医療法人の承継を考え始めると、多くの方が「医療法人にも法人版事業承継税制を使えるのか」という疑問にたどり着きます。
一般の事業会社であれば、非上場株式の評価額が高額になり、後継者がその株式を贈与や相続で取得する場面で、法人版事業承継税制の適用を検討することがあります。法人版事業承継税制とは、円滑化法の認定を受けた非上場会社の株式等を後継者が贈与または相続等によって取得した場合に、その株式等に係る贈与税・相続税の納税を猶予し、一定の要件を満たせば免除する制度です。
ところが、医療法人は一般の株式会社とは制度の設計そのものが異なります。
そもそも医療法人には株式がありません。社団医療法人では「社員」「理事」「理事長」「社員総会」「出資持分」といった要素が問題になり、株式会社の株主・株式・議決権・配当とは構造が一致しないのです。
ですから医療法人の承継では、法人版事業承継税制をそのまま当てはめようとする前に、まず次のどの局面の話なのかを切り分ける必要があります。
- 医療法人ではなく、個人病医院の承継なのか
- 持分あり社団医療法人の出資持分を承継する話なのか
- 持分なし医療法人の社員・理事長・運営体制を承継する話なのか
- 認定医療法人制度を使って、持分ありから持分なしへ移行する話なのか
- 医療法人の合併・分割・事業譲渡・第三者承継の話なのか
この整理をしないまま「事業承継税制が使えるか」という一点だけを追ってしまうと、税制の選択を誤るだけでは済みません。経営権、医療法上の認可・届出、出資持分の払戻し、相続税・贈与税、親族間の調整、金融機関対応に至るまで、判断を取り違えてしまうおそれがあります。
結論：医療法人は法人版事業承継税制と同じ枠では扱えない
先に結論を申し上げます。
持分あり医療法人には、たしかに「医療法人の持分に関する相続税・贈与税の納税猶予等」という制度が用意されています。しかし、これは一般事業会社の非上場株式を対象とする法人版事業承継税制とは、性格がまったく異なる制度です。
法人版事業承継税制が対象とするのは、あくまで非上場会社の株式等です。
一方で医療法人の出資持分に関する制度は、持分あり医療法人を持分なし医療法人へ移行させることを目的としています。
つまり医療法人については、「法人版事業承継税制を使うか」という発想ではなく、次のような問いを別の枠組みで検討していくことになります。
- 持分あり医療法人としての出資持分をどう扱うのか
- 持分なしへ移行するのか
- 認定医療法人制度を使うのか
- 医療法人の社員・理事長・理事会体制をどう承継するのか
実務の上でも、医療法人の持分に係る納税猶予等は、持分あり医療法人を持分なしへ移行することを後押しする制度です。持分ありのまま承継負担を軽くする法人版事業承継税制とは、同じものとして扱うことはできません。
医療法人は、株式会社とはガバナンスの前提が違う
医療法人を考えるうえで最初に押さえておきたいのは、医療法人が医療法に基づく非営利法人だという点です。
医療法では、医療法人は剰余金の配当をしてはならないとされています。社団たる医療法人には社員総会が置かれ、法律や定款で定めた事項を社員総会が決議します。また、医療法人には原則として理事3人以上・監事1人以上を置く必要があり、社団医療法人の役員は社員総会の決議によって選任されます。
ここに、株式会社との大きな違いがあります。
株式会社では、株式を持つことが議決権、配当請求権、残余財産分配請求権と結びついています。これに対して医療法人では、社員としての地位、理事・理事長としての地位、出資持分の財産的価値が、株式会社の株式のように一体になっているわけではありません。
したがって、後継者が医療法人の経営を担うためには、出資持分さえ取得すればよいというものではないのです。
社員構成、社員総会の承認、理事・理事長の選任、定款、医療法上の認可・届出、開設許可、管理者、施設基準、診療報酬、そして金融機関対応まで、確認すべき事項は多岐にわたります。
