従業員持株会・少数株主対策と節税判断

非上場会社の事業承継では、「株価をどう下げるか」と同じくらい、「いま誰が株を持っているのか」が重くのしかかってきます。

一見すると創業者一族だけで株式を握っているように思える会社でも、過去の出資、役員の退任、従業員への株式付与、親族間の贈与、相続、名義株、退職者の持ち分――こうしたものが少しずつ積み重なり、気づけば株式が思いのほか分散していることは珍しくありません。

そうした会社では、たとえば次のような悩みが表面化してきます。

• 後継者に株式を集めたいのに、昔の役員や従業員がいまも株を持っている
• 少数株主がいるため、M&Aの買主から株式の整理を求められた
• 従業員持株会を作れば相続税対策になると聞いたが、本当にそうなのか
• 退職した従業員が株を持ったままで、そもそも連絡が取りにくい
• 会社が自己株式として買い取るべきか、後継者が買うべきか、判断がつかない
• 相続税評価額で買い取れば安全なのかどうか、確信が持てない

従業員持株会や少数株主対策は、設計次第で大きな力を発揮します。安定株主の形成、従業員の経営参加意識、後継者への議決権の集中、そして将来のM&A準備。どれも、会社の土台を支える施策です。

ただ、これらを「株価を下げるための節税策」としてだけ眺めてしまうと、話は一気に危うくなります。

株式は、税務上の財産であると同時に、会社の支配権そのものだからです。たとえ少数の株式であっても、議決権や配当請求権、株主総会での権利行使、帳簿の閲覧請求、反対株主による株式買取請求、M&A時の同意取得といった、経営を左右しかねない権利がついて回ります。

この記事では、従業員持株会と少数株主対策を、単なる節税の枠から離して、事業承継・資本政策・M&A準備・税務リスクという視点から整理していきます。

株主構成の整理は、節税策ではなく経営権の整理である

自社株対策と聞くと、多くの経営者はまず「株価をどう下げるか」に意識が向きます。

たしかに、非上場株式の評価額が高くなれば、相続税や贈与税の負担は重くなります。後継者が株式を取得するための資金も、それだけ多く必要になります。ですから、株価への対策そのものは大切です。

けれども、事業承継で本当に問われるのは、「後継者が経営に必要な議決権を確保できるかどうか」です。

いくら株価を下げたところで、株式が分散していて重要な決議が通らない、M&Aの局面で全株主の同意が取れない、退職者や相続人が買取価格に納得しない、名義株主と実質株主の関係が曖昧なまま――こうした状態では、承継の設計としては足りません。

中小企業庁の事業承継ガイドラインでも、事業承継を単なる「株式の承継」と「代表者の交代」として捉えるのではなく、後継者にとって引き継ぐに値する企業であるか、経営基盤を強化できているかが重要だという整理がなされています。従業員承継の場面では、従業員持株会や種類株式、持株会社を活用するスキームが広がりつつある一方で、親族株主の了解、他の役員・従業員との関係、経営者保証といった点にも目配りが必要だとされています。
出典：中小企業庁｜事業承継ガイドライン

つまり、株主構成の整理は、相続税評価を下げるための技術ではありません。後継者が会社を安定して率いていけるようにするための、経営権の整理なのです。

まず確認すべきは「誰が何株持っているか」では足りない

少数株主対策の第一歩は、株主名簿の確認です。

とはいえ、実務では株主名簿だけでは足りません。名簿に名前が載っている人が、そのまま実際の権利者だとは限らないからです。

確認しておきたい項目は、次のとおりです。

確認項目	実務上の確認ポイント
株主名簿	現在の登録株主、保有株式数、住所、連絡先
実質株主	名義株、親族名義、過去の立替出資、贈与の実態
株券発行の有無	株券発行会社か、株券不発行会社か
定款	譲渡制限、相続人等への売渡請求、種類株式の有無
株式移動履歴	設立時出資、増資、贈与、売買、相続、退職時の処理
株主間契約	退職時買取、譲渡制限、議決権行使、買戻し条項
退職者株主	退職後も保有している株式の有無
死亡株主	相続人、遺産分割、名義変更の状況
所在不明株主	通知が届かない株主、連絡不能株主
従業員持株会	規約、会員資格、退会時処理、議決権行使方法

