M&Aや組織再編を検討するとき、税務は避けて通れない論点です。
株式譲渡にするのか、それとも事業譲渡にするのか。合併、会社分割、株式交換、株式移転、株式交付、自己株式取得といった手法をどう組み合わせるのか。グループ内で会社を整理するのか、あるいは第三者への承継や買収を見据えるのか。
選んだ手法によって、売主に課される税金、買主側の取得価額、将来の減価償却、繰越欠損金の利用可否、みなし配当、消費税、登録免許税、不動産取得税、そしてグループ通算制度への影響まで、すべてが変わってきます。
ここで注意しておきたいのは、M&A・組織再編における節税判断とは、「税金が最も少なくなる手法を選ぶこと」ではない、という点です。
税金だけを見れば有利に映る手法であっても、実行に時間がかかる、契約や許認可の承継に支障が出る、簿外債務を引き継いでしまう、金融機関に説明しにくい、将来の税務調査で取引目的を説明できない、といった問題が生じることは少なくありません。
M&Aのストラクチャリングは、税務コストだけで決めるものではありません。時間、法務手続、会計処理、資金調達、専門家コスト、実行後の管理コストまでを含めて判断する必要があります。ストラクチャーを「コスト・時間・リスク」という観点から捉える実務感覚は、税務判断においても等しく重要になります。
M&A・組織再編の節税は「税額圧縮」ではなく「ストラクチャー判断」である
M&Aや組織再編では、同じ経済目的を達成する場合でも、法的な手法が複数存在します。
会社ごと取得するなら株式譲渡、事業だけを切り出すなら事業譲渡や会社分割、グループ内の会社を一体化するなら合併、完全子会社化するなら株式交換や株式交付、資本を整理するなら自己株式取得や資本の払戻し。目的に応じて、候補となる手法は変わってきます。
しかし税務上は、これらを単なる手続の違いとして片づけることはできません。
誰が売主となり、誰に所得が発生するのか。移転する資産を時価で譲渡したものとして扱うのか。株主の旧株について譲渡損益を認識するのか。配当とみなされる部分はないか。繰越欠損金や含み損を引き継げるのか。そして買主は、取得後にどのような税務メリットとリスクを負うのか。
これらが、選ぶ手法によって大きく変わります。
資産が移転する場合には、その移転資産の譲渡損益に課税するのが原則であり、組織再編成についても、この考え方が基本になります。一方で、経済実態に実質的な変更がないと考えられる適格組織再編成については、移転資産等の譲渡損益や株主の株式譲渡損益の計上を繰り延べる仕組みが整えられています。
（出典：財務省｜組織再編税制に関する資料）
つまり、M&A・組織再編における節税判断の中心は、「税率を下げること」ではありません。どの法形式を選べば、どの当事者に、いつ、どのような所得・損失・税額が生じるのかを比較すること。ここに判断の核心があります。
まず分けるべきは「売主課税」と「買主課税」
M&A税務で最初に整理すべきは、売主側の税務と買主側の税務を切り分けることです。
売主にとって有利な手法が、買主にとっても有利とは限りません。反対に、買主にとって取得後の税務メリットが大きい手法が、売主側に重い課税を生じさせることもあります。
売主課税で見るべきこと
売主側では、主に次の点を確認します。
- 売却対象が株式なのか、事業なのか
- 売主が個人なのか、法人なのか
- 譲渡所得になるのか、それとも配当所得・みなし配当になるのか
- 法人株主であれば、受取配当等の益金不算入が関係するのか
- 対価が金銭なのか、株式なのか
- 課税を繰り延べられる余地があるのか
特に注意したいのは、M&Aや組織再編では、会社法上の配当ではなくても、税務上は配当とみなされる場面があることです。非適格合併、分割型分割、株式分配、資本の払戻し、自己株式取得などでは、譲渡損益だけでなく、みなし配当の有無まで確認しなければなりません。みなし配当とは、実質的に配当と変わらない経済的利益を、税務上の配当として扱う考え方です。
このため、売主側の節税判断は、「譲渡益がいくらか」だけでは足りません。譲渡所得として課税される部分、配当として扱われる部分、源泉徴収の要否、法人株主と個人株主の違い、株主ごとの税負担の差まで、あわせて見ていく必要があります。
買主課税で見るべきこと
買主側では、主に次の点を確認します。
- 取得したものが株式なのか、資産・負債なのか
- 取得価額をどの資産に配分するのか
- のれんや資産調整勘定が生じるのか