医療機関承継の実務でも、持分ありか持分なしかにかかわらず、社員総会が最高意思決定機関であり、社員の交代を通じて経営権を確保していく必要があります。さらに持分あり医療法人の場合には、社員の交代だけでなく出資持分の移転まで整理しておかなければ、払戻請求のリスクが残り続けることになります。
持分あり医療法人とは何か
持分あり医療法人とは、出資者が医療法人に対して出資持分を有している社団医療法人を指します。
現在は、新たに持分あり医療法人を設立することはできません。すでに存在する持分あり社団医療法人は、いわゆる経過措置医療法人として扱われています。国税庁が示す「医療法人持分に関する相続税の納税猶予」の説明でも、対象となる医療法人は、平成19年4月1日前に設立された社団たる医療法人等で、一定の残余財産帰属に関する定款規定を備えた経過措置医療法人とされています。
出典：国税庁｜No.4150 医療法人の持分についての相続税の納税猶予の特例
持分あり医療法人の難しさは、出資持分そのものに財産的価値がある点にあります。
出資者が亡くなれば、その出資持分は相続税の課税対象になります。相続人が納税資金を確保するために、医療法人へ払戻請求をすることもあります。出資者が持分を放棄すれば、他の出資者の持分価値が増え、贈与税の問題が生じることがあります。全出資者が持分を放棄して持分なしへ移行する場合には、医療法人自体へのみなし贈与税課税が問題になることもあります。
整理すると、持分あり医療法人には、出資者からの払戻請求リスク、出資者死亡時に相続人から払戻請求されるリスク、持分放棄時にみなし贈与税が問題となるリスクがあります。
このため、持分あり医療法人の承継では、自社株承継とよく似た「評価額」「相続税」「納税資金」という論点が生じます。ただし、これはあくまで医療法人の出資持分の承継であって、非上場株式の承継ではありません。
ここを取り違えると、法人版事業承継税制の対象になると誤解してしまうのです。
持分なし医療法人では、承継の中心が変わる
持分なし医療法人では、出資持分に基づく払戻請求権や残余財産分配請求権を前提とした承継ではなくなります。
そのため、承継の中心は「財産権としての持分」から、「医療法人の支配・運営体制」へと移っていきます。
- 誰が社員になるのか
- 誰が理事・理事長になるのか
- 管理者、院長、診療科、施設基準、職員体制を維持できるのか
- 役員退職慰労金や役員報酬をどう設計するのか
- 創業者一族、後継医師、非医師親族、MS法人、金融機関との関係をどう整理するのか
持分なし医療法人の承継は、「株式を後継者に移せば経営権も移る」という一般事業会社の発想では整理しきれません。
また、出資持分がないから税務上の問題もない、というわけでもありません。役員退職金、理事長交代、社員交代、関連法人取引、医療法人の資産利用、MS法人との取引、個人所有不動産の賃貸借など、別の形で税務・法務・財務の論点が立ち上がってきます。
認定医療法人制度は「持分なし移行」のための制度
認定医療法人制度は、持分あり医療法人を持分なし医療法人へ移行させるための制度です。
厚生労働省は、認定医療法人制度について「持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請」に関するページを設け、制度の概要、手引書、Q&A、認定要件、提出書類、認定後の報告手続を案内しています。提出書類には、移行計画認定申請書、移行計画、現行定款、出資者名簿、社員総会議事録、直近3会計年度の貸借対照表・損益計算書、運営要件を説明する書類などが含まれます。
出典：厚生労働省｜持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について（認定医療法人制度）
ここで大切なのは、認定医療法人が「新しい特別な法人類型」ではない、という点です。