ここで大切なのは、株主名簿上の形式だけで判断しないことです。

たとえば、設立時に人数合わせのために親族や知人の名前を借りて株主とし、実際には創業者が資金を出していた、というケースがあります。こうした名義株を整理しないまま承継やM&Aに進むと、後になって「本当の株主は誰なのか」が問題として持ち上がってきます。

株主構成の整理は、税務以前の話として、会社の所有関係を確定させる作業だと考えてください。

従業員持株会は何のために使うのか

従業員持株会は、従業員が会社の株式を保有するための仕組みです。

非上場会社では、上場会社のように市場で自由に売買できるわけではありません。だからこそ、従業員持株会の設計には慎重さが求められます。

従業員持株会の目的は、おおむね次のように整理できます。

目的	内容
従業員の経営参加意識	従業員に株主としての意識を持ってもらう
福利厚生・資産形成	配当や奨励金を通じた従業員への還元
安定株主の形成	会社方針を理解する株主層を作る
株式分散の管理	個別従業員に直接株式を持たせず、持株会で管理する
事業承継対策	オーナー保有株式の一部を移転し、後継者の負担を調整する
M&A準備	株式管理を明確化し、将来の株式譲渡を整理しやすくする

ここで注意したいのが、目的の曖昧な従業員持株会です。

「相続税評価が下がるから」「配当還元方式が使えるから」「従業員名義に分ければ株価が下がるから」――こうした動機だけで持株会を作ってしまうと、税務上も法務上も危うい橋を渡ることになります。

従業員持株会は、従業員が実際に資金を拠出し、会員資格が明確で、退職時の処理が決まっており、議決権行使や配当の帰属が規約に沿って運用されている、という実態を伴っていなければなりません。

形だけ従業員持株会を整え、実際にはオーナーが資金を出し、従業員には権利もリスクもなく、株式だけを移したように見せる。そのような設計は、後から説明できる資本政策とはいえません。

「配当還元方式が使えるから従業員持株会」という発想の危険性

従業員持株会を使った自社株対策で、よく登場するのが「配当還元方式」という言葉です。

取引相場のない株式の評価については、相続や贈与などで株式を取得した株主が、発行会社の経営支配力を持つ同族株主等にあたるのか、それ以外の株主なのかによって、原則的評価方式か、特例的評価方式である配当還元方式かが分かれます。配当還元方式は、同族株主以外の株主が取得した株式について原則的評価方式に代えて用いられる特例的な方式で、1年間の配当金額を一定の利率で還元して評価するものです。
出典：国税庁｜No.4638 取引相場のない株式の評価

この仕組みだけを見ると、「従業員に株を持たせれば安く評価できる」と考えたくなるかもしれません。

しかし、ここで必ず切り分けておくべきことがあります。

区分	内容
相続税・贈与税の評価	財産評価基本通達に基づく評価
実際の売買価格	当事者間で合意する取引価格
会社法上の公正な価格	株式買取請求やスクイーズアウト等で問題となる価格
M&A上の価格	買主が企業価値・リスクを見て判断する価格
税務上の時価	所得税・法人税・相続税で問題となる時価

配当還元方式で評価できる場面があるとしても、それがそのまま、あらゆる株式売買の価格として安全だという意味にはなりません。

従業員への譲渡価格が低すぎれば、譲渡人側の課税、譲受人側の経済的利益、既存株主への利益移転が問題になることがあります。反対に、退職従業員から会社が高く買い取れば、会社資金の流出、他の株主との公平性、みなし配当、贈与や寄附金的な問題が顔を出してきます。

非上場株式の評価は、今後の制度改正にも注意を払っておく必要があります。国税庁は令和8年4月、取引相場のない株式の相続税評価をめぐり、評価方式間の評価額のかい離や配当還元方式の還元率などの指摘を踏まえて、有識者会議を開催すると公表しています。あわせて、令和8年3月25日付で、純資産価額方式における法人税額等相当額に関する財産評価基本通達の改正も公表されています。
出典：国税庁｜「取引相場のない株式の評価に関する有識者会議」の開催について
出典：国税庁｜「財産評価基本通達の一部改正について」通達のあらまし

