組織再編税制・資本政策を使う前後の整理｜事業承継税制との相互影響と取消リスク

事業承継税制を検討している会社からは、ほぼ決まって、次のような相談が同時に持ち込まれます。

• 「兄弟で事業部門を分けるために会社分割をしたい」
• 「先代が持っている複数の会社を、後継者の会社へ合併したい」
• 「持株会社を作って、グループ経営に移行したい」
• 「株式交換や株式移転で、株主構成を整理したい」
• 「事業承継税制を使った後でも、将来の組織再編やM&Aに対応できるようにしておきたい」

いずれも、承継の現場では自然に出てくる問題意識です。

事業承継は、自社株を先代から後継者へ移せば終わり、というものではありません。後継者が実際に経営しやすい会社の形に整えていく作業が、どうしても必要になります。複数事業を抱えている、グループ会社が何社もある、不採算部門や不動産保有会社が混在している、少数株主がいる、親族間で役割を分けている——こうした事情があれば、合併や会社分割、株式交換、株式移転、自己株式取得、種類株式といった資本政策が、自然と検討の対象に入ってきます。

ただ、ここで一つ、立ち止まっておきたい点があります。

法人税法上の「適格組織再編」に当たるかどうかと、事業承継税制の納税猶予を維持できるかどうかは、まったく別の話です。同じように、会社法上の手続として実行できるかどうかと、相続税・贈与税の納税猶予に影響しないかどうかも、切り分けて考える必要があります。

しかも、組織再編を行えば、株価評価、議決権割合、対象会社、後継者の筆頭株主要件、資産保有型会社・資産運用型会社の判定、特別子会社の状況といった要素が、まとめて動いてしまうことがあります。

組織再編は、承継を前に進めるための有効な手段になり得ます。けれども、順番を一つ誤ると、事業承継税制の適用そのものが難しくなったり、すでに受けている納税猶予が、一部、あるいは全部、確定してしまうことがあるのです。

そこでこの記事では、組織再編税制・資本政策を事業承継税制の「前」に行う場合と、「後」に行う場合とに分けて、判断の境界線を整理していきます。個別の組織再編税制の細かな計算やスキーム設計そのものには立ち入りません。あくまで、事業承継税制との相互影響を中心に見ていきます。

まず押さえておきたい結論

組織再編や資本政策を事業承継税制と組み合わせるとき、真っ先に確認すべきことは、「その組織再編が税務上有利かどうか」ではありません。

最初に確認したいのは、次の5点です。

1. 承継後、誰が経営権を持つのか
2. どの会社の、どの株式を、事業承継税制の対象にするのか
3. 組織再編によって、株価評価や議決権割合がどう変わるのか
4. 事業承継税制の適用後に、納税猶予の取消事由・確定事由に触れないか
5. 将来の売却、廃業、再編、後継者交代といった選択肢を、どこまで残しておくのか

法人版事業承継税制は、後継者が円滑化法の認定を受けた非上場会社の株式等を、贈与・相続等によって取得した場合に、その非上場株式等にかかる贈与税・相続税について、一定の要件のもとで納税猶予・免除を認める制度です。特例措置では、対象株式数の上限が撤廃され、猶予割合も100％とされています。

出典：国税庁｜法人版事業承継税制

この特例措置を使う場合は、令和9年9月30日までに特例承継計画を都道府県へ提出し、令和9年12月31日までに贈与・相続による株式取得を行う、という制度設計になっています。

出典：中小企業庁｜事業承継の支援策

つまり事業承継税制は、「どの会社の、どの株式を、誰が、いつ取得するか」を前提にして組み立てる制度だということです。

その前提を、合併や会社分割、株式交換、株式移転、自己株式取得、種類株式の発行といった手段で動かそうとするのであれば、制度の適用前であっても、適用後であっても、慎重に検討しておく必要があります。

組織再編・資本政策は、事業承継の「環境整備」として使われる

組織再編とは、会社の組織や形態を編成し直す行為のことです。代表的なものに、合併、会社分割、株式交換、株式移転があります。実務では、事業を統合する、事業部門を切り離す、持株会社を作る、株主構成を整理する、不採算部門を分離する、後継者ごとに事業を分ける、といった目的で用いられます。