認定医療法人とは、持分あり社団医療法人のうち、持分なし医療法人への移行について計画の認定を受けたものを指します。移行後の形としては、一般の持分なし社団医療法人、基金拠出型医療法人、社会医療法人、特定医療法人などが検討対象になります。
ですから、認定医療法人制度を使うかどうかは、単なる税制選択にとどまりません。次のような点を同時に検討していく必要があります。
- 出資者全員の持分放棄を実現できるか
- 社員総会で必要な決議を行えるか
- 定款変更により持分なしへ移行できるか
- 移行後も運営要件を維持できるか
- MS法人や関係者取引に特別利益供与の問題がないか
- 後継者が医療法人の運営を継続できるか
- 持分放棄に伴う相続税・贈与税・法人へのみなし贈与課税をどう処理するか
認定医療法人制度の期限は最新情報で確認する
認定医療法人制度は、時限措置として延長を重ねてきた制度です。実行する時点での法令確認が欠かせません。
本稿執筆時点では、厚生労働省の認定医療法人制度ページは「R8.4.1更新」として公開されており、制度を利用する場合は令和11年12月31日までに移行計画の認定を受ける必要があると案内されています。あわせて、財務省の令和8年度税制改正の大綱でも、医業継続に係る相続税・贈与税の納税猶予制度等について、適用期限を3年延長する措置が示されています。
出典：厚生労働省｜持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について（認定医療法人制度）／財務省｜令和8年度税制改正の大綱（2/9）
一方で、国税庁タックスアンサーの一部のページには、令和7年4月1日現在の法令等として、従前の期限を前提にした記載が残っているものもあります。認定医療法人制度は医療法と税法の双方にまたがる制度ですから、実際に申請・申告を行う際には、厚生労働省、国税庁、財務省、都道府県、税務署の最新情報を必ず確認することをおすすめします。
医療法人持分に関する納税猶予・税額控除の位置づけ
医療法人の持分に関しては、相続税・贈与税について複数の特例が設けられています。
相続税については、相続人等が医療法人の持分を被相続人から相続または遺贈により取得し、その医療法人が相続税の申告期限において認定医療法人である場合に、一定の要件のもとで、その持分の価額に対応する相続税の納税が、認定移行計画に記載された移行期限まで猶予されます。さらに、移行期限までに認定医療法人の持分のすべてを放棄した場合などには、届出によって全部または一部が免除されます。
出典：国税庁｜No.4150 医療法人の持分についての相続税の納税猶予の特例
贈与税については、認定医療法人の持分を有する人が持分の全部または一部を放棄し、それによって他の持分保有者に経済的利益が生じて贈与税が課される場合に、その経済的利益に対応する贈与税について、一定の要件のもとで納税猶予が認められます。こちらも、移行期限までに持分のすべてを放棄した場合などには、猶予税額の免除が問題になります。
出典：国税庁｜No.4440 医療法人の持分に係る経済的利益についての贈与税の納税猶予の特例
加えて、相続人等が相続開始から相続税の申告期限までの間に認定医療法人の持分を放棄した場合の相続税額控除や、持分放棄によって贈与税が課される受贈者が申告期限までに持分を放棄した場合の贈与税額控除も用意されています。
出典：国税庁｜No.4177 医療法人の持分についての相続税の税額控除の特例／国税庁｜No.4441 医療法人の持分に係る経済的利益についての贈与税の税額控除の特例
これらの制度は、医療法人の持分あり状態を維持したまま後継者へ財産権を移すための制度ではありません。基本的には、持分なし医療法人への移行とセットで考えるべき制度だと理解しておく必要があります。
出資持分評価は、医療法人承継の重要な出発点
持分あり医療法人では、出資持分の評価が大きな論点になります。
出資持分の評価額が高ければ、出資者の相続時に多額の相続税が発生します。相続人が納税資金を確保できなければ、医療法人に対して持分の払戻請求を行う可能性が出てきます。そして払戻請求が実行されれば、医療法人の資金繰りや医療提供体制にまで影響が及ぶことがあります。