従業員持株会を節税策として使おうとするときほど、評価の時点、評価の目的、株主区分、そして将来の改正動向を、あらためて確認しておきたいところです。

従業員持株会で実務上問題になりやすい点

従業員持株会は、作ること自体よりも、運用し続けることのほうがずっと難しい制度です。

とりわけ非上場会社では、株式に市場価格が存在しないため、入会時・退会時の価格をどう設計するかが悩みどころになります。

論点	問題になりやすい点
入会資格	正社員のみか、役員・パート・子会社従業員を含むか
拠出方法	従業員本人の資金か、会社の奨励金か、オーナー負担か
株式取得価格	相続税評価額、簿価、固定価格、第三者評価のどれを使うか
退職時買取	退職者が株式を持ち続けられるか、強制買取できるか
買取資金	持株会、会社、後継者、オーナーの誰が負担するか
議決権行使	理事長が一括行使するのか、会員意思を反映するのか
配当の帰属	持株会経由で会員に分配するか、再投資するか
相続発生時	会員死亡時に相続人へ移るのか、持株会が買い取るのか
規約整備	会員資格喪失、譲渡制限、退会、除名、評価方法が明確か
税務処理	奨励金、配当、譲渡所得、経済的利益の処理が整理されているか

なかでも危ういのが、退職時の処理を決めていない持株会です。

在職中は会社の方針に理解を示していた従業員も、退職すれば立場が変わります。退職者がそのまま株式を持ち続け、やがて相続によってその家族へ渡れば、会社と関係の薄い株主が少しずつ増えていきます。将来M&Aを検討する段になって、その株主から同意を取らなければならない、という事態にもなりかねません。

従業員持株会を作るなら、最初に「出口」を決めておくべきです。出口とは、退職、死亡、転籍、懲戒解雇、会社売却、上場、廃業、組織再編――そうした場面で株式をどう扱うか、という取り決めのことです。

少数株主がいると何が問題になるのか

少数株主がいること自体が、悪いわけではありません。

取引先、役員、従業員、親族、投資家といった人たちが株主として会社を支えることには、それなりの意味があります。

問題になるのは、少数株主の存在を会社が管理できていない場合です。

少数株主がいると、たとえば次のような場面で問題が生じます。

場面	起こり得る問題
事業承継	後継者に議決権を集中できない
相続	株式がさらに相続人へ分散する
役員選任	株主総会運営で対立が生じる
配当政策	内部留保重視か配当重視かで対立する
自己株式取得	買取価格や対象株主の公平性が問題になる
M&A	全株式譲渡ができず、買主が嫌がる
事業譲渡	特別決議に必要な議決権確保が問題になる
組織再編	反対株主の買取請求や価格争いが生じる
税務調査	低額譲渡、高額買取、名義株が問題になる
金融機関対応	支配権の安定性に疑義を持たれる

中小M&Aガイドラインでも、中小M&Aの事前準備として、株式や事業用資産等の整理・集約を進めておくことが望ましいとされています。とりわけ、名義株主・所在不明株主への対応、全株式の株式譲渡を行う際には全株主からの買取りや委任状取得が必要になること、事業譲渡では出席株主の議決権の3分の2以上による特別決議が求められる場合があることから、議決権の確保や委任状の取得を進めておくことが望ましい、と示されています。
出典：中小企業庁｜中小M&Aガイドライン（第3版）
出典：中小企業庁｜中小M&Aガイドライン