会社法上の位置づけを整理しておくと、株式交換は、株式会社が発行済株式の全部を他の株式会社または合同会社に取得させる制度です。株式移転は、1または2以上の株式会社が、発行済株式の全部を新たに設立する株式会社に取得させる制度です。会社分割は、会社が事業に関して有する権利義務の全部または一部を、他の会社または新設会社に承継させる組織再編行為として位置づけられています。

出典：e-Gov法令検索｜会社法

事業承継の文脈で、これらがどんな場面で検討されるかを挙げてみます。

• 複数の会社を、後継者が管理しやすい形にまとめる
• 兄弟・親族ごとに事業を分け、承継後の紛争を防ぐ
• 事業会社と不動産保有会社を分け、リスクを切り分ける
• 不採算部門を分離し、承継対象会社の財務を整える
• 少数株主を整理し、後継者の議決権を安定させる
• 持株会社を作り、グループ管理と株式承継を整理する
• 自己株式取得や種類株式を使い、支配権と経済的利益を調整する
• 従業員承継やMBOに向けて、株式取得資金や議決権構成を整える

これらは、単なる節税策ではありません。後継者が経営に専念できる会社構造を作るための、環境整備です。

ただ、組織再編や資本政策を行えば、会社の株主、対象会社、株式数、議決権、資産構成、株価評価、税務上の時価、許認可、借入や保証の関係まで、さまざまな要素が動きます。

事業承継税制の要件は、こうした要素と密接に結びついています。ですから、「事業承継税制を使う前に済ませておけばよい」とも、「適格組織再編なら問題ない」とも、簡単には言い切れないのです。

法人税法上の「適格組織再編」と、事業承継税制上の「猶予継続」は別問題

組織再編税制では、一定の要件を満たす合併、分割、株式交換、株式移転などについて、適格組織再編として扱い、資産負債の移転に伴う譲渡損益や、株主の株式譲渡損益等の課税を繰り延べる仕組みが設けられています。

国税庁の税務大学校論叢でも、組織再編税制は、移転資産に対する支配の継続性や、株主の投資の継続性などを踏まえて、経済実態に実質的な変更がない場合に課税関係を継続させる、という考え方を基礎にしていると整理されています。

出典：国税庁 税務大学校｜組織再編税制における「移転資産に対する支配の継続性」及び「株主の投資の継続性」に関する一考察

適格組織再編に該当するかどうかは、対価要件、支配関係、完全支配関係、事業関連性、従業者引継ぎ、事業継続、株式継続保有といった点を、組織再編の類型ごとに判断していきます。実務上も、適格に該当すれば移転資産負債の譲渡損益課税や株主課税が繰り延べられる一方、非適格となれば、譲渡損益課税、評価損益課税、みなし配当、繰越欠損金制限などが問題になってきます。

ただし、ここで混同してはならないのは、法人税法上の「適格」と、事業承継税制上の「納税猶予を継続できること」は、同じではないという点です。

法人税法上は適格組織再編であっても、事業承継税制の側では、対象会社の変更、対象株式の譲渡等、議決権要件の喪失、同族内筆頭株主要件の喪失、資産管理会社化、報告・届出漏れといった事情によって、猶予税額の全部または一部が確定してしまうことがあります。

逆に、事業承継税制上の手続を踏むことで、一定の再編後も認定を継続できる場面があったとしても、法人税法上の適格要件、株主課税、消費税、登録免許税、不動産取得税、繰越欠損金の引継ぎ制限などについては、別途検討が欠かせません。

そのため、組織再編を承継設計に組み込むときは、少なくとも次の3つのレイヤーを分けて検討する必要があります。

1. 会社法上、組織再編手続として有効に実行できるか
2. 法人税・所得税・消費税等の組織再編税制上、どのような課税関係になるか
3. 事業承継税制上、対象会社・後継者・株式保有・議決権・継続届出・取消事由にどう影響するか

この3つを「税務上問題ない」という一言でひとまとめにしてしまうと、後から説明のつかない承継判断になってしまいます。

承継前に組織再編を行う場合の整理

事業承継税制を適用する前に組織再編・資本政策を行う目的は、多くの場合、承継の対象を整えることにあります。

たとえば、次のようなケースが考えられます。

• 複数の会社を合併して、後継者が承継する会社を1社にまとめる
• 不動産部門や非中核事業を、会社分割で切り離す
• 兄弟承継を見据えて、事業部門ごとに会社を分ける
• 株式移転により持株会社を設立し、グループ支配を整理する
• 株式交換により子会社を完全子会社化し、少数株主問題を整理する
• 種類株式や自己株式取得により、後継者の議決権を安定させる
• 従業員持株会や安定株主を整理し、後継者の支配権を確認する