一般事業会社の自社株評価では、同族株主判定、会社規模、類似業種比準方式、純資産価額方式といった点が問題になります。医療法人の出資持分評価も、法人の純資産や内部留保が相続税負担に影響するという意味では、これと似た面があります。
ただし、医療法人は会社法上の株式会社ではありません。配当の禁止、医療法上の規制、出資持分の払戻し、残余財産の帰属、社員・理事会の構成などを踏まえて検討する必要があります。医療法人の持分評価では、医療法人の規模区分、会社との評価上の差異、出資持分の計算、そして払戻請求権が相続財産として問題になる点を、あわせて見ていくことになります。
ここで忘れてはならないのは、評価額を下げること自体を目的にしない、ということです。
役員退職金の支給、設備投資、借入、MS法人取引、不動産移転、持分放棄などは、いずれも医療法人の財務・税務・医療法上の運営に影響します。出資持分評価を下げられるかどうかではなく、医療法人の継続、医療提供体制、後継者の経営能力、資金繰り、金融機関への説明、相続人間の納得形成と整合しているかどうかを確認することが大切です。
持分放棄は、税務だけでなく関係者合意の問題である
持分あり医療法人から持分なし医療法人へ移行するには、出資者の持分放棄が避けて通れません。
形式の上では、定款変更、社員総会、都道府県知事の認可、厚生労働大臣の認定、出資者名簿、移行計画、持分放棄申出書、認定後の報告といった手続を進めていきます。厚生労働省の認定医療法人制度ページでも、認定後の報告書類として、実施状況報告書、運営の状況報告書、定款、出資者名簿、出資持分の状況報告書、出資持分の放棄申出書の写しなどが掲げられています。
出典：厚生労働省｜持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について（認定医療法人制度）
ただ、実務上の難所は書類だけではありません。
- 創業者が持分放棄に納得できるか
- 複数の出資者が同じ方向を向けるか
- 後継者以外の相続人にどう説明するか
- 持分放棄によって財産権を失う人への心理的・経済的な配慮をどうするか
- 退職金、生命保険、代償財産、役員報酬、金融機関保証をどう組み合わせるか
- 移行後も医療法人を安定的に運営できるか
持分なしへの移行は、税制上有利かどうかだけで決められるものではありません。出資者・相続人・後継者・医療法人・金融機関のいずれに対しても、きちんと説明できる意思決定であることが求められます。
認定医療法人は、移行後の管理も重要になる
認定医療法人制度では、認定を受けて終わり、というわけにはいきません。
認定医療法人は、持分なし医療法人へ移行した後も、一定期間にわたって運営要件を満たし続ける必要があります。実務でも、認定医療法人が持分なし医療法人となった後、認定失効までの期間に運営要件を充足できなければ、認定の取消しと遡及的なみなし贈与税課税が問題になります。
とりわけ注意しておきたいのは、次のような事項です。
- 株式会社等に特別の利益を与えていないか
- MS法人との取引条件が適正か
- 遊休財産を過大に保有していないか
- 役員報酬・退職金を説明できるか
- 医業収入・社会保険診療収入・自費診療収入の要件を満たすか
- 関係者への利益移転と見られる取引がないか
- 移行後の社員・理事構成が適正か
認定医療法人制度を、「持分をなくして相続税を減らす制度」とだけ理解してしまうと危険です。医療法人の非営利性、公益性、医業の継続、関係者取引の適正性を、移行後も継続的に説明できる体制が欠かせません。
特定医療法人・社会医療法人との違い
認定医療法人と混同されやすい制度に、特定医療法人と社会医療法人があります。
