非上場株式評価の基本|M&A価格と税務・会社法上の評価はなぜ違うのか

非上場会社の株式には、上場株式のように日々の取引を通じて形成される市場価格がありません。

そのため、M&Aや親族間売買、少数株主からの買取り、自己株式取得、事業承継、組織再編といった場面では、「この株式はいくらなのか」という問いが必ず立ち上がります。

ここで最初に立ち止まっていただきたいのは、非上場株式の価格は一つに決まるものではない、という点です。

同じ会社の株式であっても、M&Aの交渉で使う価格、税務上問題になり得る時価、相続税・贈与税で用いる評価額、会社法上の公正な価格、第三者評価機関が算定する株式価値は、それぞれ目的も前提も異なります。

実務でとくに危ういのは、こうした価格の混同です。たとえば「相続税評価額があるのだから、それを売買価格にすればよい」「M&Aで合意した価格なのだから、税務上も問題ない」「税務上の時価を出したのだから、少数株主にも公正な価格として説明できる」といった発想がそれにあたります。

評価額は、何のために評価するのか、誰と誰の間の取引なのか、経営権を移転するのか少数持分なのか、税務上の課税関係が問題になるのか、会社法上の株主保護が問題になるのか――こうした条件によって変わってきます。

この記事では、非上場株式評価の入口として、M&A価格、税務上の時価、相続税評価、会社法上の評価、第三者評価の違いを整理します。なお、個別の評価明細の作成方法や、類似業種比準価額・純資産価額・配当還元価額の細かな計算手順については、後続の記事で詳しく扱います。

目次

非上場株式の評価で最初に分けるべき5つの価格

非上場株式の評価では、まず「いま自分はどの価格の話をしているのか」を切り分けるところから始める必要があります。

実務で問題になる価格は、大きく次の5つに分けられます。

1つ目は、M&Aの取引価格です。

これは、売主と買主が交渉の結果として合意する価格です。事業計画、正常収益力、財務実態、シナジー、非事業資産、有利子負債、簿外債務、DD(デューデリジェンス)で見つかった事項、支払条件、契約条件などを踏まえて決まります。

2つ目は、税務上の時価です。

親族間、同族関係者間、個人と法人の間、法人同士など、利害が完全には対立しない関係で株式を売買する場合、税務上は「合意した価格だから常に時価である」とは扱われません。時価より低すぎる、あるいは高すぎると、贈与、受贈益、寄附金、みなし譲渡、給与・役員給与といった論点が生じ得ます。

3つ目は、相続税・贈与税の財産評価です。

相続や贈与で取得した取引相場のない株式は、財産評価基本通達に基づき、会社規模、株主区分、同族株主かどうか、特定の評価会社に該当するかなどに応じて評価されます。

取引相場のない株式について、財産評価基本通達178は大会社・中会社・小会社の区分を定めています。続く179では、大会社では原則として類似業種比準価額、中会社では類似業種比準価額と純資産価額の併用、小会社では原則として純資産価額による評価とされています。

出典:国税庁|財産評価基本通達 第8章 有価証券

4つ目は、会社法上の公正な価格・買取価格です。

反対株主の株式買取請求、株式併合、スクイーズアウト、組織再編、譲渡制限株式の売買価格決定などでは、会社法上の手続や株主保護の観点から価格が問題になります。会社法は、反対株主による株式買取請求や、協議が成立しなかった場合の裁判所への価格決定申立てなどを定めています。

出典:e-Gov法令検索|会社法

5つ目は、第三者評価・株式価値算定書で示される価値です。

これは、評価目的、基準日、利用資料、採用手法、前提条件、留意事項を明示したうえで、一定の評価レンジとして示されることが多いものです。日本公認会計士協会の企業価値評価ガイドラインでも、企業価値評価業務の性格や、評価業務にあたって提供された情報の有用性・利用可能性を検討・分析する必要性が示されています。

