社会保険診療報酬の所得計算の特例をどう考えるか｜措置法26条・概算経費率・自由診療・総収入判定の実務視点

医師・歯科医師の税務を語るうえで、昔からよく話題にのぼる制度があります。「社会保険診療報酬の所得計算の特例」です。

「措置法26条」「概算経費率」「4段階経費率」などと呼ばれることも多いこの制度は、一定の要件を満たす医業・歯科医業について、社会保険診療報酬に係る必要経費を、実際の支出額ではなく、報酬の金額に応じた一定の概算経費で計算できる仕組みです。

うまく適用できれば、税額に大きな影響を与えることがあります。ただ、制度名だけを見て「医師なら使える節税策」「保険診療が5,000万円以下なら自動的に有利」と理解してしまうと、判断を誤ります。

実務でほんとうに重要なのは、次のような点です。

• 適用要件を満たしているか
• 社会保険診療報酬の範囲を正しく把握しているか
• 自由診療、健診、予防接種、文書料、物販、雑収入を正しく区分しているか
• 5,000万円判定と7,000万円判定を正しく行っているか
• 実額経費と概算経費を比較しているか
• 自由診療に係る経費、共通経費、固有経費を合理的に区分しているか
• 税務申告上の有利不利だけでなく、月次管理・採算管理・承継可能性を損なっていないか

本稿では、この特例を単なる節税制度として扱うのではなく、クリニック・診療所・医療法人の経営管理という視点から、どう考えるべきかを整理してみます。

なお、本稿は2026年5月時点で確認できる法令・国税庁資料・公的資料等を前提としています。実際の適用可否、所得計算、申告書・付表の記載、医療法人での適用、消費税・事業税との関係については、個別の事情と最新の資料を確認する必要があります。

社会保険診療報酬の所得計算の特例とは何か

社会保険診療報酬の所得計算の特例とは、医業または歯科医業を営む個人について、一定の要件を満たす場合に、社会保険診療報酬に係る必要経費を実額ではなく概算で計算できる制度です。

国税庁の所得税青色申告決算書付表の記載要領でも、この付表は、医業または歯科医業を営む青色申告者が収入金額の内訳を記載し、租税特別措置法第26条に規定する特例を適用する場合に、いわゆる措置法差額を算出するために使用するものと位置づけられています。
出典：国税庁｜記載要領 所得税青色申告決算書（一般用）付表《医師及び歯科医師用》

この制度の基本構造は、次のように整理すると見通しがよくなります。

項目	原則的な考え方	特例を使う場合
社会保険診療報酬に係る経費	実際に支出した経費を集計する	概算経費率により計算する
自由診療に係る経費	実額で計算する	実額で計算する
社会保険診療と自由診療の共通経費	合理的に区分する	自由診療分を合理的に区分し、社会保険診療分は概算経費に含める
税務申告	実額経費に基づく所得計算	措置法差額を反映した所得計算
経営管理	実際の採算を把握する	税務計算とは別に実額ベースの採算管理が必要

ここで気をつけたいのは、この特例が「会計上の利益を変える制度」ではない、という点です。あくまで税務上の所得計算に関する特例にすぎません。

経営管理、月次決算、資金繰り、投資判断、人件費管理、分院判断、そして承継・M&Aといった場面では、実際にどれだけの経費が発生しているのかを把握しておく必要があります。税務申告で概算経費を使ったとしても、自院の本当の採算まで概算で済ませてよいわけではないのです。

適用要件は「社会保険診療報酬5,000万円以下」だけではない

実務でいちばん多い誤解は、「社会保険診療報酬が5,000万円以下なら使える」という理解です。

しかし、5,000万円判定だけでは足りません。国税庁の記載要領では、社会保険診療報酬が5,000万円を超える場合、または医業および歯科医業から生ずる収入金額が7,000万円を超える場合には、この方法を選択できないとされています。

整理すると、個人の医師・歯科医師が措置法26条を検討する際の基本要件は、次のとおりです。

判定項目	内容
対象者	医業または歯科医業を営む個人
社会保険診療報酬の金額	5,000万円以下
医業・歯科医業から生ずる収入金額	7,000万円以下
対象収入	社会保険診療報酬部分
対象外	自由診療、雑収入等に係る経費の概算計算
申告上の対応	付表作成、措置法差額の記載、特例適用条文等の記載

