第三者承継・M&A・価値評価・PMI|医療機関を次代へつなぐための論点地図

「後継者が見つからなければ、廃業するしかない」。そう考えている院長・理事長は、少なくありません。

けれども、患者さんが継続して診療を受けられる体制、スタッフの雇用、そして地域で担ってきた医療機能に引き継ぎの可能性があるのなら、第三者承継も、検討すべき選択肢になります。

一方で、医療機関のM&Aは、一般的な事業の売買と同じ発想だけで進められるものではありません。

  • 誰が開設者になるのか。
  • 医療法人の法人格を残すのか、事業だけを譲渡するのか。
  • 保険診療や施設基準をどのように引き継ぐのか。
  • 患者情報、スタッフ、不動産、医療機器、借入、リース、税務リスクを、どこまで承継するのか。
  • 契約後、診療方針や院内運営をどのように安定させるのか。

こうした論点を一体で整理しないまま進めてしまうと、たとえ契約が成立しても、医療機関としての価値が承継後に失われてしまうことがあります。

ヘルスケア分野では、高齢化や医療の高度化を背景に、需要の増加が見込まれています。その一方で、生産年齢人口の減少により、人材供給の制約もこれまで以上に強まると考えられます。

しかし、医療需要があることと、その医療機関を実際に運営できることは、同義ではありません。経営者、医師、医療職、そして管理人材を次代へつないでいく仕組みが、これまで以上に重要になってきています。

本テーマでは、医療機関の第三者承継・M&Aを、単なる売却や買収としてではなく、患者さん、スタッフ、地域医療、資産、負債、制度、経営管理を次代へ引き継ぐ一つのプロジェクトとして整理していきます。

このテーマで理解できること

本テーマで扱うのは、医療機関M&Aの全体像です。

まず、廃業と第三者承継を比較し、そもそもM&Aを検討すべき状況にあるのかどうかを考えます。続いて、相談から秘密保持、候補先の探索、基本合意、デューデリジェンス、最終契約、そしてクロージングに至るまでの流れを確認します。

そのうえで、個人クリニックと医療法人の違いを踏まえながら、どのような承継スキームが考えられるのかを整理していきます。

さらに、買い手は何を調査するのか、譲渡価格はどのように考えるのか、契約やクロージングでは何を確定させるのか、承継後のPMIでは何を守るのか、といった実務へと進みます。

最後に、実際に専門家へ相談する前の段階で、どの資料と論点を整理しておくとよいのかを確認します。

このテーマの目的は、M&Aの専門用語を覚えることではありません。自院の状況に照らして、次の問いに答えられるようになることです。

  • 第三者に、何を引き継ぎたいのか。
  • どのリスクを解消し、どのリスクを価格や契約に反映すべきか。
  • 承継後も患者さんとスタッフから選ばれ続ける医療機関であるために、何を準備すべきか。

医療機関M&Aは「売買」ではなく「医療継続の設計」である

医療機関のM&Aでは、どうしても譲渡価格に注目が集まりがちです。しかし、本来まず決めるべきなのは、価格ではありません。

はじめに整理したいのは、「何を守りたいのか」です。患者さんの継続診療を重視するのか、スタッフの雇用維持を優先するのか、医院名や診療方針を残したいのか、あるいは一定期間は前院長が診療に関与するのか。売り手が何を重視するかによって、ふさわしい買い手候補も、選ぶべき承継スキームも変わってきます。

これは買い手側にとっても同じです。患者基盤や売上だけを見て判断するのではなく、承継後に医師を確保できるか、スタッフに定着してもらえるか、施設基準やレセプト請求を適切に管理できるか、月次決算や資金繰りを早期に安定させられるか。こうした点まで見据えておく必要があります。

医療機関の第三者承継の実務は、秘密保持に始まり、譲渡対象の整理、匿名での案件紹介、価値評価、トップ面談、基本合意、デューデリジェンス、契約、クロージング、そして承継後の支援まで、一つづきの流れとして続いていきます。どこか一つの工程だけを切り離して考えることは、できないのです。

第三者承継・M&Aの論点は5つの段階で捉える

第1段階は「第三者承継を選択肢に入れるか」

後継者がいないからといって、それがそのまま廃業を意味するわけではありません。

もっとも、すべての医療機関が第三者承継に適しているとも限りません。診療を継続できる見込み、患者構成、設備の状態、スタッフの意向、賃貸借契約、前院長への依存度、収益力、借入の状況、そして希望時期。これらを一つひとつ見ながら判断していくことになります。