- 取得後に減価償却や損金算入が可能か
- 対象会社の繰越欠損金を使えるのか
- 消費税や不動産取得税などの間接税・流通税が生じるのか
- 簿外債務や税務リスクを引き継ぐのか
買主にとっては、買収価格そのものだけでなく、買収後に税務上どこまで回収できるかも重要な視点になります。
たとえば株式譲渡では、対象会社の法人格がそのまま残るため、契約や許認可を維持しやすい反面、対象会社の過去の税務リスクや簿外債務も一緒に残ります。事業譲渡では、必要な資産・負債を選別しやすい一方で、個別の契約承継や許認可、消費税、登録手続といった論点が増えていきます。
合併は包括承継という強みを持ちますが、簿外債務や保証債務まで引き継ぐ点には注意が必要です。合併には、シナジー、管理コストの削減、包括承継、損益通算といったメリットがある一方で、許認可、組織の融合、給与水準の統一、簿外債務、繰越欠損金の制限といったデメリットも伴います。
したがって買主側の節税判断は、「買収後にどれだけ税務メリットを取れるか」だけでなく、「どのリスクを引き継ぐのか」を見極める作業でもあるのです。
課税繰延べは「非課税」ではない
組織再編税制でよく生じる誤解が、「適格組織再編なら税金がかからない」という理解です。
正確には、多くの場合、「課税が繰り延べられる」と捉える必要があります。
適格合併や適格分割などでは、一定の要件を満たすことで、移転する資産・負債を税務上の帳簿価額のまま引き継ぎ、移転時点での譲渡損益を認識しない取扱いが認められることがあります。これは、組織再編の前後で資産に対する支配や事業の実態が継続していると考えられるため、移転の時点で直ちに課税しない、という考え方に立つものです。
（出典：財務省｜組織再編税制に関する資料）
しかし、課税そのものが消えるわけではありません。
帳簿価額で引き継ぐということは、含み益も含み損も、そのまま将来へ持ち越すということです。やがてその資産を売却したり、減価償却したり、事業を再び再編したりする段階で、過去から持ち越された税務上の効果が姿を現します。
このため、適格組織再編は「節税手法」というより、「課税関係を将来へ継続させる手法」と捉えるのが実態に近いといえます。
目先の納税を避けられることは、たしかに大きなメリットになり得ます。ただしその代わりに、将来の課税、欠損金の制限、含み損の制限、株主側の課税、会計上の損益、税効果会計への影響まで、視野に入れて検討しておく必要があります。
繰越欠損金は「買えば使える」ものではない
M&A・組織再編において、節税目的が前面に出やすい論点の一つが繰越欠損金です。
赤字会社を買収したり、赤字子会社を合併したりすれば、その欠損金を黒字会社の利益と相殺できるのではないか。そう考えたくなる場面は、たしかにあります。
しかし繰越欠損金は、会社を取得したからといって自由に使えるものではありません。
適格合併が行われた場合には、一定の要件のもとで、被合併法人の未処理欠損金額を合併法人が引き継ぐ取扱いがあります。その一方で、支配関係の発生時期、みなし共同事業要件、特定資産譲渡等損失相当額などによって、欠損金の引継ぎや利用が制限される場合もあります。適格合併における未処理欠損金額の引継ぎについては、支配関係の継続期間やみなし共同事業要件との関係を踏まえて判断していくことになります。
（出典：国税庁｜被合併法人から引継ぎを受ける未処理欠損金額に係る制限の適用除外について）
また、持株会社と事業会社の合併においては、みなし共同事業要件の一つである事業関連性要件の検討が求められます。ここからも、欠損金や含み損の利用を判断する際には、単なる資本関係だけでなく、事業の関連性や実態が重要になることが見えてきます。
（出典：国税庁｜持株会社と事業会社が合併する場合の事業関連性の判定について）
組織再編税制の濫用例としては、繰越欠損金や含み損のある会社を買収し、それを利用するために組織再編成を行う類型が指摘されています。組織再編税制の基本的な考え方から乖離した行為や、個別防止規定の潜脱は、行為計算否認の問題へとつながり得るものです。
（出典：国税庁 税務大学校｜組織再編成に係る行為計算否認規定の適用について）
したがって、繰越欠損金を含むM&Aでは、次の問いを避けて通ることはできません。
- その欠損金は、どの事業から生じたものか
- 支配関係は、いつから継続しているか
- 共同事業として説明できる実態があるか
- 含み損を利用するためだけの再編に見えないか
- 再編後も、その事業は継続されるか