たとえば、社会保険診療報酬が4,500万円であっても、自由診療収入などを含めた医業・歯科医業から生ずる収入金額が7,000万円を超えれば、特例は適用できません。

この点は、自由診療比率を高めているクリニックや歯科医院、美容・予防医療、健診・予防接種、産業医、物販、オンライン診療、在宅医療、介護系サービスなどを組み合わせている医療機関ほど、注意が必要になります。

実際、社会保険診療報酬が4,500万円、自由診療が3,000万円で合計7,500万円というケースでは、社会保険診療報酬が5,000万円以下であっても、特例は適用できません。
出典：国税庁｜記載要領 所得税青色申告決算書（一般用）付表《医師及び歯科医師用》

概算経費率の速算表

社会保険診療報酬の概算経費額は、報酬の金額に応じて、次の速算式で計算します。

社会保険診療報酬の金額	概算経費額
2,500万円以下	社会保険診療報酬 × 72％
2,500万円超 3,000万円以下	社会保険診療報酬 × 70％ ＋ 50万円
3,000万円超 4,000万円以下	社会保険診療報酬 × 62％ ＋ 290万円
4,000万円超 5,000万円以下	社会保険診療報酬 × 57％ ＋ 490万円

会計検査院の平成22年度決算検査報告でも、この特例は、社会保険診療報酬の金額を階層に区分し、各階層の金額に所定の経費率を乗じた額を社会保険診療に係る必要経費とする制度として整理されています。
出典：会計検査院｜社会保険診療報酬の所得計算の特例に係る租税特別措置について

ここで押さえておきたいのは、概算経費額が「実際の支出額」ではない、ということです。

実際の人件費、医薬品費、検査委託費、減価償却費、地代家賃、リース料、広告費、支払手数料がいくらであろうと、社会保険診療報酬部分については、要件を満たして特例を選択すれば、概算経費額で所得を計算します。

ですから、経費率が低い診療所では、概算経費が有利になる場合があります。逆に、開業初年度や設備投資の直後、院内処方、材料費が高い診療科、人員を厚く配置している医療機関、在宅医療を立ち上げた直後などでは、実額経費のほうが大きくなることもあります。

「使えるか」だけでなく、「本当に有利か」を毎年確認する。この姿勢が欠かせません。

社会保険診療報酬の範囲をどう見るか

特例を検討するときは、まず社会保険診療報酬の範囲を正しく把握しておかなければなりません。

国税庁の記載要領では、社会保険診療報酬欄に、社会保険診療報酬支払基金や国民健康保険団体連合会等からの振込額などを記載し、診療報酬窓口収入金額については、患者から窓口で収入すべき金額を記載するとされています。窓口収入については、未収または受け取らないこととしたものがある場合でも、「収入すべき金額」として収入金額に含めることになります。

つまり、社会保険診療報酬は、支払基金・国保連から入金された金額だけを指すわけではありません。

区分	社会保険診療報酬判定上の考え方
支払基金・国保連からの振込額	社会保険診療報酬に含める
窓口自己負担分	収入すべき金額として含める
未収の窓口負担金	原則として収入すべき金額に含める
減免・未回収分	税務上の収入計上・貸倒処理の整理が必要
返戻・査定	請求額、決定額、入金額、再請求を整理
労災・自賠責	原則として社会保険診療とは別に確認
自由診療	社会保険診療報酬ではない
健診・予防接種	内容により区分確認が必要
主治医意見書作成料	自由診療等の区分確認が必要

この区分を誤ると、5,000万円判定、7,000万円判定、自由診療割合、措置法差額、消費税区分、そして事業税の非課税所得計算にまで影響が及びます。

医療機関では、レセコン、窓口日計表、未収金一覧、支払基金・国保連の支払通知、預金入金明細を、たがいに整合させておくことが重要です。この整合性は、税務申告にとどまらず、税務調査や承継・M&A、金融機関への説明の場面でも必ず問われます。
出典：国税庁｜記載要領 所得税青色申告決算書（一般用）付表《医師及び歯科医師用》