特定医療法人は、租税特別措置法に基づくものです。財団または持分の定めのない社団の医療法人で、その事業が医療の普及・向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与し、かつ公的に運営されていることについて、国税庁長官の承認を受けたものを指します。承認されれば、法人税について軽減税率が適用されます。厚生労働省は、特定医療法人の承認基準として、持分の定めのない医療法人であること、役員等の親族割合、特別利益供与の禁止、残余財産の帰属、帳簿の保存、社会保険診療等収入割合などを挙げています。
社会医療法人は、救急医療等確保事業など、地域医療に関する公益性の高い役割を担う医療法人について認定される制度です。厚生労働省は、社会医療法人の認定について、局長通知、告示基準、定款例、申請書類を公表しています。
整理すると、認定医療法人は持分なし移行のための移行計画認定を受けた医療法人、特定医療法人は税制上の公益性・公的運営に関する承認を受けた医療法人、社会医療法人は地域医療上の公益性を踏まえた医療法上の認定類型です。
いずれも「医療法人の承継」に関わってきますが、目的、要件、税務上の効果、運営上の制約はそれぞれ異なります。名前が似ているだけに、制度の入口で混同しないことが何より大切です。
医療法人の合併・分割・事業譲渡は、本記事の中心ではない
医療法人の承継では、親族内承継だけでなく、第三者承継、合併、分割、事業譲渡が問題になることがあります。
ただし、本シリーズのこの記事では、医療法人M&Aや医業承継の実行手続そのものまでは扱いません。
医療法人M&A、譲渡先の探索、デューデリジェンス、最終契約、許認可の承継、PMI、診療圏分析、医療法人グループの再編といったテーマは、別シリーズで掘り下げるべき領域だと考えています。
ここで中心に据えたいのは、あくまで「法人版事業承継税制と医療法人制度は同一ではない」という制度の境界です。
医療法人のM&A・再編実務では、出資持分の譲渡、入社・退社、事業譲渡、合併、分割などが検討されます。ただし、経過措置医療法人、社会医療法人、特定医療法人については分割の対象にならないなど、医療法上の制約も存在します。
ですから医療法人の承継を考える際には、一般事業会社の株式承継に取りかかるよりも先に、医療法人の類型、医療法上の手続、出資持分、社員構成、理事長の交代、認可・届出を整理しておく必要があります。
医療法人承継で相談前に整理すべき資料
医療法人の承継について専門家に相談される場合には、少なくとも次の資料を整えておくと、検討がぐっと進めやすくなります。
- 定款または寄附行為
- 現行の医療法人類型が分かる資料
- 出資者名簿、社員名簿、理事・監事名簿
- 社員総会・理事会の議事録
- 法人税申告書、決算書、勘定科目内訳書
- 医療法人の出資持分評価に関する資料
- 事業報告書等、都道府県への提出書類
- 診療所・病院・介護老人保健施設・介護医療院に関する許認可資料
- 施設基準、診療報酬、医療法上の届出資料
- 不動産の所有・賃貸借関係
- MS法人その他の関連法人との契約書
- 借入金、担保、経営者保証、リース契約
- 役員退職金・生命保険・役員報酬に関する資料
- 相続人関係図、遺言、遺産分割方針
- 後継者の資格、勤務実態、経営への関与状況
- 持分なし移行を検討している場合の出資者間の合意状況
医療法人承継の実務では、会計、税務、法務、人事労務のデューデリジェンスに必要な資料を早い段階で揃え、社員名簿、法人税申告書別表、名義出資者、社員総会の手続、定款変更、法人類型の変更などを確認していくことになります。
判断の出発点は「税制」ではなく「医療法人の状態」である
医療法人の承継では、税制から入ると判断を誤りやすくなります。
まず確認すべきは、医療法人そのものの状態です。
- 持分ありなのか、持分なしなのか
- 社団なのか、財団なのか
- 一人医師医療法人なのか
- 社員と出資者は誰か
- 後継者は医師か、非医師か
- 理事長の交代が可能か
- 出資持分の評価額はいくらか
- 払戻請求リスクはあるか
- 認定医療法人制度を使えるか