- 仮に欠損金を利用できるとして、将来の税務調査で説明できるか
「欠損金があるから節税になる」という理解は危険です。欠損金は、使える場面では大きな税務効果を生みますが、その分だけ、制度上も税務調査上も慎重に見られる論点だからです。
グループ通算制度は「グループ内の赤字を自由に使える制度」ではない
グループ会社が複数ある場合には、グループ通算制度も節税判断に関わってきます。
グループ通算制度とは、一定の完全支配関係にある企業グループ内で、各法人が個別に法人税額を計算・申告しながら、損益通算や欠損金の通算を行う制度です。この制度では、時価評価課税、欠損金の切捨て、外国税額控除や研究開発税制といった個別制度の調整が伴います。
（出典：国税庁｜No.5900 グループ通算制度の概要）
制度は令和4年4月1日以後に開始する事業年度から適用されており、通算制度の開始時・加入時には、過年度の欠損金が切り捨てられる場合があります。
（出典：国税庁｜グループ通算制度に関するQ&A、出典：国税庁｜通算制度の開始・加入の際の過年度の欠損金額の切捨て）
グループ通算制度は、黒字会社と赤字会社をグループ内で調整できるため、税負担の平準化に役立つ場面があります。ただし、開始・加入・離脱時の時価評価、欠損金の切捨て、投資簿価修正、税効果会計、地方税への影響、申告管理体制まで含めて考える必要があります。損益通算だけでなく、欠損金の切捨てや時価評価を伴う制度である点は、実務上とりわけ重要な論点です。
そのため、M&A後に対象会社をグループ通算へ加入させる場合や、グループ内再編と通算制度を組み合わせる場合には、単に「赤字を使えるか」ではなく、「加入時に何が切り捨てられ、何が評価され、何が将来の申告管理に残るのか」を確認しておく必要があります。
債務超過会社・再生局面の再編は、節税よりも「損失と債務の処理」が中心になる
債務超過会社を合併する。オーナー貸付金をDESにする。債権放棄を行う。第二会社方式を検討する。こうした再生局面の組織再編は、「節税」という言葉だけでは整理しきれません。
ここで問題になるのは、債務免除益、繰越欠損金、DESに伴う資本金等の額、株価への影響、みなし贈与、金融機関対応、会社法上の手続、会計処理、そして税務申告との整合性です。
債務超過会社を被合併法人とする吸収合併では、会社法上の手続、会計上の処理、税務上の欠損金・含み損の取扱いが複雑に絡み合います。たとえば、簡易合併の可否、債権者保護、受入純資産がマイナスとなる場合の会計処理など、通常の合併とは異なる論点が次々に生じます。
また、オーナーから会社への貸付金を整理する場合には、債権放棄、DES、擬似DES、退職金との相殺、代物弁済など、複数の手法が考えられます。ただし債権放棄を行えば、会社側で債務免除益が生じ、株価の上昇に伴うみなし贈与が問題になることもあります。
再生局面での節税判断とは、突き詰めれば、「損失をどこで認識するか」「債務免除益をどう受け止めるか」「欠損金で吸収できるか」「金融機関や株主に説明できるか」という問題です。
税務上の処理だけを先に決めてしまうのではなく、事業再生の目的、資金繰り、債権者との関係、既存株主の責任、後継者やスポンサーの関与まで含めて設計していく必要があります。
専門家コストは「余分な費用」ではなく、判断ミスを防ぐためのコストである
M&A・組織再編では、専門家コストをどう捉えるかも重要な論点になります。
税務、会計、法務、労務、財務デューデリジェンス、バリュエーション、契約交渉、登記、許認可、金融機関対応。関係する専門領域は多岐にわたります。費用を抑えたいという発想そのものは自然ですが、必要な検討を省いてしまうと、取引後に大きなコストとなって戻ってくることがあります。
M&Aの実務では、M&A専門業者の業務内容や手数料、FA・仲介者による説明、利益相反、最終契約後のトラブル、経営者保証などが、重要な論点として整理されています。2024年8月の第3版改訂では、手数料や提供業務の内容・質、仲介者・FAに求められる説明、不適切な譲り受け側への対応などが、あらためて追加・整理されました。
（出典：中小企業庁｜中小M&Aガイドライン）
税務面でも、事情は変わりません。
専門家コストを削るために、ストラクチャー比較、税務デューデリジェンス、契約書の税務条項の確認、税務リスクの記録化を省いてしまうと、後日、追徴課税、損害賠償、金融機関との説明の食い違い、買主・売主間の紛争へとつながりかねません。