少数株主対策は、M&Aを決めてから動き出したのでは、間に合わないことがあります。

株主が高齢化している、すでに相続が発生している、所在が分からなくなっている、親族間で関係がこじれている――そうした事情が重なるほど、整理には時間がかかります。

少数株主対策の主な選択肢

少数株主対策には、いくつかの方法があります。

大切なのは、どの方法が税務上有利かではなく、会社の目的、株主との関係、資金の負担、そして将来の承継・M&A方針に、その方法が合っているかどうかです。

方法	内容	注意点
後継者が買い取る	後継者個人が少数株主から株式を取得する	後継者の資金負担、贈与・低額譲渡リスク
オーナーが買い戻す	先代経営者が株式を集約する	相続財産が増える可能性
会社が自己株式取得する	会社が少数株主から株式を買い取る	分配可能額、株主総会手続、みなし配当、資金流出
持株会社が買い取る	持株会社を通じて株式を集約する	借入返済、配当原資、組織設計
従業員持株会に集約する	従業員持株会が安定株主となる	規約、退職時買取、実態運用
譲渡制限を整備する	定款で株式譲渡に会社承認を必要とする	既存株式の状態、承認手続
相続人等への売渡請求を定款に置く	相続等で株式を取得した者に会社が売渡請求できる余地を作る	定款規定、期限、価格協議、株主総会決議
所在不明株主の整理	会社法上の手続や中小企業特例を検討する	手続期間、通知、公告、専門家関与
株式併合・売渡請求等	スクイーズアウトにより株式を集約する	法務手続、価格決定、少数株主保護

会社法には、譲渡制限株式、相続人等に対する売渡請求、自己株式取得、特別支配株主による株式等売渡請求、株式併合、所在不明株主の株式売却等に関する規定が置かれています。いずれも強力な手段ですが、その分だけ、定款、株主総会、価格決定、少数株主保護といった論点がついて回ります。
出典：e-Gov法令検索｜会社法

実務では「会社が買えば話は早い」と考えられがちですが、自己株式取得には税務と資金繰りの問題が潜んでいます。

会社が高値で買えば、その分の資金が社外へ流出します。逆に安値で買えば、売主側や他の株主との関係で問題になりかねません。個人株主からの自己株式取得では、譲渡所得だけでなく、みなし配当が絡んでくる場合もあります。

自己株式取得は、少数株主対策として有効な場面もありますが、その本質は節税策というより資本取引です。実行に移す前に、会社法上の手続、税務、会社資金、既存株主への説明を、ひととおり整理しておく必要があります。

買取価格は「一つの正解」があるわけではない

少数株主から株式を買い取る場面で、最も揉めやすいのが買取価格です。

経営者は「少数株なのだから安いはずだ」と考えます。少数株主は「会社の価値が高いのなら、その分をきちんと払ってほしい」と考えます。税務上は「著しく低い価額ではないか」「経済的利益が移転していないか」が問われます。そしてM&Aの買主は「後から争いにならない価格で整理してほしい」と考えます。

同じ株式でも、目的が違えば価格の見え方は変わってきます。

価格の種類	主な場面	特徴
相続税評価額	相続・贈与	財産評価基本通達に基づく
配当還元価額	同族株主以外の少数株主の相続・贈与等	配当を基礎とする低い評価になりやすい
純資産価額	小会社、特定会社、清算価値の検討	資産価値を重視
収益価値・DCF	M&A、会社法上の価格検討	将来収益を重視
類似会社・類似業種評価	M&A、相続税評価	市場比較の考え方
合意価格	任意の株式売買	当事者間の交渉により決まる
裁判上の公正価格	買取請求・価格決定申立て	手続公正性、企業価値、少数株主保護が問題

税務の観点で気をつけたいのは、相続税評価額と売買価格を混同しないことです。

相続税・贈与税の評価で使う評価額は、あくまで相続や贈与の課税価格を計算するためのものです。親族間の売買、会社による買取り、従業員持株会への譲渡、M&A前の株式集約といった場面では、取引の目的、当事者、支配権、会社の実態、過去の取引実例、第三者評価などを踏まえて、説明のつく価格を検討する必要があります。