自由診療・健診・予防接種・文書料をどう整理するか

国税庁の記載要領では、自由診療の収入等欄に、社会保険診療報酬の対象とならないものを記載するとされています。具体的には、一般の自由診療収入、室料差額収入、健康診断料、人間ドック、生命保険会社との契約による診断料、母子保健法に基づく検診料、介護保険法に基づく主治医意見書作成料などが挙げられています。

また、雑収入欄には、貸与寝具、貸与テレビ、洗濯代、医薬品の仕入リベート、患者からの謝礼金、電話使用料、自動販売機等の手数料、治療器具等の販売収入、地方自治体から支給される休日夜間診療等の嘱託料などが例示されています。これらの収入金額は、「医業および歯科医業から生ずる収入金額」には含まれないものとして整理されています。

ただ、ここを機械的に処理してはいけません。収入の名称ではなく、契約内容、請求先、診療行為との関係、法令上の位置づけ、消費税区分、会計処理を、一つひとつ確認していく必要があります。

収入項目	実務上の確認ポイント
自費診療	保険診療外の診療収入として管理する
美容・審美・矯正	契約、役務提供時期、入金時期、消費税を確認する
健診・人間ドック	契約先、法令根拠、消費税、収入区分を確認する
予防接種	定期・任意・自治体委託等の区分を確認する
診断書・文書料	窓口収入、消費税、自由診療等の区分を確認する
主治医意見書	介護保険関連収入として区分確認する
物販	医療法人の業務範囲、消費税、在庫、仕入を確認する
仕入リベート	雑収入か仕入控除か、会計処理の継続性を確認する
補助金・助成金	特例判定上の総収入に含めるか、個別確認する
休日夜間診療等の嘱託料	雑収入区分、医業収入判定、源泉等を確認する

とりわけ、自由診療や予防接種の割合が大きい医療機関では、特例の適用可否だけでなく、自由診療そのものの採算管理が重要になります。ワクチン代、材料費、広告費、予約システム費、説明資料作成費、スタッフ教育費といったコストを把握していなければ、税務上の所得計算はできても、経営上の利益構造までは見えてこないのです。
出典：国税庁｜記載要領 所得税青色申告決算書（一般用）付表《医師及び歯科医師用》

共通経費は「ざっくり按分」では足りない

社会保険診療と自由診療の両方を行っている場合、悩ましいのが共通経費の扱いです。

国税庁の記載要領では、措置法第26条を適用するにあたり、自由診療と社会保険診療のいずれに係る経費か明らかでない経費について、自由診療に係る部分を合理的に算出するため、診療実日数または収入金額を用いて自由診療割合を算出するとされています。さらに、収入割合を用いる場合には、一般に自由診療のほうが社会保険診療より単価が高いため、診療科に応じた調整率を乗じて自由診療割合を算出する取扱いが示されています。

整理すると、必要経費は次の3つに分けて考えることになります。

経費区分	内容	取扱い
社会保険診療固有の経費	レセプト請求委託費など、社会保険診療に明確に対応する経費	社会保険診療側へ区分
自由診療固有の経費	自費診療用材料、広告、自由診療専用システム等	自由診療側へ区分
共通経費	人件費、家賃、減価償却費、通信費、共通設備費等	診療実日数・収入割合等で合理的に按分

国税庁の記載要領では、自由診療分と社会保険診療分とに明確に区分できる経費の例として、事業税の自由診療分、第三者に委託したレセプト請求費用の社会保険診療分、未収金を個別管理している場合の貸倒損失などが挙げられています。

私自身も、社会保険診療と自由診療に共通する経費については、使用薬価、延患者数、収入金額など、経費の種類に応じた比率を基準として区分するよう整理しています。
出典：国税庁｜記載要領 所得税青色申告決算書（一般用）付表《医師及び歯科医師用》

ここで実務上問題になりやすいのは、税務申告のために一度按分すれば終わり、となってしまうことです。

本来は、自由診療の採算を見るためにも、どの経費が自由診療に対応しているのかを毎月確認しておく必要があります。広告費をかけて自費診療を伸ばしているのに、材料費や説明時間、スタッフ教育時間、キャンセル対応、未収リスクを把握していなければ、自費診療が本当に利益を生んでいるのかは、いつまでも分からないままです。