出典:日本公認会計士協会|企業価値評価ガイドライン

この5つを分けないまま議論を進めると、評価額の妥当性を検討しているつもりが、実際にはまったく別の目的の価格を比べている、という事態になりかねません。

M&A価格は「会社の値段」ではなく、交渉で成立する取引条件

M&Aにおける非上場株式の価格は、理論的な株式価値そのものではありません。

それは、売主と買主が、将来の事業見通し、買収後のリスク、シナジー、資金調達、DDで判明した問題、契約条件などを踏まえて合意する取引条件です。

そのため、M&A価格は次のような要素で動きます。

買主が事業シナジーを見込める場合、買主にとっての価値は、売主単独で見たときの価値より高くなることがあります。反対に、買主が買収後に大きな追加投資、経営改善、ガバナンス整備、簿外債務への対応、役員交代などを見込むのであれば、提示価格は低くなることもあります。

売主側でも、これまで築いてきた会社への思い、従業員や取引先を守りたいという条件、退職慰労金や役員貸付金の整理、借入保証の解除、譲渡後の関与の在り方といった事情が、価格交渉に影響します。

中小M&Aガイドラインでも、バリュエーションは企業または事業の価値を定量的に評価するものであり、その評価額は譲渡額を決める際の目安の一つとして扱われると整理されています。つまり、評価額は価格そのものではなく、価格を判断するための材料だということです。

出典:中小企業庁|中小M&Aガイドライン

M&A価格を判断するときは、「この会社はいくらか」と一足飛びに問うのではなく、少なくとも次のように問いを分解しておく必要があります。

  • この評価は、売主目線の価格なのか、買主目線の価格なのか
  • 経営権を取得する価格なのか、少数持分の価格なのか
  • 事業価値を見ているのか、株主価値を見ているのか
  • 余剰現預金や非事業資産を含めているのか
  • 有利子負債、簿外債務、未払税金、保証債務をどう扱っているのか
  • 買収後のシナジーを、誰の価値として織り込んでいるのか
  • DDで見つかった事項を、価格で調整するのか、契約条項で対応するのか

この整理をしないまま「評価額がいくらか」だけを見ても、その価格が実際の取引判断に使えるかどうかは見えてきません。

税務上の時価は、当事者の合意だけでは決まらない

税務上の時価が問題になるのは、主に、価格を自由に決められる関係者間の取引です。

親族間、同族株主間、役員と会社の間、グループ会社間、代表者と法人の間などでは、売主と買主の利害が完全には対立していないことがあります。こうした場面では、価格を低く設定すれば財産を移転でき、高く設定すれば所得や利益を移転できてしまいます。

そのため税務上は、当事者が合意した価格であっても、それが常に時価として認められるわけではありません。

たとえば、個人が法人に対して一定の資産を低額で譲渡した場合、所得税法上、時価で譲渡したものとみなされる場面があります。所得税基本通達59-6は、株式等を贈与等した場合の「その時における価額」について、取引相場のない株式の評価に関する財産評価基本通達の例による場合の読替えや条件を定めています。

出典:国税庁|所得税基本通達 法第59条《贈与等の場合の譲渡所得等の特例》関係

また、法人税基本通達9-1-13は、市場有価証券等以外の株式の価額について、売買実例、公募等の価格、類似法人との比準、純資産価額などを参酌して、通常取引されると認められる価額をどう捉えるかを整理しています。

出典:国税庁|法人税基本通達 第3款 有価証券の評価損

税務上の時価で大切なのは、「評価額をどう計算するか」だけではありません。次のような点が、結論を大きく左右します。

  • 誰が譲渡人か
  • 誰が譲受人か
  • 個人間か、個人と法人の間か、法人同士か
  • 同族関係者か、純然たる第三者か
  • 支配株主か、少数株主か
  • 譲渡直前の株主構成はどうなっているか
  • 低額譲渡なのか、高額譲渡なのか
  • 対価以外に経済的利益が移転していないか

これらの違いによって、所得税、法人税、相続税・贈与税のいずれが問題になるかが変わってきます。

とくに非上場株式は評価額の差が大きくなりやすいため、「税務上も問題のない価格か」という点は、M&A価格とは別に検討しておく必要があります。

相続税評価額は、M&A価格そのものではない

非上場株式の評価で最もよく混同されるのが、相続税評価額とM&A価格です。

相続税・贈与税の場面では、取引相場のない株式について、財産評価基本通達に基づく評価が行われます。この評価体系は、課税の公平性と、大量の案件を処理する必要性を背景にした、税務上の評価ルールです。