この段階で大切なのは、売却価格を先に考えることよりも、廃業・親族内承継・第三者承継のうち、どれが患者さん、スタッフ、そして経営者にとって現実的な道なのかを比較することです。

第2段階は「どのスキームで引き継ぐか」

個人クリニックの事業を譲渡する場合と、医療法人の運営主体を交代させる場合とでは、引き継がれる権利義務や必要な行政手続が異なります。

同じ医療法人であっても、持分の有無、社員・理事の構成、基金、複数施設の有無、関係法人との取引などによって、取り得る選択肢は変わります。

そして、スキームは税負担が軽い方法だけで決めるものではありません。医療を止めずに引き継げるか、必要な契約を承継できるか、過去のリスクがどこまで残るのか、スタッフの雇用をどう扱うのか。こうした点まで含めて判断していく必要があります。

医療法人の場合、事業譲渡、合併、分割、役員・社員構成の変更といった方法ごとに、求められる法人内部の手続や行政対応が異なります。定款、社員総会、理事会、債務、リース、補助金、個人情報などについて、あらかじめ確認しておくことが欠かせません。

第3段階は「事実とリスクを確認する」

デューデリジェンスは、買い手が売り手の欠点を探すためだけの調査ではありません。承継後も事業を継続できるかを確認し、そこで見えてきた課題を、次のように整理していく作業です。

  • そのまま引き継げるもの
  • クロージングまでに修正すべきもの
  • 価格へ反映すべきもの
  • 契約で表明保証や補償の対象とすべきもの
  • 取引そのものを再検討すべき、重大なもの

医療機関の場合、財務・税務・法務・労務に加えて、施設基準、行政届出、診療報酬請求、患者情報、カルテ管理、医療事故、医療機器なども確認の対象となります。

とりわけ医療法人を法人格ごと承継するケースでは、法人に帰属する契約関係や過去のリスクもそのまま残りやすく、調査のもつ意味はいっそう大きくなります。

第4段階は「価格と契約を確定する」

医療機関の譲渡価格は、帳簿上の純資産だけで決まるものではありません。医療機器や内装の実質的な価値、収益力、将来のキャッシュ・フロー、患者基盤、診療圏、スタッフ、紹介関係、前院長への依存度、設備更新の負担、そして税務・労務・施設基準上のリスク。こうした要素を踏まえて考えていきます。

評価の方法としては、時価純資産を基礎とする方法、将来の収益やキャッシュ・フローに着目する方法、類似する取引や企業と比較する方法などがあります。そして実際の価格は、評価結果そのものではなく、譲渡条件、引継ぎ期間、リスクの負担、資金調達、交渉力までを含めて決まっていきます。

契約の段階では、価格はもちろん、譲渡対象、除外する資産・負債、表明保証、補償、従業員、行政手続、患者説明、競業避止、クロージング条件などを、一つひとつ整理していくことになります。

第5段階は「承継後に価値を定着させる」

M&Aは、契約の成立や代金の決済で終わるわけではありません。

  • 患者さんが、変わらず継続して来院してくださること
  • スタッフが、不安を抱えたまま離職してしまわないこと
  • 診療方針と院内ルールが、混乱なく引き継がれること
  • 月次決算、資金管理、レセプト請求、施設基準の管理が途切れないこと

これらが実現して、はじめて承継の目的は達成されます。

中小企業庁の中小PMIガイドラインでも、PMIはM&A成立後の単なる事務処理ではなく、M&Aの目的を実現し、統合効果を最大化するための取組と位置づけられています。そして、それはクロージング後に考え始めるものではなく、M&Aが成立する前から準備しておくべきものだと整理されています。
出典:中小企業庁|中小PMIガイドライン

M&Aは、日常の経営管理が試される場でもある

医療機関のM&Aで確認される資料は、M&Aのためだけに特別に用意する、特殊なものではありません。

  • 過去の決算書
  • 直近の月次試算表
  • 未収金と借入金の一覧
  • 固定資産台帳
  • 不動産・リース・業務委託契約
  • 社員・理事・監事に関する資料
  • 社員総会・理事会の議事録
  • 就業規則、給与台帳、従業員名簿
  • 施設基準の届出と根拠資料
  • 患者数、診療科別の収益、医師別の実績