措置法差額とは何か

措置法26条を適用する場合には、「措置法差額」という概念が登場します。

国税庁の記載要領では、措置法差額は、措置法第26条の規定による必要経費の金額と、保険診療分の実際の必要経費との差額を算出するためのものとされています。社会保険診療に係る必要経費は実際の額によらず措置法第26条により計算した金額を必要経費とできること、そして社会保険診療報酬が5,000万円を超える場合または医業および歯科医業から生ずる収入金額が7,000万円を超える場合にはこの方法を選択できないことも、あわせて示されています。

かなり簡略化すると、考え方は次のとおりです。

項目	内容
実際の社会保険診療分経費	実額計算により社会保険診療に対応すると考えられる経費
概算経費	措置法26条に基づき計算した社会保険診療分の経費
措置法差額	概算経費と実際経費との差額
申告上の意味	所得金額・青色申告特別控除額の計算に影響する
実務上の意味	特例適用による税務上の効果を把握するための差額

この措置法差額を見れば、特例が「どれだけ税務上の所得計算に影響しているか」が分かります。
出典：国税庁｜記載要領 所得税青色申告決算書（一般用）付表《医師及び歯科医師用》

ただし、措置法差額が大きいからといって、経営が強いとは限りません。概算経費のほうが大きく、税務上は有利に見えても、実際の資金繰り、人件費、設備更新、借入返済、承継可能性まで良好だとは限らないからです。

税務上の有利不利と、経営上の強さは、分けて見る必要があります。

「概算経費が使える＝有利」とは限らない

この特例は、概算経費が実際経費より大きいとき、税務上有利になりやすい制度です。とはいえ、毎年必ず有利になるわけではありません。

たとえば、次のような医療機関では、実額経費のほうが大きくなる可能性があります。

状況	実額経費が大きくなりやすい理由
開業初年度	内装、広告、採用、備品、立上げ費用が大きい
医療機器を大量に導入した年	減価償却、リース料、保守料が増える
院内処方を行っている	医薬品仕入、棚卸、廃棄ロスが大きくなる
スタッフを厚く配置している	人件費、社会保険料、教育費が大きい
在宅医療を始めた直後	車両、人員、システム、緊急対応体制の費用が増える
予防接種・健診の原価が高い	ワクチン代、検査委託費が収入に対して大きい
修繕・移転・改装を行った	修繕費、資本的支出、賃借物件工事費の整理が必要
自由診療の立ち上げ期	広告、説明資料、カウンセリング、材料費が先行する

一方、次のような場合には、概算経費が有利になりやすい傾向があります。

状況	概算経費が有利になりやすい理由
院外処方中心	医薬品仕入が少なく、実額経費率が低くなりやすい
設備投資が一巡している	減価償却費が少なくなる
固定費が抑えられている	実際経費率が低くなる
保険診療中心で収入規模が要件内	概算経費の効果が出やすい
院長の診療稼働に依存している	外部人件費が比較的少ない場合がある

判断の順番は、はっきりしています。

まず、適用要件を満たすかを確認する。次に、社会保険診療報酬、自由診療、雑収入を区分する。そのうえで、実額経費と概算経費を比較する。最後に、税務上の有利不利だけでなく、経営管理上の数字を別途整える必要があるかどうかを確かめる。

「去年も使ったから、今年も使う」という判断は、避けるべきです。

7,000万円判定は成長戦略にも影響する

社会保険診療報酬の所得計算の特例は、税務上の制度ではありますが、経営判断にも影響を及ぼします。

たとえば、保険診療報酬が4,800万円、自由診療収入が1,800万円の診療所を想定してみましょう。合計は6,600万円です。この段階であれば、他の要件も満たせば、特例を検討できます。

ところが、自由診療を伸ばして2,500万円になると、合計は7,300万円となり、特例を適用できなくなる可能性が出てきます。

ここで強調しておきたいのは、「7,000万円を超えないように売上を抑えるべき」という話ではない、ということです。成長を止めてまで特例に合わせるという発想は、私の考え方とはあまりなじみません。