一方のM&A価格は、売主と買主が、会社の将来収益力、キャッシュ・フロー、事業リスク、シナジー、DDで判明した事項、契約条件を踏まえて決める取引価格です。

したがって、相続税評価額とM&A価格は、同じ会社を対象にしていても一致するとは限りません。

相続税評価では、会社規模、類似業種比準価額、純資産価額、配当還元価額、特定評価会社への該当性などが重要になります。財産評価基本通達188は、同族株主以外の株主等が取得した株式を定義し、その評価について別途定めています。

出典:国税庁|財産評価基本通達 第8章 有価証券

これに対しM&Aでは、正常収益力、調整EBITDA、運転資本、設備投資、非事業資産、ネットデット、買主固有のシナジー、価格調整条項などが価格判断に効いてきます。

その結果として、相続税評価額がM&A価格より低いこともあれば、高いこともあります。とくに、不動産や有価証券を多く保有する会社、収益力が大きく変動している会社、後継者への依存が強い会社、少数株主がいる会社、役員貸付金・借入金が多い会社では、評価目的による差が大きくなりやすいといえます。

相続税評価額は、相続・贈与の税務評価として重要なものです。ただ、それをそのまま第三者とのM&Aの譲渡価格に持ち込むと、売主・買主のいずれにとっても経済実態とずれてしまうことがあります。

反対に、M&Aで合意した価格があるからといって、それをそのまま親族間売買や同族関係者間売買の税務上の時価として使えるとは限りません。

財産評価基本通達を使う場面でも、現行通達・改正情報の確認が欠かせない

財産評価基本通達による非上場株式評価は、実務でよく用いられます。ただ、通達評価は固定されたものではなく、改正によって取扱いが変わることがあります。

たとえば国税庁は、令和8年3月25日付で、取引相場のない株式等の評価について、純資産価額方式における法人税額等相当額に関する財産評価基本通達の一部改正の情報を公表しています。

出典:国税庁|「財産評価基本通達の一部改正について」通達のあらましについて(情報)

ですから非上場株式評価では、過去に作成した評価資料や書籍、社内の資料、過年度の明細書をそのまま流用するのではなく、評価基準日時点での法令・通達・取扱いを確認しておく必要があります。

これは相続税評価だけの問題ではありません。M&Aや自己株式取得でも、税務上の時価を検討する際に財産評価基本通達の考え方を参照する場面があります。その場合でも、どの税目の、どの文脈で参照しているのかを明確にしておくことが大切です。

財産評価基本通達による評価を使う場合は、少なくとも次の点を確認しておきたいところです。

  • 評価基準日はいつか
  • 取得者または譲渡者は同族株主か、少数株主か
  • 会社規模はどの区分にあたるか
  • 類似業種比準方式、純資産価額方式、配当還元方式のどれを使う場面か
  • 特定の評価会社に該当しないか
  • 直前期末から評価基準日までに、重要な資産売却、増資、自己株式取得、組織再編がなかったか
  • 土地、有価証券、含み損益、法人税額等相当額の取扱いに、改正や留意点がないか

「通達評価で計算したから安全」と考えるのではなく、「その目的に対して、通達評価を使うことが妥当か」と問い直すことが重要です。

会社法上の公正な価格は、税務上の時価ともM&A価格とも違う

会社法上の価格が問題になる場面では、税務上の時価とは異なる視点が入ってきます。

たとえば、反対株主の株式買取請求、株式併合による端数処理、全部取得条項付種類株式、株式等売渡請求、組織再編における反対株主の保護などでは、株主に対して公正な価格をどのように保障するかが問われます。

会社法の価格問題では、会社の客観的な価値だけでなく、手続の公正性、株主間の利益調整、少数株主の保護、組織再編による価値の増減、支配株主との利益相反などが重要になります。