承継前に組織再編を行うメリットは、事業承継税制の適用時点で、対象会社・対象株式・後継者の議決権・株主構成を整えやすいところにあります。

とはいえ、「承継前だから自由に再編してよい」というわけではありません。

まず確認したいのは、組織再編後の会社が、法人版事業承継税制の対象会社要件を満たすかどうかです。非上場会社であること、中小企業者に該当すること、資産保有型会社・資産運用型会社に当たらないこと、風俗営業会社等の除外要件、特別子会社の状況——こうした点を、一つずつ見ていく必要があります。

次に、後継者の議決権要件です。合併や株式交換・株式移転によって、株式数、議決権割合、自己株式、種類株式、同族関係者の範囲が変われば、後継者が同族内筆頭株主になれるのか、同族関係者で過半数を持てるのか、複数後継者間の議決権関係がどうなるのかが、変わってきます。

さらに、株価評価への影響も見逃せません。会社規模、類似業種比準価額、純資産価額、特定評価会社の判定、株式等保有特定会社、土地保有特定会社、比準要素数、資産構成——これらが動くことで、再編の前後で株価が大きく変わることがあります。

ここで誤解しないでおきたいのは、株価が下がること自体が問題なのではない、という点です。問題になるのは、再編の事業目的、手続、時価、再編比率、資産移転、役員退職金、配当、自己株式取得といった一連の判断を、後からきちんと説明できるかどうかです。評価を下げることだけを狙った再編に見えてしまえば、税務上の否認リスクや、評価通達6項の検討対象になりかねません。

承継前の組織再編は、「事業承継税制を使いやすくするための準備」として有効に働くことがあります。一方で、準備のつもりで行った再編によって、対象会社要件や株価評価がかえって複雑になり、制度の適用が難しくなってしまう、ということも起こり得ます。

特例承継計画との関係を軽視してはいけない

法人版特例措置を使う場合、特例承継計画は、単なる提出書類ではありません。誰を後継者とし、どの会社について、いつ、どのように承継するのか——それを外部に説明するための、基礎資料になります。

承継前に組織再編を行うなら、この特例承継計画との整合性が重要になってきます。

• 計画提出の前に再編するのか
• 計画提出後、贈与・相続の前に再編するのか
• 贈与・相続の後に再編するのか
• 再編によって、対象会社名、後継者、承継株式数、事業内容、経営見通しが変わるのか
• 変更届や再提出、都道府県への確認が必要になるのか

こうした点を確認しないまま、先に合併や会社分割を進めてしまうと、計画、認定申請、税務申告、継続届出の前提が、ずれていってしまいます。

とりわけ、令和9年9月30日の特例承継計画の提出期限、令和9年12月31日の承継実行期限が近づくほど、組織再編を先に行う時間的な余裕は小さくなっていきます。組織再編には、株主総会、債権者保護手続、反対株主への対応、登記、許認可、金融機関への説明、会計・税務処理が伴います。期限に間に合わせることだけを目的に再編を急げば、手続の不備や説明不足のリスクが高まります。

事業承継税制を使う前に組織再編を行うのであれば、まず「計画提出の前に再編するのか」、それとも「計画提出後に再編するなら、計画内容との整合性をどう保つのか」を、最初に決めておくべきです。

承継後に組織再編を行う場合は、猶予税額の確定リスクが中心論点になる

事業承継税制を適用した後に組織再編を行う場合は、論点が大きく変わります。

承継前であれば、主な問題は「制度を使える会社に整えること」でした。承継後になると、これが「納税猶予を維持したまま再編できるか」へと移ります。

法人版事業承継税制を適用した後に、合併、株式交換、株式移転、会社分割、組織変更などを行うと、所定の事由に該当した場合に納税猶予が取り消され、猶予税額の全部または一部を納付しなければならないことがあります。取消事由としては、対象株式の譲渡、議決権要件の喪失、資産保有型会社・資産運用型会社への該当、資本金・準備金の減少、そして合併・会社分割・組織変更・株式交換・株式移転等で所定の事由に該当する場合などが整理されています。