見るべきは、次のような問いです。

• 自由診療を伸ばすことで、実額ベースの利益は増えるのか
• 特例が使えなくなる税負担増を織り込んでも、資金繰りは耐えられるか
• 自由診療に必要な人員、説明体制、広告規制対応、消費税対応は整っているか
• 保険診療中心の経営から、複合収益型の経営へ移行する準備ができているか
• 税務上の節税効果より、長期的な事業価値を優先すべき局面ではないか

節税制度に経営を合わせるのではなく、経営方針に沿って税務影響を把握する。この順番を取り違えないことが、何より大切です。

医療法人でも同趣旨の制度はあるが、実務上は別の検討が必要

社会保険診療報酬の所得計算の特例というと、個人の医師・歯科医師について措置法26条がよく知られています。ただ、医療法人についても同趣旨の制度として、租税特別措置法第67条が用意されています。

とはいえ、医療法人での検討は、個人診療所とは性格が異なります。

観点	個人開業医	医療法人
根拠規定	措置法26条	措置法67条
所得・利益の性格	事業所得	法人所得
経費構造	院長個人の事業経費	役員報酬、人件費、法人運営費が中心
申告書類	所得税申告書、青色申告決算書付表等	法人税申告書、別表等
実務上の利用頻度	個人診療所で検討されやすい	収入規模・役員報酬等により適用機会は限定的
経営判断との関係	法人化前の比較に影響	法人化後の役員報酬・内部留保・退職金計画に影響

医療法人の場合は、役員報酬、スタッフ人件費、社会保険料、法人運営費、議事録、定款、関係事業者取引、医療法人会計基準、事業報告書など、さまざまな論点が重なってきます。

そのため、「個人で使えていた制度だから、法人でも同じように使える」と単純に考えるのは危険です。医療法人化を検討するなら、役員報酬、退職金、社会保険、法人税、所得税、消費税、事業税、承継、持分、内部留保まで含めた比較が欠かせません。

消費税・事業税・会計上の利益と混同しない

社会保険診療報酬の所得計算の特例は、あくまで所得税または法人税の所得計算に関する制度です。

これを、消費税、事業税、会計上の利益と混同してしまうと、判断を誤ります。

税目・制度	見るべきポイント
所得税・法人税	社会保険診療報酬に係る所得計算の特例
消費税	保険診療の非課税、自由診療・物販等の課税区分
個人事業税	社会保険診療報酬に係る所得の非課税計算
会計上の利益	実際の収入、費用、減価償却、未収金、棚卸を反映
月次管理	税務特例ではなく実額ベースで採算を見る
金融機関対応	税務所得だけでなく、実態利益とキャッシュ・フローを見る
承継・M&A	正常収益力、実額経費、自由診療比率、税務リスクを確認する

国税庁の記載要領でも、自由診療と社会保険診療の両方がある場合に、自由診療に係る必要経費や措置法差額を算出するための計算が示されています。
出典：国税庁｜記載要領 所得税青色申告決算書（一般用）付表《医師及び歯科医師用》

税務上は概算経費を使っていても、会計上・経営上は実額で見なければなりません。

たとえば、税務上は所得が小さく見えても、実際には十分なキャッシュが残っている場合があります。逆に、税務上は有利に見えても、設備投資や借入返済で資金が逼迫していることもあります。

この制度は、資金繰り表、月次試算表、部門別損益、自由診療採算、投資回収表とセットで見て、はじめて経営判断に使える情報になるのです。

税務調査で見られやすいポイント

社会保険診療報酬の所得計算の特例は、税務調査でも注意を向けられやすい論点です。

特に見られやすいのは、次のような点です。

調査項目	見られやすいポイント
社会保険診療報酬	支払基金・国保連の支払通知、窓口負担、未収金の整合
自由診療収入	領収書、予約台帳、契約書、同意書、入金記録
5,000万円判定	社会保険診療報酬の範囲に漏れがないか
7,000万円判定	自由診療等を含めた判定が正しいか
窓口収入	未収または受け取らないこととした金額の処理
雑収入	医業収入判定から除外できるか、区分根拠があるか
共通経費	自由診療割合の計算根拠が合理的か
固有経費	自由診療固有、社会保険診療固有の区分が明確か
措置法差額	付表、決算書、申告書の記載が整合しているか
継続性	毎年の区分方法が一貫しているか
証憑	レセコン、日計表、未収金一覧、通帳との整合

