決算書はある。税務申告も、毎年きちんと終わっている。
それでも、「今月は実際にいくら利益が出たのか」「スタッフを追加採用しても資金は持つのか」「在宅部門や自由診療は採算が取れているのか」「分院への投資を続けてよいのか」と問われたとき、すぐには答えられない。そうした医療機関は、決して少なくありません。
この状態では、会計は存在していても、経営にはまだ十分に使われていないと言えます。
医療機関の数字を経営判断に使うには、会計ソフトへ取引を入力するだけでは足りません。領収書、請求書、契約書、通帳、レセプト、窓口収入、給与、借入、固定資産といった情報を集め、同じルールで処理し、一定の日までに締める。そして、その内容を院長・理事長が理解できる形に変換する。ここまでがそろって、はじめて数字は経営の道具になります。
さらに医療法人では、その数字が事業報告、監事監査、理事会・社員総会、行政への届出、金融機関への説明、そして将来の承継やM&Aにまでつながっていきます。
第三テーマ「月次決算・会計・資料管理・管理会計」では、申告のために作られた数字を、毎月の経営判断と第三者への説明に使える数字へ変えるための全体像を扱います。
このテーマが扱うのは「会計処理」だけではない
医療機関の会計管理は、経理担当者や会計事務所だけの仕事ではありません。
診療現場では診療行為が記録され、医事部門ではレセプトや窓口負担額が計算されます。購買担当者は医薬品や診療材料を発注し、事務部門は給与、委託費、リース料、借入返済などを管理する。経理部門は、それらを会計帳簿へとつないでいきます。
そして院長・理事長は、その数字をもとに、採用、設備投資、診療体制、資金調達、分院、在宅医療、承継などを判断していきます。
つまり、経営判断に使える数字は、次の流れが途切れずにつながって、はじめて作られるものなのです。
- 診療や取引が発生する
- 証憑やデータが残る
- 会計帳簿へ正しく反映される
- 未収金や現預金などの残高が照合される
- 月次決算が一定の日までに締まる
- 経営目的に応じて数字が分析される
- 承認や経営会議を通じて、次の行動につながる
このどこか一つでも欠けると、試算表の信頼性や速報性は下がってしまいます。
医療法人の経理業務は、現預金、債権・債務、資金調達、棚卸資産、固定資産、決算、税務、関係事業者取引、事業報告、予算、管理会計、監査までを、連続した一つの体系として捉える必要があります。
医療機関の会計が難しくなる3つの理由
診療データと会計データが別々に存在する
医療機関の売上は、一般事業会社のように、商品を販売してその場で代金を受け取る取引ばかりではありません。
社会保険診療報酬には、診療、請求、審査、入金という時間差があります。その間に、返戻、査定、再請求、不明差額が発生することもあります。窓口負担、患者未収金、労災、自賠責、健診、予防接種、自由診療などは、それぞれ請求・回収の方法が異なります。
そのため、レセコンや医事会計システム上の数字と、会計帳簿上の医業収益・医業未収金が一致しているとは限りません。
請求額、実際の入金額、返戻額、査定増減額、未収残高の顛末を月次で確認していく。これが、医療機関の会計管理では特に重要になります。
院内の複数部門が会計の入口を持っている
会計資料は、経理部門だけで生まれるものではありません。
医事課、受付、看護部門、購買担当、給与担当、院長、事務長、外部委託先など、複数の関係者が取引情報を持っています。
たとえば、医療機器を購入した事実を経理担当者が把握していても、契約書、検収日、使用開始日、補助金の有無、リース条件が分からなければ、適切な会計処理や投資分析はできません。
経理の精度を高めるには、入力担当者の能力だけに頼るのではなく、「誰が、何を、いつまでに、どの資料で報告するか」を決めておくことが欠かせません。
税務会計と経営判断に必要な数字は同じではない
税務申告では、法人税や所得税を適正に計算するための収益・費用区分が重要になります。
一方で、経営者が本当に知りたいのは、外来、在宅、自由診療、健診、検査、分院などのうち、どこが利益や資金を生んでいるのか、という点です。
税務上は一つの勘定科目で処理できる費用でも、経営判断の場面では、施設別、部門別、機能別に分けなければ意味を持ちません。