法人版事業承継税制の実務上の整理を見ても、組織再編を行った場合の確定事由は、特例経営承継期間中か期間後か、合併・株式交換等なのか会社分割なのか、分社型分割か分割型分割か、対価が株式等のみかどうか——こうした条件によって、猶予継続、一部確定、全部確定に分かれてきます。

ここで大切なのは、組織再編を一律に禁じているわけではない、という点です。

一定の組織再編については、実質的に認定取消事由に当たらないと考えられる場合に、再編後の一定の会社を対象会社として知事認定を継続させるための報告が、必要になる場面があります。たとえば、対象会社が吸収合併消滅会社、新設合併消滅会社、株式交換完全子会社、株式移転完全子会社となる場合には、合併・株式交換等報告が問題になります。一方で、対象会社が吸収合併存続会社や株式交換完全親会社となる場合には、通常、この報告を要しないと整理される場面もあります。

ただし、これは「合併や株式交換なら大丈夫」という意味ではありません。

• どちらの会社が存続会社・消滅会社になるのか
• 対象会社が完全親会社になるのか、完全子会社になるのか
• 後継者が再編後にどの会社の株式を保有するのか
• 対価は株式だけなのか、金銭等が含まれるのか
• 特例経営承継期間中なのか、経過後なのか
• 都道府県への報告、税務署への届出、担保、継続届出にどう影響するのか

これらの組み合わせによって、結論は変わってきます。

会社分割は、分社型分割と分割型分割で意味が大きく異なる

事業承継でよく使われる再編の一つが、会社分割です。事業部門の分離、兄弟承継、後継者別の承継、不採算部門の切り離し、不動産部門の分離といった場面で用いられます。

ただ、会社分割は、特に注意を要する手法です。

会社法上の会社分割と、法人税法上の分社型分割・分割型分割とでは、実務上の捉え方が異なります。会社分割の実務では、会社法上は事業に関する権利義務の全部または一部を承継させる制度として扱われる一方、法人税法上は、現物出資に類似する分社型分割と、部分合併に近い分割型分割とに分けて把握されます。

事業承継税制との関係でも、この両者では影響が違ってきます。

分社型分割は、事業を子会社化するような形になることが多く、承継対象会社の事業実態、特定資産、子会社株式の保有、資産管理会社の判定に影響します。

分割型分割は、株主側に分割承継会社の株式が交付される構造になりやすく、対象株式の異動、後継者の保有株式、議決権、猶予税額の一部確定が問題になりやすい類型です。

事業承継税制の適用後に会社分割を行うのであれば、分割対象事業の価値、分割対価、後継者が保有する株式、承継後の対象会社、報告・届出の要否を、事前に確認しておく必要があります。

また、承継前に会社分割を行う場合でも、次の点は確認しておきたいところです。

• 分割後に、どの会社を事業承継税制の対象会社にするのか
• 分割によって、不動産・有価証券・貸付金が多い会社が生じないか
• 承継対象会社が、資産保有型会社・資産運用型会社に近づかないか
• 後継者が承継する会社に、実態のある事業が残っているか
• 分割後の株価が、どのように評価されるか
• 兄弟承継の場合、分割後の会社間取引や保証関係をどう整理するか
• 分割後の許認可、雇用、取引契約、金融機関契約を維持できるか

会社分割は、事業承継の実務では有力な手段です。けれども、税務・法務・財務の論点が重なりやすい手法でもあります。「事業を分ければ相続対策になる」と、安易に考えるべきではありません。

株式交換・株式移転は、持株会社化と少数株主整理に使われるが、対象会社が変わる

株式交換・株式移転は、持株会社化や完全子会社化の場面で使われます。

株式交換は、既存の会社を完全子会社化する手法です。株式移転は、新たに完全親会社を設立し、その下に既存の会社を置く手法です。いずれも、実務上は完全親子会社関係を作り出すことが中心的な目的になります。

事業承継の場面では、次のような目的で用いられます。

• 複数の会社を、持株会社の下にまとめる
• グループ支配を後継者に集中させる
• 少数株主のいる会社を完全子会社化する
• 後継者が持株会社株式を承継する形にする
• 将来の事業売却や事業分割に備えて、グループ構造を整理する

