料、内部統制、金融機関説明の関係を整理します。格付取得の具体的な申請実務ではなく、第三者説明に耐える医療機関へ移行するために、日頃から整えておきたい管理の全体像を扱います。
推奨する読む順番
本テーマを体系的に理解していきたい場合は、次の順番をおすすめします。
10-1 → 10-2 → 10-3 → 10-4 → 10-5 → 10-6 → 10-7
まず10-1で内部統制の目的と全体像をつかみ、10-2と10-3で収益・現金・購買・資産という日常業務を確認します。
その後、10-4で不正リスク、10-5で施設基準と返還リスク、10-6で医療情報と個人情報のリスクへ進みます。最後に10-7を読むことで、院内管理が監査、金融機関対応、承継・M&Aへどうつながっていくのかが見えてきます。
ただし、すでに具体的な問題が起きている場合は、必ずしも順番どおりに読む必要はありません。
窓口現金の過不足や未収金の不明残高がある場合は、10-2と10-4から確認してください。
施設基準や個別指導への不安がある場合は、10-5を優先し、その後に10-1で管理体制全体を見直すとよいでしょう。
電子カルテや委託先の情報管理に不安がある場合は、10-6を優先してください。
資金調達、承継、M&Aを検討している場合は、10-7で第三者から見られる論点を把握したうえで、10-2から10-6までの不足箇所を確認していくと、自院の課題を整理しやすくなります。
内部統制でよくある誤解
規程を作れば、管理体制は整う
規程はもちろん必要ですが、規程と実際の業務が一致していなければ機能しません。
誰が実施し、誰が確認し、何を保存し、異常があった場合に誰へ報告するのか。そこまで決めて、初めて運用できる仕組みになります。
スタッフを信頼しているので、チェックは不要である
信頼とチェックは両立します。
確認の仕組みがない状態は、担当者本人に過度な権限と責任を集中させてしまいます。適切な職務分掌や第三者確認は、医療機関だけでなく、スタッフ自身を守る意味も持っています。
小規模クリニックには内部統制は必要ない
小規模な医療機関では、複雑な規程や多段階の承認は現実的ではありません。
一方で、少人数だからこそ、現金、請求、支払、給与、個人情報が一人へ集中しやすいという、別のリスクが生じます。規模が小さいことは、管理が不要な理由ではなく、管理方法を簡潔に設計すべき理由なのです。
システムを導入すれば管理できる
システムは内部統制を支える道具ですが、システムそのものが責任を負うわけではありません。
入力権限、承認権限、マスタ変更、ログ確認、委託先との契約、障害時対応が曖昧なままであれば、システム化によってかえって問題が見えにくくなることもあります。
監査やM&Aが決まってから資料を整えればよい
後から作成した資料は、日常業務との整合性や継続性を説明しにくくなります。
第三者説明に耐える管理体制は、特別な提出資料を作ることではなく、毎月同じ前提で数字と資料を積み上げていくことから始まります。
他のテーマとのつながり
第十テーマは、単独で完結するものではありません。
第3テーマ「月次決算・会計・資料管理・管理会計」では、会計数字を早く、正確に作る体制を扱います。第十テーマでは、その数字の前提となる現金、請求、購買、在庫、資産、承認、記録の業務プロセスを扱います。
第8テーマ「医療法人化・法人運営・ガバナンス」では、社員、理事、監事、理事会、社員総会、議事録などの法人運営を扱います。第十テーマでは、それらの機関が内部統制や監査の中でどのように機能するのかを扱います。
第9テーマ「医療機関の税務・節税・税務調査」では、税務処理や税務調査を扱います。第十テーマでは、税務判断の根拠となる証憑、原始資料、契約、現金、売上、固定資産の管理を扱います。
第14テーマと第15テーマの承継・M&Aでは、過去の決算、未収金、借入、契約、施設基準、労務、カルテ管理などが確認されます。第十テーマで整える管理体制は、承継できる医療機関になるための事前準備でもあります。
自院の課題を整理するための確認軸
本テーマの詳細コラムを読む前に、次の問いを自院に当てはめてみてください。
窓口現金、レセプト請求、未収金、会計帳簿は、同じ金額につながっているでしょうか。
医薬品、診療材料、医療機器、備品について、購入理由、承認、納品、所在、廃棄を説明できるでしょうか。
一人の担当者が、取引の開始から入出金、会計処理までを完結させていないでしょうか。
施設基準の要件を、届出後も誰が、どの頻度で、どの資料により確認しているでしょうか。
電子カルテやクラウドサービスのアクセス権限、委託先との責任分担、事故時の連絡先は明確でしょうか。
決算書の数字について、金融機関、監事、後継者、買い手から根拠を尋ねられたとき、すぐに資料を提示できるでしょうか。
すべてを一度に高い水準へ引き上げる必要はありません。
まずは、金額の影響が大きい業務、患者や診療継続への影響が大きい業務、特定の担当者への依存度が高い業務から、優先順位を付けていくのが現実的です。
まとめ｜守りの仕組みが、次の経営判断を支える
内部統制、不正防止、施設基準、情報管理は、医療機関を縛るための管理ではありません。
月次決算の信頼性を高める。資金繰りを正しく把握する。設備投資の根拠を明確にする。スタッフが安心して業務を引き継げるようにする。金融機関や後継者へ説明できる状態を作る。
こうした経営判断の基盤となるのが、第十テーマで扱う管理体制です。
大切なのは、規程やマニュアルの完成度そのものではありません。実際の業務が見えること、担当者と確認者が明確であること、証拠が残ること、例外が報告されること、そして定期的に見直されること。こうした点にこそ、意味があります。
重要ポイントの振り返り
| 論点 | 自院で確認したいこと | 詳細コラム |
|---|---|---|
| 内部統制の全体像 | 管理の目的、経営者の責任、役割分担が明確か | 10-1 |
| 窓口現金・未収金・レセプト | 日計表、医事データ、入金、会計帳簿が照合されているか | 10-2 |
| 購買・棚卸・固定資産 | 発注、承認、納品、棚卸、台帳、廃棄がつながっているか | 10-3 |
| 不正防止 | 権限が一人へ集中せず、第三者確認が機能しているか | 10-4 |
| 施設基準・返還 | 届出後の要件充足と記録を継続確認しているか | 10-5 |
| 医療情報・個人情報 | アクセス権限、委託先、事故対応、診療継続を管理しているか | 10-6 |
| 監査・第三者説明 | 金融機関、行政、監事、後継者、買い手へ根拠資料を示せるか | 10-7 |
自院の管理体制を見直す際は、規程を増やすことから始めるのではなく、現在の業務フロー、担当者、承認者、証憑、会計処理、例外対応を、一度同じ画面に並べてみることをおすすめします。
犬飼公認会計士・税理士事務所では、医療機関の月次決算や会計処理だけでなく、窓口収入、未収金、購買、固定資産、医療法人運営、監査対応、そして承継・M&Aを見据えた資料整備まで、経営判断に使える形へ整理する支援を行っています。
「どの管理から着手すべきか分からない」「数字はあるが、その根拠を第三者へ説明できない」。そう感じておられる場合は、現在の資料と業務の流れを確認するところから、どうぞご相談ください。