実際の税務調査では、本来この特例を適用できない医療法人が、適用を受けるために窓口収入を除外し、適用適格者であるかのように装っていた事例もあります。こうした場合には、除外した収入と、概算経費率を適用した費用の額と実額経費との差額の双方が、問題となり得ます。

この制度は、要件を満たして正しく使うかぎり、認められた税務上の取扱いです。けれども、収入区分を操作して要件を満たしているように見せることは、まったく別の問題です。

経営管理上は「実額ベースの数字」を必ず残す

税務申告で概算経費を使う場合でも、経営管理上は実額ベースの数字を残しておくべきです。

理由は、はっきりしています。

実額ベースの数字が必要な場面	なぜ必要か
月次決算	実際の利益、資金、未収金、固定費を把握するため
資金繰り	税務上の所得ではなく、実際の入出金を見るため
設備投資	減価償却、借入返済、投資回収を見るため
採用判断	人件費率、生産性、診療体制を確認するため
自由診療拡大	自由診療の原価、広告費、説明時間を確認するため
法人化	個人と法人の税負担、社会保険、役員報酬を比較するため
税務調査	収入区分、共通経費、措置法差額を説明するため
承継・M&A	正常収益力、実態利益、税務リスクを説明するため
金融機関対応	返済能力と実際のキャッシュ・フローを説明するため

税務上の特例は、あくまで申告上の制度にすぎません。

院長・理事長が経営判断に使うべき数字は、「実際にはどの収入がどれだけあり、どの費用がどれだけかかり、どの部門がどれだけ利益を生んでいるか」です。

概算経費率だけを見ていると、自由診療の採算、医薬品・材料費の増加、スタッフ増員の影響、設備更新の負担、在宅医療の人員負荷といったものが、どうしても見えにくくなってしまいます。

この特例を検討する順番

社会保険診療報酬の所得計算の特例は、次の順番で検討すると、考えが整理しやすくなります。

順番	確認事項	実務上のポイント
1	自院の形態	個人か医療法人か、共同経営か
2	社会保険診療報酬の金額	支払基金・国保連・窓口負担・未収を含めて確認
3	医業・歯科医業収入の合計	自由診療等を含めた7,000万円判定
4	自由診療・雑収入の区分	健診、予防接種、文書料、物販、嘱託料等を整理
5	固有経費の区分	社会保険診療固有・自由診療固有を分ける
6	共通経費の按分	診療実日数、収入割合、調整率等を確認
7	実額経費の把握	月次・年次の実額経費を整理
8	概算経費額の計算	速算表により算出
9	有利不利判定	実額経費と概算経費を比較
10	申告書・付表記載	措置法差額、特例適用条文、付表添付
11	翌期以降の管理	収入増加、自由診療比率、法人化、設備投資を見込む

この順番を踏まずに、「今年も概算でお願いします」と処理してしまうと、適用可否・有利不利・経営管理のいずれかで、後々問題が生じかねません。

相談前に整理しておきたい資料

この特例の適用を検討する際には、専門家へ相談する前に、次の資料を整理しておくと判断がスムーズになります。

資料	確認する論点
支払基金・国保連の支払通知	社会保険診療報酬の入金額
レセコン集計表	保険診療、自由診療、窓口負担の区分
日計表	窓口収入、文書料、予防接種、自費収入
未収金一覧	窓口未収、労災、自賠責、健診委託料
自由診療売上一覧	自費診療の内容、件数、収入
健診・予防接種の契約書	請求先、委託料、ワクチン代、消費税
物販・文書料の集計	社会保険診療外収入の区分
総勘定元帳	経費区分、雑収入、仕入、外注費
固定資産台帳	減価償却費、設備投資、除却
棚卸表	医薬品、材料、ワクチン、歯科材料
人件費資料	給与、賞与、社会保険料、専従者給与
前年の申告書・付表	措置法差額、青色申告特別控除、記載整合
月次試算表	実額ベースの利益・費用推移
事業計画	売上増加、自由診療拡大、法人化予定