税理士や公認会計士の助言においても、リスクの高い処理を行う場合には、検討の過程、説明した内容、依頼者の判断、資料の受領状況を記録しておくことが欠かせません。税賠事故の予防という観点からも、税務論点の検討結果やクライアントへのリスク伝達を記録に残しておくことが重視されます。
M&A・組織再編の専門家コストは、単なる外注費ではありません。判断の前提を整えるための費用であり、税務リスクを可視化するための費用でもあります。将来の説明可能性を確保し、取引後に「知らなかった」「聞いていなかった」を防ぐための費用でもあるのです。
価格だけで専門家を選んでしまうと、最も大切な「判断の質」が抜け落ちてしまうことがあります。
M&A・組織再編で節税判断を行うときの基本順序
M&A・組織再編の節税判断では、いきなり手法を選ばないことが何より重要です。
まず確認したいのは、取引の目的です。
事業承継なのか。不採算事業の切離しなのか。グループ内の管理コスト削減なのか。少数株主の整理なのか。資金調達なのか。再生局面の債務整理なのか。第三者への売却なのか。あるいは買収後のPMIを見据えた統合なのか。目的が違えば、選ぶべき手法もおのずと変わってきます。
次に、各手法の課税関係を比較します。
株式譲渡では誰に譲渡益が出るのか。事業譲渡では対象会社に譲渡益が出るのか。合併では適格・非適格のどちらになるのか。会社分割では資産の移転と株主課税がどうなるのか。自己株式取得ではみなし配当が発生するのか。そしてグループ通算や欠損金制限に影響するのか。こうした点を、手法ごとに並べて見ていきます。
そのうえで、資金繰りを確認します。
たとえ税額が少なくても、対価の支払い、借入返済、専門家費用、登録免許税、不動産取得税、消費税、退職金、金融機関対応費用、PMI費用が重くのしかかれば、取引全体としては苦しくなることがあります。
さらに、証拠資料を整えます。
取締役会・株主総会の議事録、ストラクチャー比較資料、税務試算、財務デューデリジェンス資料、契約書、バリュエーション資料、資金繰り表、金融機関説明資料、再編後の事業計画。これらを揃え、後から「なぜこの手法を選んだのか」を説明できる状態にしておくことが重要です。
最後に、将来への影響を確認します。
再編後の会計処理、税効果会計、欠損金の利用、グループ通算、役員報酬、退職金、株主構成、相続税評価、金融機関の格付、そしてM&A後の追加再編まで。ここまで見ておいて、はじめて判断が定まります。
危険な節税になるM&A・組織再編の特徴
M&A・組織再編を使った節税が危険になるのは、制度を使うこと自体が悪いからではありません。
問題になるのは、制度の趣旨と実態がずれている場合です。
たとえば、次のような発想は、慎重に検討すべきものです。
- 繰越欠損金を使うためだけに、赤字会社を買う
- 含み損を実現するためだけに、再編する
- 配当課税を避けるためだけに、自己株式や資本取引を組む
- 事業の移転実態がないのに、会社分割の形だけを使う
- 将来すぐに売却する予定なのに、支配や事業の継続を前提に適格再編を組む
- 取引目的を説明する資料がなく、税務メリットだけが稟議書に残っている
- 契約書、議事録、資金移動、会計処理が一致していない
組織再編成に係る行為計算否認規定については、組織再編税制の基本的な考え方からの乖離、組織再編成の濫用、個別防止規定の潜脱という観点から整理されています。
（出典：国税庁 税務大学校｜組織再編成に係る行為計算否認規定の適用について）
また、節税、租税回避、脱税、税務否認の境界は、単に法形式だけで決まるものではありません。租税法律主義のもとで制度を適用すること自体は当然に認められますが、取引の実態、経済合理性、事業目的、証拠資料、説明可能性が伴わない場合には、税務否認のリスクが高まります。
M&A・組織再編は金額が大きく、関係者も多く、影響が及ぶ期間も長くなります。そのぶん、危険な節税になってしまったときのダメージも大きくなるのです。
「節税できるか」よりも先に確認すべきこと
M&A・組織再編で最初に確認すべき問いは、「どれが一番節税になるか」ではありません。
先に立てるべきは、次のような問いです。
- この取引の本来の目的は何か
- 税務メリットがなくても、この取引を行う合理性はあるか
- 売主・買主・対象会社・株主の課税関係を、分けて整理できているか
- 取引時の税金と、取引後の税金を、分けて見ているか
- 課税繰延べを、非課税と誤解していないか