ただし、数字を細かく分ければよいというものでもありません。共通費をどのように配賦するか、医師やスタッフの時間をどう捉えるかによって、部門別利益は変わってきます。
管理会計には、経営判断の目的に合った設計と、数字の前提を説明できる状態の両方が必要です。
第三テーマの論点地図
このテーマは、七つの詳細コラムで構成されています。
最初の三記事では、月次決算を早く、正確に締めるための基盤を整えます。続く二記事では、制度上の会計と、経営判断のための管理会計を整理します。最後の二記事では、経理を担当者任せにしないための規程・権限・承認と、年度決算・事業報告・監査を通じた外部説明へと進みます。
基本の流れは、次のとおりです。
資料を集める → 医業収益と会計をつなぐ → 月次で締める → 適用する会計ルールをそろえる → 経営目的に応じて数字を分解する → 権限と承認を仕組みにする → 年度決算と外部説明につなげる
月次決算だけを早めても、証憑や未収金が不正確であれば、数字の信頼性は上がりません。部門別会計を導入しても、月次決算が遅ければ、投資判断には間に合いません。経理規程を作っても、実際の業務フローや承認権限と一致していなければ、形だけの規程になってしまいます。
七つの記事は、それぞれ独立した論点を扱いますが、実務の上では一つの管理体制としてつながっています。
詳細コラムの案内
3-1. 月次決算を経営判断に使う医療機関になる
最初に読んでいただきたい記事です。
月次試算表が翌月末や数か月後にならなければ出てこない。そうした状態では、採用、賞与、設備投資、借入、経費見直しといった判断が、どうしても後手に回ってしまいます。
このコラムでは、月次決算を単なる早期集計ではなく、現預金、未収金、借入、利益、予算との差異を毎月確認する経営管理の仕組みとして整理します。
「試算表は受け取っているが、院長が数字を読んでいない」「会計事務所から報告を受ける頃には、すでに状況が変わっている」という医療機関は、まずここから確認してみてください。
3-2. 証憑・会計入力・勘定科目を整える医療機関の資料管理
月次決算の正確性は、会計ソフトの機能よりも、その前段階にある資料管理によって左右されます。
領収書、請求書、契約書、通帳、クレジットカード明細、給与資料、借入明細、固定資産資料などがばらばらに提出されていると、月次決算は遅れます。同じ支出が月によって異なる勘定科目へ計上されていれば、前月比較も予算比較も機能しません。
このコラムでは、証憑の保存、資料提出の締め日、勘定科目・補助科目の設計、電子取引データの管理など、会計入力の前提となる部分を扱います。
「資料提出が院長や事務長の記憶に依存している」「契約書の所在が分からない」「分院ごとに経費の処理方法が違う」といった場合に読んでいただきたい記事です。
3-3. レセプト・窓口収入・未収金を会計に正しくつなぐ
医療機関の収益管理に固有の論点を扱う記事です。
社会保険診療報酬は、診療した月、請求した月、入金された月が一致しません。さらに、返戻、査定、月遅れ請求、保留、患者未収金、労災、自賠責などが加わります。
このコラムでは、レセプト請求額、窓口負担額、入金額、返戻・査定、そして会計帳簿上の未収金を、どのようにつなげて確認していくかを整理します。
ここで扱う中心は、収益と未収金を正しく会計へ反映することです。窓口現金の不正防止や日計表との照合を中心に扱う第10テーマの記事とは、役割が異なります。
「売上は増えているのに資金が増えない」「未収金残高の内訳を説明できない」「レセコンと試算表の数字が合わない」という場合は、このコラムを優先してください。
3-4. 医療法人会計基準・病院会計準則を経営管理にどう活かすか
会計制度と経営管理の関係を整理する記事です。
医療法人、個人開業、病院、診療所、介護施設などでは、開設主体や事業内容によって、確認すべき会計上のルールが異なります。医療法人会計基準と病院会計準則も、対象や目的が同じではありません。
このコラムでは、各制度を逐条的に解説するのではなく、どの会計基準・様式を確認すべきか、会計方針や注記がなぜ必要か、会計基準を内部管理や外部説明へどうつなげるかを扱います。