したがって、会社法上の公正な価格を考える際に、相続税評価額や税務上の時価をそのまま当てはめることはできません。

会社法上の価格は、とくに少数株主との関係で問題になりやすい領域です。

たとえば、少数株主から株式を買い取る場面で、会社側が一方的に「税務上の評価ではこの金額だから」と説明しても、少数株主にとって納得のいく説明になるとは限りません。逆に、少数株主が高い価格を主張する場合でも、その価格が税務上の時価や会社の実態と整合するとは限りません。

ここでは、税務上問題がないかという観点と、少数株主に対して説明できるかという観点を、それぞれ分けて検討する必要があります。

第三者評価は「正解」ではなく、説明可能性を高めるための判断資料

非上場株式の評価では、第三者評価機関による株式価値算定書を取得することがあります。

ただ、第三者評価を取ったからといって、その評価額が常に唯一の正解になるわけではありません。

第三者評価の役割は、評価目的、評価基準日、評価対象、利用資料、採用手法、前提条件、留意事項を明らかにし、意思決定者が価格を判断するための材料を整えることにあります。

その意味で、重要なのは結論の金額だけではありません。次のような点を併せて確認しておきたいところです。

  • どの資料に基づいたのか
  • 事業計画は誰が作成したのか
  • 事業計画の妥当性を、どこまで検討したのか
  • DCF、マルチプル、純資産などのうち、どの手法を採用したのか
  • 採用しなかった手法がある場合、その理由は何か
  • 評価レンジの幅は、どの前提から生じているのか
  • シナジーや支配権、非流動性をどう扱ったのか
  • 税務・会社法上の目的に、そのまま使える評価なのか

評価報告書や株式価値算定書は、「結論の金額を見る資料」ではなく、「どの前提に立てば、どの価値になるのかを確認する資料」だと捉えておくと、扱い方を誤りにくくなります。

とくに非上場株式では、資料の信頼性や事業計画の前提が、評価結果に大きく影響します。過去決算に会計処理の歪みがある場合、役員報酬が市場水準と大きく異なる場合、関連当事者取引がある場合、資産に含み損益がある場合、簿外債務がある場合には、評価結果の意味そのものが変わってきます。

第三者評価を取得する場合でも、評価機関に資料を渡して終わり、というわけにはいきません。評価目的と利用場面を明確にし、前提条件を確認したうえで、その結論がどの範囲で使えるのかを理解しておく必要があります。

なぜ同じ会社なのに評価額が変わるのか

非上場株式の評価額が変わるのは、評価者が恣意的に金額を動かしているからではありません。評価目的と前提が異なれば、見るべき価値そのものが変わるからです。

とくに重要なのは、次の6つです。

1. 評価目的が違う

M&Aでは、実際に売買するための価格判断が目的です。

相続税・贈与税では、相続・贈与で取得した財産の課税価格を算定することが目的になります。

税務上の時価では、低額譲渡・高額譲渡によって所得や財産が移転していないかを見ることが目的です。

会社法上の公正な価格では、反対株主や少数株主の利益をどのように保護するかが目的になります。

目的が違えば、当然、評価の前提も異なってきます。

2. 当事者の立場が違う

売主は高く売りたい。買主はリスクを見込んで慎重に買いたい。支配株主は経営権を前提に価値を見て、少数株主は配当や換金可能性を前提に価値を見ます。

同じ株式でも、支配権を伴う株式と、単独では経営に影響を与えにくい少数株式とでは、経済的な意味合いが異なります。

3. 評価対象が違う

会社全体の価値なのか。事業価値なのか。株主価値なのか。特定の株主が保有する株式の価値なのか。普通株式なのか、種類株式なのか。一部の持分なのか、100%の株式なのか。

評価対象が曖昧なままでは、評価額を比べること自体ができません。

4. 評価基準日が違う

非上場会社では、短い期間で価値が大きく変わることがあります。

大口取引先の喪失、主要役員の退任、借入条件の変更、不動産の売却、設備投資、訴訟、税務調査、増資、自己株式取得、組織再編などがあれば、どの基準日で見るかによって価値は変わります。