- 繰越欠損金や含み損について、利用制限を確認しているか
- みなし配当や源泉税を見落としていないか
- 消費税、地方税、不動産取得税、登録免許税まで含めて、資金繰りを見ているか
- 再編後の会計処理、税効果会計、グループ通算、申告管理まで見ているか
- 税務調査で、取引目的と実行過程を説明できる資料が残るか
これらを整理して、はじめて「税務上どの手法が適切か」を検討できる段階に立てます。
M&A・組織再編の相談は、手法を決める前に行うべき
M&A・組織再編の税務相談で最も避けたいのは、手法がほぼ固まった後に、「この形で税務上問題ありませんか」と確認することです。
この段階では、すでに基本合意書、金融機関への説明、相手方との交渉、社内決裁、スケジュールが進んでおり、税務上より望ましい選択肢があったとしても、もう戻れないことがあります。
本来は、次のような段階ごとに、税務・会計・法務を横断して整理していくべきものです。
- 取引目的を整理する段階
- 複数のストラクチャーを比較する段階
- 基本合意の前に、税務影響を試算する段階
- デューデリジェンスの範囲を決める段階
- 最終契約書に税務条項を入れる段階
- クロージング後の申告・会計処理・PMIを設計する段階
M&A・組織再編では、税務だけを切り離して判断することはできません。会社法上の手続、会計処理、金融機関対応、株主対応、契約実務、税務調査リスクが、一体となって動いていくからです。会社法上の組織再編行為と、法人税法上の組織再編税制の範囲は、必ずしも一致しません。だからこそ、法務上の手法と税務上の取扱いを切り分けて確認しておくことも大切になります。
（出典：e-Gov法令検索｜会社法、出典：e-Gov法令検索｜法人税法）
まとめ
M&A・組織再編における節税判断は、単に税額を減らすためのテクニックではありません。
売主課税、買主課税、課税繰延べ、繰越欠損金、含み損、みなし配当、グループ通算、消費税、地方税、専門家コスト、税務調査リスク。これらすべてを視野に入れて、取引全体を設計していく作業です。
重要なのは、税金が少なくなるかどうかだけではありません。
- その取引に、事業目的があるか
- 実態が伴っているか
- 資金繰りに耐えられるか
- 会計・法務と整合しているか
- 将来の税負担を見落としていないか
- 金融機関、株主、後継者、そして税務署に説明できるか
M&A・組織再編は、うまく設計すれば、会社の成長、承継、再生、グループ経営の整理に、大きく役立ちます。反対に、税務メリットだけを目的に進めてしまうと、後から否認リスク、資金流出、契約トラブル、信用の低下につながることがあります。
犬飼公認会計士・税理士事務所では、M&A・組織再編を検討する段階から、税務・会計・財務・法務上の論点を整理し、ストラクチャーごとの税務影響、資金繰り、実行上のリスク、必要となる資料を確認する支援を行っています。
M&Aや組織再編について、「どの手法がよいか」ではなく、「自社の目的と将来に照らして、どの手法なら説明できるか」を整理したいときは、犬飼公認会計士・税理士事務所HPのお問い合わせページからご相談ください。
振り返り
| 論点 | 確認すべきこと | 判断を誤ると起こり得ること |
|---|---|---|
| 売主課税 | 株式譲渡・事業譲渡、みなし配当、個人株主と法人株主の違い | 想定外の所得税・法人税・源泉税が発生する |
| 買主課税 | 取得価額、のれん、減価償却、税務リスクの承継 | 買収後の税務メリットを過大に評価する |
| 課税繰延べ | 適格組織再編の要件、帳簿価額の引継ぎ、将来課税 | 非課税と誤解し、将来の負担を見落とす |
| 繰越欠損金 | 支配関係、みなし共同事業要件、含み損の制限 | 欠損金を使える前提で進めた再編が崩れる |
| みなし配当 | 自己株式取得、資本の払戻し、非適格再編 | 譲渡益だけを見て、配当課税を見落とす |
| グループ通算 | 加入・離脱時の時価評価、欠損金の切捨て、申告管理 | 損益通算の効果だけを見て、制度負担を見落とす |
| 債務超過・再生 | 債務免除益、DES、株価、金融機関対応 | 税務処理と再生計画が整合しない |
| 専門家コスト | 税務・会計・法務・DD・契約確認の範囲 | 初期費用を抑えた結果、後から大きな修正コストが出る |
| 税務調査対応 | 取引目的、議事録、契約書、資金移動、税務試算 | 形式だけの再編とみなされ、否認リスクが高まる |