これらは、買い手に見せるためだけのものではありません。本来は、院長・理事長ご自身が自院の状態を説明するために必要な、経営の資料です。

実際の承継実務でも、決算書・税務申告書、月次試算表、借入残高、減価償却資産、賃貸借・リース・委託契約、職員名簿、院内規程、給与台帳、施設基準、患者数、診療科別収益といった資料が確認されます。

つまりM&Aの準備とは、決算書の見栄えを一時的に取り繕う作業ではないのです。

日頃から月次決算、資料管理、法人運営、内部統制、税務、労務、施設基準を整え、第三者にきちんと説明できる医療機関であること。それが結果として、承継の可能性と医療機関そのものの価値を高めていきます。

詳細コラムは15-1から15-8の順に読む

はじめて医療機関のM&Aを検討される方には、15-1から順にお読みいただくことをおすすめします。

15-1で第三者承継を検討する意味を確認し、15-2でM&A全体の流れをつかみます。15-3では承継スキームの違いを理解したうえで、15-4から15-6にかけて、デューデリジェンス、価値評価、契約・クロージングという実務の中核へと進みます。そして15-7で承継後のPMIを扱い、15-8で相談前に整理しておくべき資料と論点を確認します。

一方、すでに売却や買収の相談を具体的に考えていらっしゃる方には、先に15-8を読み、自院で整理できる情報と専門家の確認が必要な情報とを切り分けたうえで、15-2以降へ進む、という読み方も有効です。

15-1. 廃業ではなく第三者承継を検討すべき医療機関とは

後継者がいないことを理由に廃業を考えている院長・理事長へ向けた、第三者承継の入口となるコラムです。

廃業、親族内承継、第三者承継を比較しながら、患者さん、スタッフ、地域医療、廃業に伴うコスト、譲渡対象といった観点から、第三者承継を検討する意味を整理します。

「そもそも自院がM&Aの対象になり得るのか」「廃業と第三者承継の、どちらを検討すべきなのか」と迷っている方に、まず読んでいただきたい記事です。

15-2. 医療機関M&Aの基本プロセス

医療機関のM&Aがどのような順番で進んでいくのかを、全体像から理解するためのコラムです。

相談、資料の整備、秘密保持契約、ノンネームシート、トップ面談、基本合意、デューデリジェンス、最終契約、クロージングまで、それぞれの役割関係を整理します。

各工程の詳細な検討へ入る前に、どの時点で何を判断し、どこから専門家が関与するのかを確認しておきたい方に適した内容です。

中小企業庁の中小M&Aガイドライン(第3版)でも、事前準備、仲介者・FAの選定、価値評価、マッチング、交渉、基本合意、DD、最終契約、クロージング、ポストM&Aが、一連の流れとして示されています。
出典:中小企業庁|中小M&Aガイドライン(第3版)

15-3. 個人クリニック・医療法人の第三者承継スキーム比較

開設主体や譲渡対象の違いによって、承継の方法がどう変わるのかを整理するコラムです。

個人クリニックから個人へ、個人から医療法人へ、医療法人から個人へ、医療法人から医療法人へ、といった承継のかたちに加え、事業譲渡、医療法人の運営主体の交代、合併・分割などの違いを俯瞰します。

「事業だけを譲渡するのか」「医療法人ごと引き継ぐのか」「税務や行政手続にどのような違いが生じるのか」を考えるうえでの前提となる記事です。

15-4. 医療機関デューデリジェンスで確認される項目

M&Aにあたって、売り手の医療機関がどのような点を確認されるのかを整理するコラムです。

財務・税務だけでなく、法務、労務、医療法務、施設基準、契約、議事録、未収金、カルテ管理など、医療機関ならではの確認領域を扱います。

売り手にとっては「何を整備しておくべきか」を知るための記事であり、買い手にとっては「何を確認しなければ承継後のリスクを把握できないのか」を理解するための記事でもあります。

医療機関のデューデリジェンスでは、社員・役員・出資者の地位、議事録、資産の権利関係、許認可、施設基準、財務諸表、試算表、税務調査、労務資料などを、横断的に確認していく必要があります。