医療法人会計基準は、医療法第51条第2項に定める一定の医療法人を対象とし、真実かつ明瞭な表示、正規の簿記、会計処理の継続性などを定めています。一方で、基準の適用対象外であっても、同じ会計処理を継続し、第三者に説明できる帳簿を作るという考え方は、医療機関の管理水準を整えるうえで大切な視点です。
出典：厚生労働省｜医療法人会計基準
「自院にどの会計ルールが関係するのか分からない」「税務申告用の決算書と、医療法上の報告書の関係が整理できていない」という医療法人は、このコラムを確認してください。
3-5. 部門別・機能別管理会計で投資判断に使える数字を作る
会計を、将来の意思決定へつなげていく記事です。
法人全体では黒字でも、外来、在宅、自由診療、健診、検査、分院などのうち、どの機能が利益を生んでいるのかが分からない、ということがあります。
このコラムでは、部門別売上、直接費、共通費、稼働率、診療時間、人員配置、投資回収などを使いながら、経営判断に必要な数字を設計する考え方を整理します。
第2テーマの「部門別・機能別採算」が数字をどう読むかを扱うのに対し、この記事では、その判断に使える数字を会計上どのように作るかを扱います。
「在宅医療を拡大すべきか」「自由診療に追加投資すべきか」「分院の赤字が立ち上がり費用なのか、それとも構造的な問題なのか」を判断したい場合は、月次決算を整えたうえで、このコラムへ進んでください。
3-6. 経理規程・職務分掌・承認フローを整える
経理の属人化を、組織の仕組みへと変えていく記事です。
小規模なクリニックでは、院長または事務長が、発注、契約、検収、支払、会計確認までを一人で担っていることがあります。人を完全に分けることが難しい場合でも、申請者と承認者を分ける、一定額以上の支出は院長確認とする、支払後に別の者が明細を確認するといった形で、業務の段階を分けることはできます。
このコラムでは、経理規程、職務権限、稟議、購買、支払、現金、固定資産、文書保存など、経理処理を誰の判断で進めるのかを整理します。
第10テーマの内部統制総論が医療機関全体の業務リスクを扱うのに対し、この記事は、経理・支払・購買・資産管理に関する具体的なルールと責任の所在に焦点を当てます。
「担当者を信頼しているが、確認の仕組みがない」「支払承認が口頭で行われている」「高額な設備購入の判断過程が残っていない」という場合に読んでいただきたい記事です。
3-7. 決算・事業報告・監査対応で問われる医療法人の説明責任
第三テーマの締めくくりとなる記事です。
年度決算は、法人税申告を終えるためだけの手続ではありません。医療法人では、事業報告書等の作成、監事監査、理事会・社員総会等の承認、行政への届出、規模等に応じた外部監査や公告への対応が関係してきます。
さらに、決算書や事業報告書は、金融機関、後継者、M&Aの買い手、行政、外部関係者に対して、法人の状態を説明する基礎資料にもなります。
このコラムでは、決算スケジュール、事業報告書等、監事監査、外部監査、承認、公告・届出を、単なる形式手続ではなく、医療法人の透明性と説明責任の問題として整理します。
医療法人の事業報告書等と経営情報等については、MCDBによる報告運用や様式の更新が続いています。決算対応では、過去の様式を流用するのではなく、対象年度の最新様式・提出方法を確認しておく必要があります。
出典：厚生労働省｜医療法人に関する情報の調査及び分析等について
「決算届や監事監査が形式化している」「金融機関や後継者へ数字を説明できない」「承継・M&Aを見据えて過去資料を整えたい」という医療法人は、このコラムまで確認してください。
基本の推奨読書順
第三テーマを初めて読む場合は、次の順番が基本になります。
まず、3-1で月次決算の役割と、締める体制を確認します。次に、3-2で証憑・入力・勘定科目を整え、3-3で医業収益・窓口収入・未収金を会計へつなぎます。この二つが、月次決算の正確性を支える部分です。
数字の土台が整ったら、3-4で適用すべき会計基準と、外部報告の前提を確認します。そのうえで3-5へ進み、部門別・機能別に、経営判断へ使える数字を作っていきます。