「評価額が低いから、その価格で買う」のではありません。「その価格で取引する理由を、後から説明できるか」――これが判断の軸になります。

危険な少数株主対策

少数株主対策には、税務上・法務上、避けておきたい判断がいくつかあります。

危険な判断	問題点
少数株主に説明せず低額で買い取る	後日紛争、贈与・経済的利益、説明責任の問題
退職時の買取価格を規約に書いていない	退職者株主との交渉が難航する
名義株を放置する	相続・M&A時に真の株主が争点になる
従業員持株会を実態なく作る	税務調査で形式だけと見られるリスク
持株会会員の資金負担がない	実質的な贈与・名義貸しと見られる可能性
相続税評価額だけで売買価格を決める	売買時価として説明できない場合がある
会社資金で無理に自己株式取得する	資金繰り・金融機関対応を悪化させる
M&A直前に慌てて株式を集める	価格吊り上げ、同意取得難航、買主DDで問題化
少数株主を排除する目的だけで手続を組む	会社法上の少数株主保護、価格決定リスク
過去の株式移動資料を残していない	贈与・譲渡・名義株の説明が困難になる

少数株主対策は、「相手に気づかれないよう安く整理する」ためのものではありません。

むしろ、その逆です。誰が、なぜ、いくらで、どの資料を根拠に、どの手続を経て、どの資金で株式を取得したのか。これを説明できるようにしておくことこそが、要になります。

M&Aを考えるなら、株主整理は早めに行う

将来M&Aを少しでも視野に入れている会社なら、株主構成の整理は早めに手を付けておくべきです。

買主は、対象会社の株主構成を非常に重視します。

株式譲渡で会社を買う以上、買主はその株式を確実に取得したいからです。名義株、所在不明株主、相続未了株式、退職者株主、反対株主が残っていれば、クロージングの条件や価格交渉に影響してきます。

M&Aの場面で問題になりやすい株主論点は、次のとおりです。

論点	買主側が気にする理由
全株式を取得できるか	100％取得できないと完全支配できない
株主名簿が正確か	売主が本当に株主か確認する必要がある
名義株がないか	後から権利主張されるリスクがある
譲渡制限の承認手続	取締役会・株主総会決議が必要になる
相続未了株式	誰が売却権限を持つか不明確
従業員持株会	売却時にどう意思決定するか
株主間契約	売却制限、先買権、同意権がないか
反対株主	買取請求、価格争い、訴訟リスク
自己株式	議決権・発行済株式数・評価への影響
過去の低額譲渡	税務リスクが買主に引き継がれないか

中小M&Aガイドラインでも、株式・事業用資産等の整理・集約、名義株主・所在不明株主への対応、株式買取りや委任状取得の必要性が明記されています。M&Aは、相手が見つかってから始めるものではなく、売れる状態に整えておく準備が欠かせません。
出典：中小企業庁｜中小M&Aガイドライン（第3版）

仮に将来売却するつもりがなくても、株主整理をしておく意味はあります。

後継者が金融機関に説明しやすくなり、親族間の争いも防ぎやすくなります。株主総会の運営が安定し、少数株主との不信感も和らぎます。そして、いざ事業譲渡や組織再編が必要になったとき、身軽に動ける。

株主構成の整理は、将来の選択肢を増やすための資本政策なのです。

実行前に整理すべき資料

従業員持株会や少数株主対策を検討する前に、次の資料を揃えておきます。

資料	確認する目的
株主名簿	現在の株主、株式数、議決権割合を確認する
定款	譲渡制限、相続人等への売渡請求、種類株式の有無を確認する
登記簿	会社の機関設計、株券発行会社かどうかを確認する
設立時資料	発起人、引受株式、払込資金、名義株の有無を確認する
過去の株式譲渡契約書	移動価格、当事者、資金の流れを確認する
贈与契約書・贈与税申告書	親族間移転の成立と申告状況を確認する
相続関係資料	死亡株主、相続人、遺産分割状況を確認する
株券・不発行確認	株券発行会社の場合の株券所在を確認する
従業員持株会規約	入退会、買取価格、議決権行使、配当処理を確認する
配当履歴	配当還元方式や株主説明の基礎資料となる
非上場株式評価資料	税務上の評価と株価推移を確認する
事業計画・資金繰り表	自己株式取得や買取資金の影響を確認する
M&A検討資料	将来の売却・再編可能性を確認する