15-5. 医療機関の価値評価と譲渡価格の考え方

医療機関の価値がどのような要素から成り立ち、それが譲渡価格の議論へどうつながるのかを整理するコラムです。

時価純資産、将来キャッシュ・フロー、類似取引、営業権、医療機器、内装、患者基盤、スタッフ、負債、リスク調整など、価格を説明するための主要な判断軸を扱います。

「売上の何年分か」「営業利益の何倍か」といった単純な目安だけでは判断できない理由を理解し、価格を感情論ではなく、数字とリスクにもとづいて考えるための記事です。

15-6. 医療機関M&Aの契約・クロージングで注意すべきこと

デューデリジェンスと価格交渉を経たあと、何を契約で確定し、どのように実行へ移すのかを整理するコラムです。

最終契約、譲渡対象、表明保証、補償、従業員の承継、行政届出、患者・スタッフへの説明、競業避止、クロージング条件などを扱います。

契約書の文言だけでなく、その契約内容を現実に実行できるのか、クロージング当日に医療の提供と経営管理が途切れないのかまで確認するための記事です。

15-7. 承継後PMIで医療機関の価値を守る

契約が成立したあとに、患者さん、スタッフ、診療体制、経営管理を安定させていくためのコラムです。

スタッフ説明、患者説明、診療方針、院内ルール、月次決算、資金管理、採用、広報、そして組織文化の統合を扱います。

買い手にとっては「買収後に何をするか」を考える記事であり、売り手にとっては「自院がどのように引き継がれるべきか」という条件を整理する記事でもあります。

M&Aの価値は、買収時点の数字だけで決まるものではありません。承継後に患者さんとスタッフが残り、経営管理がきちんと機能するかどうかによって、大きく左右されます。

15-8. 医療機関M&Aを相談する前に整理すべき資料と論点

売却・買収を専門家へ相談したいけれど、何から準備すればよいか分からない、という方に向けたコラムです。

譲渡の理由、希望条件、希望時期、決算書、月次資料、借入、契約、議事録、従業員、施設基準、税務リスクなど、相談の前に整理しておきたい項目を扱います。

すべての資料を完璧にそろえてから相談する必要はありません。何が整っていて、何がまだ未整備なのかを把握し、相談の場で優先順位をつけていくための記事です。

売り手と買い手では、同じ資料でも見る目的が異なる

売り手にとって重要なのは、医療機関の価値を過不足なく説明し、希望条件とリスクの情報を明確に示すことです。

売上や利益をよく見せることよりも、どの収益が前院長に依存しているのか、どのスタッフや診療機能が承継可能なのか、どの設備更新や借入返済が残るのかを、きちんと説明できることが重要です。

一方の買い手は、その医療機関を「買えるか」だけでなく、「買ったあとに運営できるか」まで見なければなりません。

たとえ買収資金を調達できても、管理者となる医師がいない、スタッフが離職してしまう、施設基準を維持できない、月次決算が締まらない、追加の運転資金が不足する。こうした状況では、M&Aの目的は達成できません。

売り手と買い手では立場は異なりますが、どちらにも共通して必要なのは、あとから第三者にきちんと説明できる、事実と数字です。

仲介・FA・専門家の役割を混同しない

医療機関のM&Aには、仲介会社、FA、金融機関、公認会計士、税理士、弁護士、社会保険労務士、行政書士など、複数の支援者が関与することがあります。

ここで大切なのは、誰か一人にすべてを任せてしまうのではなく、それぞれの役割を明確に分けることです。

  • 仲介・FAは、案件の形成、候補者の探索、交渉支援、進行管理を担います。
  • 公認会計士・税理士は、財務資料の信頼性、税務、資金、価値評価、財務・税務DDなどを整理します。
  • 弁護士は、契約、法務DD、表明保証、補償、紛争リスクを確認します。
  • 労務や行政手続については、それぞれの専門家との連携が欠かせません。

中小M&Aガイドライン(第3版)は、支援内容と手数料、仲介者の利益相反、DD、表明保証、クロージング後の対応、専門家間の連携などを、確認すべき事項として整理しています。支援機関を選ぶ際には、登録の有無だけでなく、誰の立場に立って支援するのか、どこまでが報酬に含まれるのか、そして医療機関特有の制度に対応できるのかまで確認しておきたいところです。
出典:中小企業庁|中小M&Aガイドライン(第3版)