最後に、3-6で経理規程・権限・承認を仕組みにし、3-7で年度決算、事業報告、監査、外部説明へとつなげます。
推奨順序は、3-1 → 3-2 → 3-3 → 3-4 → 3-5 → 3-6 → 3-7 です。
ただし、すでに課題が明確な場合は、すべてを順番どおりに読む必要はありません。
課題別に、どこから読めばよいか
月次試算表が遅い
最初に3-1を読み、その後に3-2と3-3へ進んでください。
月次決算が遅れる原因は、会計事務所の処理速度だけとは限りません。資料の提出日が決まっていない、レセプトや未収金の確認が終わらない、固定資産や給与の情報が届かないなど、院内の業務設計に原因があることも多いためです。
試算表の数字が合っているか不安がある
3-2と3-3を優先します。
証憑、通帳、レセコン、窓口日計、未収金台帳、給与資料、固定資産台帳など、会計帳簿の根拠となる資料との整合を確認していく必要があります。
医療法人の決算・届出・監査が不安である
3-4を読んだうえで、3-7へ進んでください。
会計基準、事業報告書等、監事監査、外部監査は、法人の種類・規模・事業内容によって確認事項が異なります。制度上の対象判定と、実際の決算スケジュールを分けて整理することが大切です。
在宅、自由診療、分院などの採算を知りたい
3-1で月次決算の基礎を確認し、3-5へ進みます。
全体損益が正確でも、部門別に売上・費用を区分できなければ、新規事業や分院の投資判断には使えません。
支払や購買が院長・事務長の判断に依存している
3-6を優先してください。
規程を増やすことが目的ではありません。どの取引を誰が申請し、誰が確認し、誰が承認するのかを明らかにして、後から判断過程を説明できる状態を作ることが目的です。
月次決算・KPI・予実管理は役割が異なる
第三テーマを読む際には、似ている論点を混同しないことが大切です。
月次決算は、一定の締め日までに、当月の実績数字を信頼できる状態へ整える仕組みです。
KPI管理は、患者数、初診率、診療単価、人件費率、未収金など、経営上追跡すべき指標を選ぶ仕組みで、これは第2テーマで扱います。
予実管理は、月次実績と予算との差を確認し、行動を修正する仕組みで、これは第5テーマで扱います。
順序としては、まず月次決算で実績を確定し、次にKPIや予算と比較し、その結果を採用、投資、診療体制などの判断へつなげていきます。
実績数字が不正確なままKPIを増やしても、経営管理は改善しません。
財務会計と管理会計は対立するものではない
財務会計や税務会計は、一定のルールに基づいて、法人全体の財政状態や損益を示します。
管理会計は、その会計データを、院内の意思決定目的に応じて組み替えるものです。
たとえば、法人全体の地代家賃やシステム費用を、外来部門、在宅部門、分院へどのように配賦するか。これは税務申告上の問題ではありません。しかし、どの部門へ追加投資するかを決めるには、一定の配賦ルールが必要になります。
管理会計は、財務会計とは別の数字を、都合よく作るものではありません。信頼できる会計帳簿を基礎に、経営判断の目的に合わせて再構成し、その前提を説明できるようにするものです。
小規模クリニックに大企業型の管理を持ち込む必要はない
管理体制は、医療機関の規模や事業内容に合わせて整えることが大切です。
一人の院長と少人数のスタッフで運営するクリニックに、多数の承認者や複雑な原価計算を導入しても、現場の負荷が増えるだけで、うまく機能しない可能性があります。
小規模な医療機関では、まず次の事項を優先すべきです。
- 現預金と窓口収入が一致していること
- 社会保険診療報酬と医業未収金を説明できること
- 請求書や契約書の提出期限が決まっていること
- 給与、借入、納税、固定資産が月次に反映されていること
- 高額支出について、院長の承認記録が残っていること
- 翌月の一定日までに試算表を確認できること
複数の診療所、在宅部門、自由診療、介護・附帯業務などを運営する法人では、これに施設別・部門別会計、共通費配賦、関係事業者取引、法人機関の承認、監査・事業報告が加わります。
重要なのは、理想的な制度を一度に作ることではありません。自院の経営判断とリスクに照らして、何から整えるべきかを決めることです。