「去年の評価額」と「今回の評価額」が違うこと自体は、不自然なことではありません。

5. 利用資料と前提が違う

決算書だけで評価したのか。月次試算表まで確認したのか。事業計画を使ったのか。その事業計画に補正を加えたのか。非事業資産や簿外債務を確認したのか。税務申告書や契約書まで目を通したのか。

確認した資料の深さが違えば、評価結果も変わってきます。

6. 支配権・非流動性・シナジーの扱いが違う

M&Aで経営権を取得する場合、買主は会社の経営方針、役員構成、資産処分、配当政策、事業再編を主導できます。

一方、少数株主は、経営を支配することができず、株式を自由に売却できる市場も持たないことが多いものです。

加えて、買主固有のシナジーをどこまで価格に反映するかによって、売主と買主の価格目線は変わってきます。

このように、非上場株式の評価では、「金額が違う理由」を自分の言葉で説明できることが、何より重要になります。

実務で特に注意すべき場面

非上場株式の評価でとりわけ注意が必要なのは、次のような場面です。

親族間・同族関係者間で株式を売買する場合

親族間や同族関係者間では、価格設定の自由度が高い反面、税務上の時価との乖離が問題になりやすくなります。

「相続税評価額で売買すればよい」と単純に考えるのではなく、譲渡人・譲受人の関係、支配関係、株主区分、低額譲渡・高額譲渡の課税関係を、ひとつずつ確認しておく必要があります。

代表者・役員と会社の間で株式を売買する場合

代表者が会社に株式を売る、会社が代表者から株式を買う、会社が役員に株式を譲渡する――こうした場面では、所得税・法人税・贈与税・役員給与・寄附金・受贈益などが複雑に絡んできます。

とくに自己株式取得の場合には、譲渡所得だけでなく、みなし配当、財源規制、既存株主への影響も確認しておく必要があります。

少数株主から株式を買い取る場合

少数株主からの買取りでは、税務上の時価だけでなく、少数株主に対する説明可能性が重要になります。

配当還元価額だけで説明できるのか、純資産価額や収益価値をどう見るのか、過去に売買実例があるのか、支配株主との価格差をどう説明するのか――こうした点を整理しておく必要があります。

事業承継前に株式を移転する場合

事業承継では、後継者への株式移転、持株会社化、種類株式、自己株式取得、従業員持株会、組織再編などが組み合わされることがあります。

この場合は、評価額だけでなく、将来の相続税、贈与税、議決権、遺留分、少数株主、資金繰り、納税資金まで含めて検討する必要があります。

組織再編で株式評価・比率算定を行う場合

合併、会社分割、株式交換、株式移転などでは、現金価格ではなく、合併比率や株式交換比率が問題になることがあります。

この場合は、単純な株式売買価格ではなく、当事会社間の相対価値、株主に交付される対価、税務上の適格・非適格、会計処理、少数株主の保護まで含めた整理が必要になります。

非上場株式評価で避けるべき判断

非上場株式評価では、次のような判断は避けておきたいところです。

  • 相続税評価額を、そのままM&A価格として使う
  • M&Aで合意した価格を、そのまま税務上の時価として扱う
  • 税務上の評価額を、そのまま会社法上の公正な価格として説明する
  • 少数株主持分と経営権付き株式を、同じ前提で評価する
  • 事業価値、企業価値、株主価値を混同する
  • 非事業資産や有利子負債を見落とす
  • 役員貸付金、役員借入金、関連当事者取引を整理しないままにする
  • 直近期の利益だけで価格を決める
  • 評価額を、希望価格に合わせにいく
  • 評価目的を決めないまま、株価算定だけを依頼する

非上場株式評価で大切なのは、最初から正解の金額を探しにいくことではありません。

まず、どの評価目的なのかを明確にすること。次に、誰に対して説明する価格なのかを整理すること。そのうえで、評価対象、評価基準日、資料、手法、税務・会社法上のリスクを確認していくこと。この順序が、後々の失敗を防いでくれます。