なお、中小企業庁は2026年度もM&A支援機関登録制度を運用しています。これは、中小M&Aガイドラインの理解と普及を図り、支援機関に一定の規律を設けることを目的とした制度です。登録は確認材料の一つにはなりますが、個別の案件における支援の品質や、医療分野への専門性までを自動的に保証するものではありません。
出典:中小企業庁|M&A支援機関登録制度の申請受付(令和8年度公募)について

労務・患者情報・行政手続は最新制度で確認する

医療機関のM&Aでは、会計や税務だけでなく、スタッフと患者さんに関する取扱いも重要になります。

事業譲渡に伴う労働関係については、厚生労働省の「事業譲渡又は合併を行うに当たって会社等が留意すべき事項に関する指針」が改正され、2026年5月25日から改正後の指針が適用されています。実際の承継にあたっては、雇用契約、労働条件、従業員への説明や承諾、労働組合等との協議について、採用するスキームと最新の法令・指針を照らし合わせて確認する必要があります。
出典:厚生労働省|「事業譲渡又は合併を行うに当たって会社等が留意すべき事項に関する指針」の一部改正について

診療録等の個人データについては、個人情報保護委員会が、合併その他の事由による事業承継に伴う提供の場合、承継先の医療機関は第三者に該当せず、患者の同意がなくても提供できると整理しています。ただし、情報漏えいの防止、利用目的、安全管理、患者への説明、システムの移行などは、別途あらためて検討しなければなりません。
出典:個人情報保護委員会|医療機関の廃止等の理由により、別の医療機関が業務を承継することになりましたが、診療録等の個人データを提供する際に、患者の同意が必要なのでしょうか。

また、医療法人の合併・分割、定款、社員総会、理事会、事業報告、行政への認可・届出などについては、現行の医療法、医療法施行規則、そして都道府県・保健所・地方厚生局の運用を確認しておく必要があります。
出典:e-Gov法令検索|医療法

親族内承継・相続・持分対策との境界

本テーマで扱うのは、第三者承継とM&Aです。

親族内承継、個人医院をお子さまへ引き継ぐ場合の相続・贈与、医療法人の出資持分評価、持分なし医療法人への移行、認定医療法人制度、役員退職金、非医師相続人との調整については、第14テーマ「医業承継・相続・持分対策」で詳しく取り上げます。

親族内承継を第一候補としつつ、第三者承継とも比較して考えたい場合には、まず第14テーマで家族・相続・持分の論点を整理し、そのうえで本テーマの15-1、15-2、15-3へ進んでいただくと、選択肢を比べやすくなります。

第三者承継・M&Aを考え始めた医療機関の方へ

M&Aを相談する時点で、売却や買収を決め切っている必要はありません。

  • 第三者承継を検討すべき状況なのか。
  • 親族内承継や廃業と比較して、どの選択肢が現実的なのか。
  • 月次資料、借入、契約、法人議事録、労務、施設基準に、どのような課題があるのか。
  • 希望価格と、第三者に説明できる価値との間に、どのような差があるのか。
  • 承継後に患者さんとスタッフを守る体制をつくれるのか。

こうした論点を早めに整理しておくことが、選択肢を狭めることなく経営判断を行うための、第一歩になります。

犬飼公認会計士・税理士事務所では、医療機関の第三者承継・M&Aについて、取引を成立させること自体を目的とはせず、月次決算、財務・税務、資金繰り、医療法人運営、資料の整備、価値評価、デューデリジェンス、そして承継後の管理までを、一つながりの流れとして整理します。

売るべきか、買うべきかという結論を先に決めてしまうのではなく、経営者ご自身が納得して判断できる事実、数字、選択肢、制約条件を整えたい。そうお考えの方は、お問い合わせページよりご相談ください。

重要事項の振り返り

段階主な判断論点対応する詳細コラム
選択肢の検討廃業、親族内承継、第三者承継のどれを検討するか15-1
全体の把握M&Aがどのような順序で進むか15-2
スキーム設計個人・医療法人、事業譲渡、法人承継等をどう選ぶか15-3
リスク確認財務・税務・法務・労務・医療法務で何を確認するか15-4
価格判断純資産、収益力、将来性、患者基盤、リスクをどう評価するか15-5
契約・実行譲渡対象、表明保証、補償、行政手続、クロージングをどう整えるか15-6
承継後経営患者、スタッフ、診療方針、月次管理をどう安定させるか15-7
相談前準備希望条件、決算書、月次資料、借入、契約、議事録等をどう整理するか15-8