会計基準・電子保存・報告様式は最新情報を確認する
医療機関の会計実務には、会計基準だけでなく、医療法上の事業報告、税法、電子帳簿保存、法人運営などが関係してきます。
医療法人会計基準の運用指針では、対象となる医療法人について、法人全体の会計基準だけでは各施設・事業の処理をすべて網羅できないため、各法人が経理規程等によって具体的な処理方法を決定することが示されています。
出典：厚生労働省｜医療法人会計基準適用上の留意事項並びに財産目録、純資産変動計算書及び附属明細表の作成方法に関する運用指針
また、メール添付やクラウドサービスから受領した請求書・領収書などの電子取引データについては、電子帳簿保存法に関する最新の保存要件やQ&Aを確認しておく必要があります。国税庁は、令和8年6月時点の案内や、令和7年度税制改正後の資料を公開しています。
出典：国税庁｜電子取引関係
制度名だけを覚えるのではなく、自院の法人形態、規模、事業内容、会計年度、資料保存方法に照らして、どのルールが関係するのかを確認していくことが大切です。
このテーマを読み終えたときの到達点
第三テーマを通じて目指すのは、院長・理事長が会計処理の細部をすべて自分で行えるようになることではありません。
目指したいのは、次のような状態です。
- 月次試算表がいつ完成するか説明できる
- 数字の根拠となる資料がどこにあるか分かる
- 医業収益と未収金の構造を説明できる
- 会計方針や勘定科目が、毎月一貫している
- 部門別損益の前提と限界を理解している
- 高額支出や固定資産の承認過程が残っている
- 年度決算や事業報告を第三者へ説明できる
- 採用、設備投資、分院、在宅医療、承継について、数字を使って専門家と議論できる
会計は、経営判断そのものを代行してくれるものではありません。しかし、会計が整っていなければ、経営者は不完全な情報のまま、重要な判断をすることになってしまいます。
守りの仕組みを整えることは、判断を遅らせるための管理ではありません。安心して次の投資や成長へ進むための、基盤づくりです。
月次決算と会計管理を、自院の経営に使える状態へ整えるために
たとえば、こんな状況はないでしょうか。
- 月次試算表は出ているものの、経営会議では売上と預金残高しか見ていない
- レセコンと会計帳簿の未収金が一致しているか分からない
- 分院や在宅部門の採算を説明できない
- 高額な支払や設備購入が、院長の口頭承認で進んでいる
- 決算届、監事監査、議事録、事業報告が形式的になっている
このような状況では、会計ソフトを入れ替える前に、資料の流れ、締め日、処理ルール、担当者、承認者、経営報告の内容を整理することが先決です。
犬飼公認会計士・税理士事務所では、税務申告のための決算処理だけでなく、医療機関の月次決算、証憑・資料管理、医業未収金の整理、部門別管理会計、経理規程、医療法人の年度決算・事業報告まで、経営判断に使える数字と仕組みの整備を支援しています。
自院の会計が、毎月の採用・投資・資金繰り・承継判断に使える状態になっているかを整理したい場合は、犬飼公認会計士・税理士事務所HPのお問い合わせページからご相談ください。
振り返り：課題に応じて読む詳細コラム
| 確認したい課題 | 最初に読む詳細コラム | 整理できること |
|---|---|---|
| 月次試算表が遅く、経営判断に間に合わない | 3-1 | 月次締め、確認項目、経営会議での活用 |
| 領収書・請求書・契約書の管理が属人的である | 3-2 | 証憑保存、資料提出、勘定科目、電子データ管理 |
| レセプト・窓口収入・未収金が会計と合わない | 3-3 | 医業収益、返戻・査定、入金、未収金の接続 |
| 医療法人会計基準や病院会計準則の関係が分からない | 3-4 | 適用する会計ルール、会計方針、外部説明の前提 |
| 在宅・自由診療・分院などの採算を知りたい | 3-5 | 部門別損益、共通費、稼働率、投資判断用の数字 |
| 支払・購買・経理処理が院長や担当者に依存している | 3-6 | 経理規程、職務分掌、稟議、承認フロー |
| 決算・事業報告・監査が形式的になっている | 3-7 | 年度決算、法人承認、監事監査、外部監査、届出 |