この制度は、申告書を作成するときにあわてて判断するよりも、期中から見込んでおくほうが安全です。

特に、自由診療や予防接種を伸ばしている医療機関では、年末近くになってから7,000万円判定を超えてしまう可能性があります。年内のうちに、売上見込み、経費見込み、税負担、資金繰りを確認しておくことが大切です。

社会保険診療報酬の特例は「使うかどうか」より「数字をどう説明するか」が重要

社会保険診療報酬の所得計算の特例は、医療機関税務に固有の、重要な制度です。

しかし、本当に重視すべきなのは、単に「概算経費率を使えるか」ではありません。

自院の収入が、社会保険診療、自由診療、健診、予防接種、文書料、物販、雑収入に、どう分かれているか。経費が、社会保険診療固有、自由診療固有、共通経費に、どう分かれているか。税務上の所得と、実際の利益・資金繰りとのあいだに、どれほどの差があるか。自由診療を伸ばすことが、特例の適用可否や消費税・事業税・資金繰りにどう影響するか。そして、法人化、分院、在宅医療、承継、M&Aを見据えたとき、第三者に説明できる数字になっているか。

こうした問いに答えられる状態をつくることこそが、医療機関の経営においては重要だと考えています。

犬飼公認会計士・税理士事務所では、社会保険診療報酬の所得計算の特例について、単なる申告上の有利不利だけでなく、月次決算、収入区分、自由診療採算、共通経費の整理、税務調査対応、法人化、承継・M&Aを見据えた経営管理の観点から整理しています。

自院で措置法26条を適用できるか不安がある場合、自由診療や予防接種が増えて7,000万円判定が気になる場合、あるいは税務申告と実際の経営数字とのズレを整理したい場合は、犬飼公認会計士・税理士事務所HPのお問い合わせページからご相談ください。税務上の特例を正しく使うことは、数字で自院を説明できる医療機関づくりの、一つの大切な要素です。

重要事項の振り返り

重要論点	確認すべきこと	経営判断上の意味
制度の位置づけ	社会保険診療報酬に係る所得計算の特例である	会計上の利益や経営採算とは分けて考える
対象者	医業または歯科医業を営む個人が中心	医療法人は同趣旨制度を別途確認する
5,000万円判定	社会保険診療報酬が5,000万円以下か	支払基金・国保連・窓口負担・未収を含めて確認する
7,000万円判定	医業・歯科医業から生ずる収入金額が7,000万円以下か	自由診療拡大時に適用不可となる可能性がある
概算経費率	2,500万円以下72％、3,000万円以下70％＋50万円、4,000万円以下62％＋290万円、5,000万円以下57％＋490万円	実額経費との比較が必要
自由診療	特例の概算経費対象ではない	自由診療の原価・広告費・説明体制を別管理する
雑収入	仕入リベート、謝礼金、物販等の区分を確認	収入判定、消費税、税務調査に影響する
窓口負担	未収・未回収でも収入すべき金額を確認	日計表・未収金一覧・レセコンの整合が必要
共通経費	診療実日数・収入割合・調整率等で合理的に区分	税務だけでなく自由診療採算にも影響する
固有経費	社会保険診療固有・自由診療固有を分ける	税務調査時の説明可能性を高める
措置法差額	概算経費と実際経費との差額を把握する	税務上の効果を可視化する
有利不利判定	毎年、実額経費と概算経費を比較する	前年踏襲ではなく、投資・人件費・自由診療比率を反映する
医療法人化	措法26条だけでなく法人税、役員報酬、退職金、社会保険を比較	法人化判断を節税だけで行わない
消費税	保険診療非課税、自由診療・物販等の課税区分を確認	所得計算の特例と混同しない
事業税	社会保険診療報酬に係る所得の非課税計算を確認	所得税・法人税とは別に整理する
税務調査	収入区分、窓口収入、共通経費、措置法差額が見られる	日頃の資料管理が重要
月次管理	税務特例を使っても実額ベースの損益を残す	投資、採用、分院、承継判断に必要
成長戦略	自由診療・在宅・健診の拡大が判定に影響する	節税制度に経営を合わせず、税務影響を織り込む
相談前資料	支払通知、レセコン、日計表、未収金一覧、自由診療一覧、総勘定元帳を準備	専門家との判断精度が上がる