ただ、事業承継税制との関係では、株式交換・株式移転によって「後継者が保有する株式の発行会社」が変わることがあります。

たとえば、これまで後継者が事業会社の株式を保有していたところ、株式移転によって、持株会社の株式を保有する構造に変わる、といったケースです。

このような場合には、事業承継税制上、対象会社がどの会社になるのか、対象株式がどの株式になるのか、後継者の議決権要件が再編後も満たされるのか——これらを改めて確認する必要があります。

さらに、株式交換・株式移転は、株価評価にも大きく影響します。持株会社株式の評価では、子会社株式、事業会社の純資産、土地・有価証券、特定評価会社の判定、類似業種比準方式の適用可能性などが問題になります。とりわけ純粋持株会社については、法人版事業承継税制の適用後に子会社株式の売買、合併、株式交換、会社分割などを行う場合、確定事由に該当するものとしないものとに分かれ、事案ごとの詳細な検討が求められます。

株式交換・株式移転には、承継設計を大きく変える力があります。だからこそ、事業承継税制を使うのであれば、「持株会社化すれば株式承継が簡単になる」という発想だけにとどまらず、事業承継税制の対象会社・対象株式・継続要件・取消事由まで含めて、設計しておく必要があります。

合併はグループ整理に有効だが、消滅会社・存続会社の選択が重要

合併は、複数の会社を1つに統合する組織再編です。事業承継では、先代が複数の会社を経営している場合や、事業会社と関連会社を整理したい場合に検討されます。

合併には、管理部門を統合できる、後継者が管理する会社数を減らせる、グループ内取引を整理できる、重複コストを削減できる、といったメリットがあります。

ただし、事業承継税制との関係では、どの会社を存続会社にするかが、きわめて重要になります。

• 事業承継税制を適用している対象会社が、消滅会社になるのか、存続会社になるのか
• 後継者は、合併後にどの会社の株式を保有するのか
• 合併対価は株式だけなのか、金銭等が含まれるのか
• 合併後の会社が、中小企業者要件を満たすのか
• 合併後に、資産保有型会社・資産運用型会社に該当しないか
• 合併によって、繰越欠損金の引継ぎや利用制限が生じないか
• 合併後の株価評価が、どう変わるか

特に、承継前に合併を行うと、株価評価が大きく変わります。黒字会社と赤字会社を合併すれば、利益水準、純資産、類似業種比準価額、比準要素が変わる可能性があります。不動産保有会社を合併すれば、土地保有特定会社や資産保有型会社の判定に影響することもあります。また、関連会社への貸付金や未収金を整理しないまま合併すると、承継後の財務の安全性や、金融機関への説明にも影響が及びます。

合併は、会社数を減らすシンプルな手法に見えます。けれども、事業承継税制と組み合わせる場面では、「どの会社を残すか」が、税務上も経営上も大きな意味を持つのです。

資本政策は、組織再編より小さく見えても承継税制に影響する

事業承継の資本政策には、組織再編だけでなく、自己株式取得、種類株式、属人的株式、第三者割当増資、新株予約権、従業員持株会、株主間契約なども含まれます。

これらは、組織再編ほど大がかりな手続には見えないかもしれません。しかし、事業承継税制との関係では、むしろこうした日常的な資本政策のほうが、見落とされやすいリスクになります。

たとえば自己株式取得を行えば、発行済株式数、議決権割合、同族株主の判定、株価評価、みなし配当、譲渡所得、会社の財源規制、資本金等の額、利益積立金額に影響します。

種類株式を導入すれば、議決権の有無、拒否権付株式、議決権制限株式、後継者の筆頭株主要件、黄金株の保有者、株式評価、遺留分への影響が問題になります。

第三者割当増資を行えば、後継者の議決権割合が低下したり、同族過半要件に影響したりする可能性があります。

従業員持株会や安定株主を導入すれば、株式の分散は抑えられますが、その一方で、議決権の管理、配当方針、退会時の買取ルール、株価評価を整理しておく必要が出てきます。

会社法上、株主は、剰余金配当請求権、残余財産分配請求権、議決権その他の権利を有しており、これらは自益権と共益権に整理されます。資本政策とは、この株主の経済的利益と、経営への関与権限を設計していく作業にほかなりません。