相談前に整理しておきたい事項

非上場株式の評価を専門家に相談する前に、次の事項を整理しておくと、検討の精度がぐっと高まります。

  • 評価の目的は何か。M&A、親族間売買、自己株式取得、相続・贈与、少数株主買取り、組織再編、第三者への説明のどれにあたるか。
  • 誰が株式を譲渡し、誰が取得するのか。個人か法人か、親族か第三者か、同族関係者か。
  • 評価対象は何か。会社全体か、一部の株式か、普通株式か、種類株式か、議決権割合はどの程度か。
  • 評価基準日はいつか。直近決算日か、取引予定日か、相続開始日か、組織再編の効力発生日か。
  • 株主構成はどうなっているか。同族株主、中心的同族株主、少数株主、従業員持株会、自己株式の有無を確認しておきたいところです。
  • 資料はそろっているか。直近の決算書、申告書、月次試算表、借入一覧、固定資産台帳、株主名簿、定款、過去の株式売買資料、事業計画など。
  • 会社に見落としやすい資産・負債はないか。非事業資産、遊休不動産、含み益、含み損、簿外債務、偶発債務、役員貸付金、役員借入金、保証債務など。
  • 評価結果を誰に説明する必要があるか。税務署、株主、後継者、金融機関、取締役会、買主、売主、少数株主など、説明する相手によって重視すべき論点は変わります。

この整理をせずに評価額だけを求めてしまうと、後から「その価格は税務上使えるのか」「少数株主に説明できるのか」「M&A価格として妥当なのか」といった問題が残ってしまいます。

非上場株式評価は、価格決定ではなく判断材料の整備である

非上場株式の評価は、単に株価を計算する作業ではありません。

M&Aでは、取引価格を判断するための材料になります。税務では、課税上問題となる経済的利益の移転を確認する材料になります。会社法では、株主保護や公正な手続を支える材料になります。事業承継では、後継者、親族、株主、会社の将来設計を整理する材料になります。

同じ会社であっても、評価目的が変われば、見るべき価値は変わります。

だからこそ、非上場株式評価では、最初に「何のための評価か」を定義することが重要になります。

評価額を一つの答えとして見るのではなく、どの前提に立てば、どの価値になり、どの範囲で説明でき、どの範囲では使えないのか。そこを整理しておくことが、実務上の失敗を防ぐ出発点になります。

非上場株式の評価額に不安がある場合、とくにM&A、親族間売買、自己株式取得、少数株主対応、組織再編、事業承継が絡む場合には、早い段階で評価目的と税務・会社法上の論点を整理しておくことをおすすめします。

犬飼公認会計士・税理士事務所では、非上場株式評価、M&A価格の判断、税務上の時価、自己株式取得、事業承継・組織再編に関する論点整理について、会計・税務・会社法上の説明可能性を踏まえた検討を行っています。

「この価格で進めてよいのか」「相続税評価額を使ってよいのか」「少数株主や後継者に説明できる価格なのか」「税務上のリスクはないか」を整理したいとお考えの場合は、当事務所ホームページのお問い合わせページからご相談ください。評価額を出すこと自体ではなく、後から説明できる判断材料を整えることを重視して対応いたします。

振り返り|非上場株式評価で押さえておきたい基本整理

論点重要な考え方
M&A価格売主と買主が交渉で合意する取引条件であり、理論価値そのものではない
税務上の時価当事者の合意価格とは別に、低額譲渡・高額譲渡・受贈益・寄附金等の課税関係を確認する必要がある
相続税評価財産評価基本通達に基づく課税目的の評価であり、M&A価格と一致するとは限らない
会社法上の公正な価格少数株主保護、反対株主の買取請求、組織再編手続などの文脈で問題になる
第三者評価唯一の正解を示すものではなく、前提条件と評価レンジを整理する判断資料である
評価額が変わる理由評価目的、当事者、支配権、評価基準日、利用資料、シナジー・非流動性の扱いが異なるため
実務上の注意点どの価格を、どの目的で、誰に説明するために使うのかを最初に明確にする
専門家相談前の準備評価目的、株主構成、取引当事者、決算・申告資料、事業計画、非事業資産、負債・保証、税務論点を整理する
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