資料が足りないときは、すぐに株式移動へ動くのではなく、まず事実関係を固めることが先決です。

とりわけ、名義株、過去の低額譲渡、退職者株主、相続未了株式がある場合には、税理士だけでなく、弁護士や司法書士との連携が必要になることがあります。

従業員持株会・少数株主対策の判断順序

最後に、実務での判断の順序を整理しておきます。

はじめに税金を考えるのではありません。まず、どのような株主構成にしたいのかを決める。そのうえで、法務手続、買取資金、税務評価、関係者への説明を組み立てていきます。

判断順序	検討内容
1	現在の株主構成を正確に把握する
2	後継者に必要な議決権割合を決める
3	残す株主と整理する株主を分ける
4	従業員持株会を使う目的を明確にする
5	買取方法を比較する
6	買取価格の根拠を整理する
7	会社法上の手続を確認する
8	税務上の時価・課税関係を確認する
9	資金繰りと金融機関対応を検討する
10	株主・相続人・従業員への説明資料を整える
11	契約書、議事録、評価資料、入出金記録を残す
12	将来の退職・相続・M&A時の処理を規約化する

従業員持株会を作るにしても、少数株主から買い取るにしても、最終的に問われるのは「その処理を、後からきちんと説明できるか」です。

税務署に説明できるか。少数株主に説明できるか。後継者に説明できるか。金融機関に説明できるか。そして、将来の買主に説明できるか。

この問いに耐えられない処理は、たとえ一時的に税額が下がったとしても、正しい節税とはいえません。

まとめ：株主構成を整えることは、将来の選択肢を守ること

従業員持株会や少数株主対策は、非上場会社の事業承継において、たしかに重要な選択肢です。

けれども、それは「株価を下げる裏技」ではありません。

従業員持株会は、従業員の経営参加、福利厚生、安定株主の形成、株式管理のための制度です。少数株主対策は、後継者の経営権、相続時の混乱防止、M&A時の取引実行可能性、金融機関への説明可能性を高めるための資本政策です。

実務で押さえておきたいのは、次の3点です。

第一に、株主構成を正確に把握すること。第二に、買取価格と税務評価を混同しないこと。第三に、将来の退職・相続・M&Aまで見据えた出口設計を行うこと。

株主構成の整理は、早く始めるほど選択肢が広がります。逆に、相続が発生したあと、退職者との関係がこじれたあと、M&A交渉が始まったあとに慌てて整理しようとすると、価格交渉も手続も、途端に難しくなります。

犬飼公認会計士・税理士事務所では、従業員持株会の設計、少数株主の整理、自社株評価、自己株式取得、株主構成の見直し、M&A前の資本政策について、税務・会計・会社法・資金繰りを一体で整理いたします。株式が分散していて、承継や将来の売却に不安を抱えていらっしゃる場合は、犬飼公認会計士・税理士事務所HPのお問い合わせページよりご相談ください。

振り返り

論点	重要ポイント	実行前に確認すべきこと
株主構成	節税ではなく経営権の整理	株主名簿、実質株主、議決権割合
従業員持株会	福利厚生・安定株主形成・承継対策に使える	規約、入退会、退職時買取、議決権行使
配当還元方式	相続税・贈与税評価で使える場面がある	売買価格と混同しない
買取価格	一つの正解ではなく目的により異なる	税務評価、会社法上の公正価格、M&A価格
少数株主	放置すると承継・M&Aの障害になる	退職者株主、相続人、所在不明株主
自己株式取得	株式整理に有効だが資本取引である	分配可能額、手続、みなし配当、資金繰り
譲渡制限	株式の社外流出防止に役立つ	定款、承認機関、手続運用
相続人等への売渡請求	相続による株式分散を抑える手段	定款規定、期限、価格協議
所在不明株主	M&A前に問題化しやすい	通知状況、会社法手続、中小企業特例
M&A準備	全株式取得や委任状取得が求められることがある	名義株、株主間契約、株式集約
税務リスク	低額譲渡・高額買取・名義株が争点になる	評価資料、契約書、議事録、入出金記録
最終判断	税額よりも説明可能性と将来の選択肢を重視する	後継者、株主、金融機関、買主への説明