事業承継税制を使う会社では、資本政策を行うたびに、次の点を確認しておきたいところです。

• 後継者の議決権割合は維持されるか
• 後継者は、同族内筆頭株主の地位を維持できるか
• 同族関係者の議決権合計は、過半数を維持できるか
• 後継者以外が、黄金株を保有することにならないか
• 対象株式の一部譲渡・贈与に当たらないか
• 資本金・資本準備金の減少が、取消事由に該当しないか
• 自己株式取得や増資によって、株価評価が大きく変わらないか
• 税務上の時価で、きちんと説明できるか

資本政策は、税制の適用前に行う場合も、適用後に行う場合も、事業承継税制の要件確認とセットで進めていく必要があります。

資産保有型会社・資産運用型会社判定への影響

組織再編や資本政策を行うと、資産構成が変わります。この点は、事業承継税制において非常に重要です。

法人版事業承継税制では、対象会社が資産保有型会社・資産運用型会社に該当しないことが、重要な要件になっています。資産保有型会社の形式要件では、特定資産の帳簿価額の合計に、一定の配当や過大役員給与等を加えた金額が、総資産の帳簿価額の合計にそれらを加えた金額の70％以上となるかどうかが問われます。

組織再編によって、不動産、有価証券、現預金、貸付金、子会社株式、遊休資産が特定の会社に集まると、この判定に影響します。

また、持株会社化を行えば、子会社株式の保有が中心になるため、特別関係会社の事業実態要件や、特定資産への該当性を確認しておく必要があります。

承継前に不動産を別会社へ移すと、承継対象会社の株価や資産管理会社の判定が改善することがあります。ただし、その別会社を誰が持つのか、後継者がどの会社を支配するのか、グループ全体としての金融機関への説明をどうするのか、移転時の税務上の時価や不動産取得税・登録免許税はどうなるのか——こうした点を、あわせて確認しなければなりません。

承継後に不動産取得、投資有価証券の取得、貸付金の増加、子会社株式の売買を行う場合も、資産管理会社化による取消リスクを確認する必要があります。

事業承継税制は、承継後の経営判断を完全に止めてしまう制度ではありません。とはいえ、承継後の投資・再編・資産移動が、税制上の継続要件に影響することは、避けられないのです。

少数株主・反対株主対応も事前に見ておく

組織再編では、税務だけでなく、株主への対応も重要になります。

会社法上、組織再編行為は、株主や債権者、その他のステークホルダーに大きな影響を及ぼします。そのため、株主総会の承認、通知・公告、反対株主による株式買取請求、債権者保護手続、事前開示・事後開示、登記といった手続が必要になります。

組織再編行為は、原則として株主総会の特別決議による承認を要します。ただし、簡易組織再編や略式組織再編では、一定の場合に株主総会の承認が不要となることがあります。また、組織再編に反対する株主には、自己の株式を公正な価格で買い取るよう請求する権利が認められています。

非公開会社の事業承継では、少数株主が、親族や元役員、従業員、名義株主、所在不明株主であることも少なくありません。

この状態のまま合併、会社分割、株式交換、株式移転を行うと、反対株主への対応、価格の決定、株主名簿、名義株、譲渡承認、株券の有無が問題になってきます。

特に、株式交換やスクイーズアウトを使って少数株主を整理する場合、「税務上の相続税評価額でよい」という発想は危険です。会社法上の公正な価格、税務上の時価、相続税評価額、M&A価値は、一致しないことがあります。非上場株式の評価は、取引目的、裁判目的、税務目的によってアプローチが変わるため、税務評価だけで少数株主への対応を済ませてしまうべきではありません。

事業承継税制を使うために後継者へ株式を集中させたい場合であっても、少数株主の権利を軽視した再編は、後から紛争に発展し、承継後の経営を不安定にしてしまいます。

組織再編・資本政策を行う前に作るべき比較表

組織再編を検討するときは、いきなりスキーム図から作り始めるのではなく、まず次のような比較表を作っておくことをおすすめします。

確認項目	再編前	再編後案A	再編後案B
対象会社	どの会社が承継対象か	どの会社に変わるか	どの会社に変わるか
後継者	誰が代表者か	代表者・役員構成	代表者・役員構成
株主構成	株主・持株割合	再編後の株主・持株割合	再編後の株主・持株割合
議決権	後継者・同族の議決権	要件維持可否	要件維持可否
自社株評価	現状株価	再編後株価	再編後株価
事業承継税制	適用可否	適用・継続可否	適用・継続可否
組織再編税制	現状では不要	適格・非適格	適格・非適格
資産管理会社判定	現状判定	再編後判定	再編後判定
少数株主	権利・所在	反対株主対応	反対株主対応
金融機関	借入・保証	再編後説明	再編後説明
将来出口	売却・廃業可能性	制約	制約