- 持分なし移行後の運営要件を維持できるか
- 関連法人取引に説明可能性があるか
- 相続人間で財産配分を調整できるか
この順番で整理して、はじめて税制を選びます。
医療法人の承継は、一般事業会社の自社株承継と似ている部分があります。けれども、同じではありません。
- 自社株ではなく出資持分
- 株主総会ではなく社員総会
- 配当ではなく剰余金配当の禁止
- 会社法だけでなく医療法
- 法人版事業承継税制ではなく、医療法人持分に関する納税猶予・税額控除・持分なし移行制度
この違いを理解することこそ、医療法人承継の入口になります。
まとめ
医療法人に法人版事業承継税制をそのまま使える、とは考えられません。
法人版事業承継税制は、円滑化法の認定を受けた非上場会社の株式等を対象とする制度です。医療法人には株式がなく、持分あり医療法人の出資持分も、株式会社の株式とは法的にも税務的にも性格が異なります。
持分あり医療法人では、出資持分評価、相続税、払戻請求、みなし贈与税、持分なし移行を検討します。持分なし医療法人では、社員・理事・理事長の交代、医療法上の手続、役員退職金、運営体制を整理します。
認定医療法人制度は、持分あり医療法人を持分なし医療法人へ移行するための制度であり、一般事業会社向けの法人版事業承継税制とは目的が違います。特定医療法人、社会医療法人、医療法人M&A、分割・合併・事業譲渡は、さらに別の制度境界を持っています。
医療法人の承継で大切なのは、「どの税制が使えるか」だけではありません。
- 後継者が医療法人を運営できるか
- 出資持分の財産価値をどう扱うか
- 持分なし移行を選ぶべきか
- 相続人に説明できるか
- 医療法上の運営要件を維持できるか
- 金融機関、職員、患者さん、地域医療への影響を整理できるか
- 制度選択の根拠を後から説明できる資料を残せるか
ここまで整理して、はじめて医療法人承継の税務判断ができます。
犬飼公認会計士・税理士事務所では、医療法人・持分あり医療法人・認定医療法人が絡む承継について、出資持分評価、相続税・贈与税、持分なし移行、社員・理事長の交代、関連法人取引、納税資金、関係者への説明まで含めて整理いたします。
医療法人に法人版事業承継税制を使えるのか、認定医療法人制度を検討すべきか、それとも持分ありのまま承継してよいのか。こうした点を確認したい場合は、現在の定款・出資者名簿・社員名簿・決算書・後継者の状況を整理したうえで、お問い合わせページからご相談ください。
重要事項の振り返り
| 論点 | 医療法人での整理 | 法人版事業承継税制との境界 |
|---|---|---|
| 対象財産 | 持分あり医療法人では出資持分が問題になる | 法人版事業承継税制は非上場会社の株式等が対象 |
| 法人格 | 医療法に基づく非営利法人 | 株式会社等の一般事業会社とは制度設計が異なる |
| 経営権 | 社員、社員総会、理事、理事長の構成が重要 | 株式・議決権の移転だけでは整理できない |
| 持分あり医療法人 | 出資持分評価、払戻請求、相続税、みなし贈与税が問題 | 非上場株式の承継とは別枠で検討する |
| 持分なし医療法人 | 出資持分ではなく運営体制の承継が中心 | 株式承継型の納税猶予とは発想が異なる |
| 認定医療法人 | 持分ありから持分なしへ移行するための認定制度 | 法人版事業承継税制ではなく、医療法人持分に係る制度 |
| 医療法人持分の納税猶予 | 相続税・贈与税の納税猶予・免除・税額控除がある | 持分なし移行とセットで考える制度 |
| 特定医療法人 | 国税庁長官の承認を受けた公益性・公的運営を備える医療法人 | 認定医療法人とは目的・要件が異なる |
| 社会医療法人 | 地域医療上の公益性を踏まえた医療法上の認定類型 | 医療法人承継の別制度として整理する |
| 実務判断の要点 | 定款、社員名簿、出資者名簿、決算書、持分評価、後継者体制を確認 | 税制の前に医療法人の状態を把握する |