この表を作ると、「税務上は適格だが、後継者の議決権が弱くなる」「株価は下がるが、資産保有型会社に近づく」「承継はしやすいが、将来のM&Aが難しくなる」といった、判断上の矛盾が見えてきます。

事業承継税制は、制度単体ではなく、会社全体の設計とセットで判断すべき制度です。組織再編・資本政策を使うのであれば、税額だけでなく、経営権、資金、株主関係、将来の選択肢を、同時に並べて比較していく必要があります。

実務上、特に注意すべき場面

組織再編・資本政策と事業承継税制を組み合わせる案件のなかで、特に注意したい場面を挙げておきます。

複数後継者に事業を分ける場合

兄弟や複数の親族に事業を分ける場合には、会社分割や持株会社化が検討されます。

このとき確認したいのは、分割後の会社ごとに後継者が代表者となるのか、株式評価はどうなるのか、事業承継税制の後継者要件を満たすのか、兄弟間で債務保証や不動産の利用関係が残らないか、といった点です。

複数後継者の承継では、税務要件だけでなく、親族間の合意、金融機関への対応、取引先への説明、従業員の配置が重要になります。単に会社を分けるだけでは、承継の問題は解決しません。

持株会社化を行う場合

株式移転や株式交換によって持株会社化する場合、後継者が承継する株式は、事業会社の株式ではなく、持株会社の株式になることがあります。

この場合には、対象会社、対象株式、資産保有型会社の判定、子会社株式の評価、事業実態要件、そして将来子会社を売却する際の影響を、確認しておく必要があります。

持株会社化は、承継設計として有効に働く場合があります。ただし、純粋持株会社に対する事業承継税制の適用後は、子会社株式の売買や再編が確定事由に該当するかどうかを、事案ごとに確認しなければなりません。

不動産や有価証券を整理する場合

事業承継税制の対象会社から不動産や有価証券を切り離すことで、株価や資産管理会社の判定を調整したい、という相談があります。

しかし、不動産の移転には、譲渡所得税、法人税、登録免許税、不動産取得税、消費税、借地権・使用貸借、金融機関の担保、固定資産税、賃貸借契約といった論点がついて回ります。

さらに、資産を移した先の会社を誰が保有するのかによって、相続税・贈与税や、株主間の公平性が問題になってきます。

自己株式取得を使う場合

自己株式取得は、少数株主対策や、相続人からの株式買取、納税資金の確保といった目的で検討されます。

ただし、財源規制、特定株主からの取得、みなし配当、譲渡所得、取得費加算、後継者の議決権割合、対象株式の譲渡該当性を、確認しておく必要があります。

事業承継税制の適用後に対象株式が動く場合には、猶予税額の確定リスクを必ず確認しなければなりません。

将来M&Aの可能性がある場合

事業承継税制を使った後に、将来M&Aへ移行する可能性がある会社では、組織再編・資本政策を慎重に設計しておく必要があります。

事業承継税制には、将来の売却・廃業時に一定の再計算・減免の仕組みがあるとはいえ、株式を自由に売却できる制度ではありません。特例措置では将来の売却・廃業時の税負担を軽減する仕組みが設けられていますが、納税猶予制度である以上、売却や廃業は、猶予税額の精算という問題を避けて通れません。

出典：中小企業庁｜法人版事業承継税制（特例措置）

将来M&Aの可能性が高い会社では、そもそも事業承継税制を使うべきなのか、それとも通常の贈与・相続・売買・持株会社化・MBO・第三者承継を優先すべきなのかを、比較して考える必要があります。

専門家に相談する前に整理しておきたい資料

組織再編・資本政策と事業承継税制を一体で検討する場合、相談の前に次の資料を整理しておくと、判断が具体的になります。

• 直近3期分以上の決算書・法人税申告書
• 勘定科目内訳書
• 株主名簿
• 定款
• 登記事項証明書
• 過去の株式移転履歴
• 種類株式・自己株式・新株予約権の有無
• 関連会社・子会社・兄弟会社の資本関係図
• 不動産・有価証券・貸付金・借入金の明細
• 金融機関借入、担保、経営者保証の資料
• 主要契約書、許認可、賃貸借契約
• 役員構成、後継者候補、親族関係図
• 相続人関係図、遺言・遺産分割方針
• 現状株価試算
• 再編後の株主構成案
• 特例承継計画の提出状況
• 認定申請・年次報告・継続届出の履歴
• 将来のM&A、廃業、事業分割の可能性
• 金融機関・取引先への説明方針

なかでも特に重要なのは、現状の株主構成と再編後の株主構成を、議決権ベースで整理しておくことです。

株数だけでなく、議決権の有無、自己株式、相互保有、種類株式、名義株、未分割株式まで確認しておかなければ、事業承継税制の要件判定も、株価評価も、組織再編の承認手続も、足元が不安定になってしまいます。

まとめ

組織再編税制・資本政策は、事業承継を進めるうえで有効な選択肢です。

合併は、複数の会社を整理し、後継者が管理しやすい体制を作る手法になります。会社分割は、事業ごとに承継先を分け、不採算部門や不動産部門を切り分ける手法です。株式交換・株式移転は、完全子会社化や持株会社化によって、グループ支配を整理する手法です。自己株式取得、種類株式、第三者割当、従業員持株会といった資本政策は、議決権・株主構成・納税資金の調整に役立つことがあります。

ただし、事業承継税制と組み合わせる場合、最も重要なのは「適格組織再編に該当するか」だけではありません。

• 事業承継税制の対象会社が変わらないか
• 後継者の議決権・筆頭株主要件が維持されるか
• 対象株式の譲渡・贈与に該当しないか
• 資産保有型会社・資産運用型会社に近づかないか
• 株価評価と納税猶予額がどう変わるか
• 都道府県報告、税務署届出、担保、継続届出に漏れがないか
• 将来の売却・廃業・再編の選択肢を狭めすぎないか

これらを、承継前と承継後とに分けて整理していく必要があります。

犬飼公認会計士・税理士事務所では、事業承継税制を単独の申請手続としてではなく、株主構成、自社株評価、組織再編税制、会社法手続、資本政策、納税資金、金融機関への説明、承継後の管理までを含めた経営判断として整理しています。

「事業承継税制を使う前に会社分割や持株会社化をすべきか」「納税猶予の適用後に合併・株式交換をしてよいか」「将来M&Aの可能性を残したまま承継設計できるか」——こうした論点は、個別の事情によって結論が大きく変わります。現在の株主構成、決算書、組織図、後継者方針、将来の再編可能性を整理したうえで、お問い合わせページからご相談ください。

重要事項の振り返り

論点	確認すべきこと	判断上の注意点
組織再編の目的	合併、分割、持株会社化、完全子会社化の目的	節税目的だけでなく、経営上の合理性が必要
法人税法上の適格	適格合併、適格分割、適格株式交換・株式移転か	適格でも事業承継税制の猶予継続とは別問題
事業承継税制の対象会社	再編後にどの会社が対象会社になるか	対象会社・対象株式が変わると要件確認が必要
後継者の議決権	同族過半、同族内筆頭株主、代表者要件	再編や資本政策で議決権割合が変動する
会社分割	分社型分割か分割型分割か	事業承継税制上の影響が大きく異なる
株式交換・株式移転	完全親会社・完全子会社のどちらになるか	持株会社化により対象株式が変わる可能性
合併	対象会社が存続会社か消滅会社か	合併後の要件、報告、猶予継続を確認する
資本政策	自己株式取得、種類株式、増資、持株会	議決権・株価評価・取消事由に影響する
資産管理会社判定	不動産、有価証券、貸付金、子会社株式	再編後に資産保有型会社化しないか確認
少数株主対応	株主総会、反対株主、買取請求、公正価格	税務評価だけで株主対応を済ませない
承継前再編	制度適用前に会社構造を整える	特例承継計画・株価・要件との整合性が必要
承継後再編	納税猶予を維持したまま再編できるか	一部確定・全部確定・報告漏れに注意
将来出口	M&A、廃業、次世代承継の可能性	事業承継税制が将来判断を狭めないか確認
実務管理	資料、議事録、判断メモ、届出控え	後から説明できる記録化が重要